More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0085 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  99.94 
 
 		 1541 bp  3043    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1541 bp  3051    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1542 bp  642    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0115  16S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 1555 bp  743    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1542 bp  642    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1542 bp  642    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0059  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1533 bp  680    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000114912  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1541 bp  3051    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  83.21 
 
 		 1533 bp  676    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1530 bp  642    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1541 bp  3055    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0241  16S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 1536 bp  716    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000165146  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0121  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1537 bp  704    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000422881  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1541 bp  3055    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 1548 bp  1025    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 1548 bp  1025    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SA  16S ribosomal RNA  81.56 
 
 		 1554 bp  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2706  16S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 1536 bp  708    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000399166  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SC  16S ribosomal RNA  81.56 
 
 		 1554 bp  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.192835  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0007  16S ribosomal RNA  82.53 
 
 		 1528 bp  644    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SE  16S ribosomal RNA  81.56 
 
 		 1554 bp  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SF  16S ribosomal RNA  81.56 
 
 		 1554 bp  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  82.84 
 
 		 1529 bp  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1491 bp  704    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 1491 bp  704    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1471 bp  710    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1471 bp  710    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  85.42 
 
 		 1548 bp  1051    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1548 bp  1005    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  92.03 
 
 		 1519 bp  1772    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  92 
 
 		 1504 bp  1744    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  91.93 
 
 		 1489 bp  1723    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  91.93 
 
 		 1501 bp  1739    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1477 bp  755    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1477 bp  755    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1477 bp  755    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1477 bp  755    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 1555 bp  910    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  83.09 
 
 		 1542 bp  718    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  83.09 
 
 		 1542 bp  718    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1495 bp  787    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1534 bp  787    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0001  16S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 1555 bp  743    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000995354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0009  16S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 1555 bp  743    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000407076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0005  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1555 bp  720    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000520718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0068  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1555 bp  672    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000082841  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0021  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1555 bp  720    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0130  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1555 bp  720    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0256321  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2332  16S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 1535 bp  708    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0176289  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0123  16S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 1555 bp  743    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0112353  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  83.11 
 
 		 1533 bp  672    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1535 bp  672    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1535 bp  672    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1535 bp  672    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1535 bp  672    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1535 bp  672    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1535 bp  672    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  82.64 
 
 		 1535 bp  664    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  82.81 
 
 		 1535 bp  680    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0022  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1537 bp  704    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000152089  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1535 bp  688    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  82.81 
 
 		 1535 bp  680    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1535 bp  688    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1535 bp  688    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1535 bp  688    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  82.81 
 
 		 1535 bp  680    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  83.8 
 
 		 1532 bp  835    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 1532 bp  842    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  82.98 
 
 		 1535 bp  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  83.41 
 
 		 1555 bp  795    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  83.41 
 
 		 1555 bp  795    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2540  16S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 1536 bp  708    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000260054  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2460  16S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 1535 bp  708    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000585775  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2338  16S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 1535 bp  708    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000750964  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2076  16S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 1535 bp  708    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000346352  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1555 bp  688    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1555 bp  688    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1555 bp  672    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  83.08 
 
 		 1555 bp  700    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0129  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1537 bp  704    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000475348  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1555 bp  688    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 1551 bp  1041    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 1551 bp  1041    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 1551 bp  1041    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>