More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0041 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009668  Oant_R0072  16S ribosomal RNA  95.74 
 
 		 1476 bp  2415    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0002  16S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 1523 bp  688    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.272962  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0092  16S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 1523 bp  692    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00736494  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 1460 bp  1556    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0066  16S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 1523 bp  692    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.043878  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0028  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 		 1478 bp  1009    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  Wp16SA  16S ribosomal RNA  86.46 
 
 		 1447 bp  694    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  95.94 
 
 		 1491 bp  2454    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  95.94 
 
 		 1491 bp  2454    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  95.87 
 
 		 1454 bp  2407    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 1460 bp  1556    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0029  16S ribosomal RNA  87.89 
 
 		 1476 bp  932    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392184  hitchhiker  0.00162521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0013  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 		 1478 bp  1009    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.90149  normal  0.275981 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S1  16S ribosomal RNA  90.15 
 
 		 1493 bp  1110    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0041  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1478 bp  2930    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.108984 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0050  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1478 bp  2930    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.487076 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1586  16S ribosomal RNA  95.87 
 
 		 1454 bp  2407    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S2  16S ribosomal RNA  90.15 
 
 		 1493 bp  1110    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0018  16S ribosomal RNA  95.74 
 
 		 1476 bp  2415    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0005  16S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 1479 bp  1059    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 1490 bp  1624    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0034  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 		 1478 bp  1009    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.642748  normal  0.622326 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 1464 bp  1578    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  88.96 
 
 		 1466 bp  1618    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  88.96 
 
 		 1466 bp  1618    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1471 bp  880    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 1471 bp  888    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 1460 bp  1556    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 1460 bp  1620    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0040  16S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 1499 bp  1586    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.509918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r1  16S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 1475 bp  1209    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00986669  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0043  16S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 1456 bp  1209    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.740548  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1022  16S ribosomal RNA  95.87 
 
 		 1454 bp  2407    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0089  16S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 1523 bp  692    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00770001  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1477 bp  878    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1477 bp  878    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1477 bp  878    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1477 bp  878    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  88.44 
 
 		 1466 bp  1526    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1479 bp  950    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1479 bp  950    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1479 bp  950    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0021  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 		 1478 bp  1009    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0919  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1509 bp  646    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0051  16S ribosomal RNA  89.59 
 
 		 1461 bp  1346    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 1489 bp  1047    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  89.29 
 
 		 1489 bp  1047    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0042  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 		 1478 bp  1009    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 		 1475 bp  1560    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 		 1475 bp  1560    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0013  16S ribosomal RNA  89.01 
 
 		 1489 bp  1588    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0086  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1455 bp  985    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.306946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0059  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1455 bp  985    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.831402 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0063  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1455 bp  985    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0071  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1455 bp  985    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0002  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1455 bp  985    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0087575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0048  16S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 1484 bp  1713    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.285234 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 1460 bp  1620    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 1460 bp  1556    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211125 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 1460 bp  1620    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  88.97 
 
 		 1460 bp  1620    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0031  16S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 1499 bp  1586    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0002  16S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 1456 bp  1209    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 		 1459 bp  2416    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 		 1459 bp  2416    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2998  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3001  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1517 bp  642    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3004  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3007  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0008  16S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 1479 bp  1059    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3013  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3018  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1518 bp  642    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3021  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1518 bp  642    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r01  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r04  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r07  16S ribosomal RNA  86.2 
 
 		 1522 bp  650    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r10  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r13  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0013  16S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 1476 bp  924    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r19  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r22  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r26  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1522 bp  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r30  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1517 bp  642    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0010  16S ribosomal RNA  95.74 
 
 		 1476 bp  2415    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0054  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1478 bp  2930    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 1460 bp  1618    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 1460 bp  1618    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0054  16S ribosomal RNA  95.74 
 
 		 1476 bp  2415    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.7267  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6006  16SrRNA  88.19 
 
 		 1462 bp  1544    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.504592 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0021  16S ribosomal RNA  90.49 
 
 		 1479 bp  1804    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705337 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  95.04 
 
 		 1472 bp  2335    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0018  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1478 bp  1273    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0006  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1478 bp  1273    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.439263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6013  16SrRNA  88.19 
 
 		 1462 bp  1544    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0026  16S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 1524 bp  680    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.233276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1794  16S ribosomal RNA  95.87 
 
 		 1454 bp  2407    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00503933  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  95.04 
 
 		 1472 bp  2335    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0071  16S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 1523 bp  692    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.121769  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0086  16S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 1523 bp  692    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0165125  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0013  16S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 1524 bp  680    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>