More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0059 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_R0070  16S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 1487 bp  825    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.560965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0005  16S ribosomal RNA  86.43 
 
 		 1480 bp  844    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6013  16SrRNA  93.37 
 
 		 1462 bp  2109    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0053  16S ribosomal RNA  86.43 
 
 		 1480 bp  844    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0002  16S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 1456 bp  1955    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0018  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1478 bp  902    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0029  16S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 1478 bp  1179    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.952441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1460 bp  1356    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1460 bp  1356    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0086  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1523 bp  704    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0165125  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0089  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1523 bp  704    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00770001  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0063  16S ribosomal RNA  86.43 
 
 		 1480 bp  844    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.675179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0092  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1523 bp  704    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00736494  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0022  16S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 1478 bp  1179    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.247861  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1491 bp  985    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1491 bp  985    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  88.56 
 
 		 1454 bp  981    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r1  16S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 1475 bp  1955    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00986669  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0043  16S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 1456 bp  1955    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.740548  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 1472 bp  920    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  87.77 
 
 		 1472 bp  920    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0033  16S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 1487 bp  825    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322129 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0076  16S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 1476 bp  965    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0021  16S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 1487 bp  825    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.779326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0029  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1476 bp  973    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392184  hitchhiker  0.00162521 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0044  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1476 bp  973    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.418237  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0059  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 1475 bp  833    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.66406  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0051  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 1475 bp  833    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.474002 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 1490 bp  930    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1586  16S ribosomal RNA  88.56 
 
 		 1454 bp  981    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1022  16S ribosomal RNA  88.56 
 
 		 1454 bp  981    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6006  16SrRNA  93.37 
 
 		 1462 bp  2109    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.504592 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0002  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1523 bp  700    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.272962  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0026  16S ribosomal RNA  84.24 
 
 		 1524 bp  678    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.233276  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0013  16S ribosomal RNA  84.24 
 
 		 1524 bp  678    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0066  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1523 bp  704    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.043878  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0071  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1523 bp  704    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.121769  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  91.85 
 
 		 1464 bp  1229    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1466 bp  1261    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1466 bp  1261    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S1  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1493 bp  1189    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S2  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1493 bp  1189    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0051  16S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 1476 bp  965    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.179513  normal  0.139607 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0073  16S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 1476 bp  965    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0620583  hitchhiker  0.00094865 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0042  16S ribosomal RNA  83.7 
 
 		 1497 bp  652    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000393609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0038  16S ribosomal RNA  83.7 
 
 		 1497 bp  652    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0565772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1477 bp  965    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1477 bp  965    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1477 bp  965    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1477 bp  965    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1794  16S ribosomal RNA  88.56 
 
 		 1454 bp  981    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00503933  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0031  16S ribosomal RNA  86.06 
 
 		 1499 bp  757    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 1466 bp  1078    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1479 bp  1142    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1479 bp  1142    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1479 bp  1142    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0013  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1478 bp  1179    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290278  normal  0.15645 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0029  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 1475 bp  833    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.560965  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0051  16S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 1461 bp  1324    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  85.86 
 
 		 1489 bp  1110    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  85.86 
 
 		 1489 bp  1110    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  85.56 
 
 		 1475 bp  1096    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  85.56 
 
 		 1475 bp  1096    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0013  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 		 1489 bp  916    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0086  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1455 bp  2884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.306946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0059  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1455 bp  2884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.831402 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0063  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1455 bp  2884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0071  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1455 bp  2884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0002  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1455 bp  2884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0087575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0048  16S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 1484 bp  1037    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.285234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 		 1459 bp  1312    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 		 1459 bp  1312    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0050  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1478 bp  985    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.487076 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0013  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1478 bp  979    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.90149  normal  0.275981 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0054  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1478 bp  985    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0021  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1478 bp  979    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0040  16S ribosomal RNA  86.06 
 
 		 1499 bp  757    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.509918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0005  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1479 bp  1017    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0028  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1478 bp  979    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0008  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1479 bp  1017    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0013  16S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 1476 bp  965    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0042  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1478 bp  979    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135437 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0041  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 1478 bp  985    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.108984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0034  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1478 bp  979    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.642748  normal  0.622326 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0010  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 1476 bp  1181    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0054  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 1476 bp  1181    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.7267  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0018  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 1476 bp  1181    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0021  16S ribosomal RNA  88.57 
 
 		 1479 bp  1221    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705337 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0072  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 1476 bp  1181    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525024  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0006  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1478 bp  902    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.439263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0036  16S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 1478 bp  1179    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.61478  normal  0.377738 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0007  16S ribosomal RNA  86.71 
 
 		 1528 bp  668    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  89.48 
 
 		 1460 bp  1070    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  89.48 
 
 		 1460 bp  1070    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1460 bp  1261    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1460 bp  1356    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1460 bp  1261    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1460 bp  1261    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1460 bp  1356    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211125 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  92.06 
 
 		 1460 bp  1261    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>