More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0053 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  85.16 
 
 		 1548 bp  767    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  85.16 
 
 		 1548 bp  767    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1518 bp  731    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1518 bp  731    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  84.3 
 
 		 1518 bp  724    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  84.3 
 
 		 1518 bp  724    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  84.3 
 
 		 1518 bp  724    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  84.3 
 
 		 1518 bp  724    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  84.3 
 
 		 1518 bp  724    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 1473 bp  646    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 1473 bp  646    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0036  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1493 bp  1116    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.594639  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0082  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 		 1537 bp  646    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000564092  normal  0.151299 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0074  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 		 1537 bp  646    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000152418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  87 
 
 		 1460 bp  1209    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  87 
 
 		 1460 bp  1209    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  87 
 
 		 1460 bp  1209    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0034  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 		 1548 bp  646    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000185236  normal  0.225155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0008  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 		 1548 bp  646    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00185105  hitchhiker  0.000712257 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  87 
 
 		 1460 bp  1209    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  90.51 
 
 		 1491 bp  922    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  90.51 
 
 		 1491 bp  922    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  90.51 
 
 		 1454 bp  922    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 1518 bp  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 1518 bp  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 1518 bp  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 1518 bp  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 1518 bp  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1538 bp  729    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1538 bp  729    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 1538 bp  722    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 1538 bp  714    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 1538 bp  722    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1490 bp  1259    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 1527 bp  714    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 1527 bp  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 1527 bp  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 1527 bp  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 1527 bp  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 1527 bp  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 		 1464 bp  1243    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  86.38 
 
 		 1466 bp  1283    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  86.38 
 
 		 1466 bp  1283    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 1471 bp  761    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1548 bp  785    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  85.98 
 
 		 1548 bp  743    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  83.62 
 
 		 1538 bp  652    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  88.04 
 
 		 1472 bp  920    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  88.04 
 
 		 1472 bp  920    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 		 1477 bp  1322    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 		 1477 bp  1322    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 		 1477 bp  1322    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 		 1477 bp  1322    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1542 bp  660    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1542 bp  660    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  87.34 
 
 		 1466 bp  1231    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1479 bp  2932    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1479 bp  2932    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1479 bp  2932    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0051  16S ribosomal RNA  87.06 
 
 		 1461 bp  841    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0048  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1493 bp  1116    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296528  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1489 bp  1199    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1489 bp  1199    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  87.51 
 
 		 1475 bp  1257    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  87.51 
 
 		 1475 bp  1257    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0013  16S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 1489 bp  1239    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0086  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1455 bp  1142    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.306946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0059  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1455 bp  1142    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.831402 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0063  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1455 bp  1142    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0071  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1455 bp  1142    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0002  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1455 bp  1142    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0087575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0048  16S ribosomal RNA  94.32 
 
 		 1484 bp  1404    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.285234 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 1460 bp  1285    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 1460 bp  1285    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 1460 bp  1285    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 1460 bp  1285    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  83.52 
 
 		 1538 bp  644    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 		 1459 bp  1544    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 		 1459 bp  1544    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r07  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1522 bp  757    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 1532 bp  807    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 1532 bp  807    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 		 1460 bp  1174    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 		 1460 bp  1174    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1526 bp  646    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1526 bp  646    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1526 bp  646    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1526 bp  646    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 		 1555 bp  666    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  83.67 
 
 		 1555 bp  658    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 1551 bp  773    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 1551 bp  773    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 1551 bp  773    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  85.58 
 
 		 1551 bp  773    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0002  16S ribosomal RNA  86.51 
 
 		 1456 bp  1340    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0043  16S ribosomal RNA  86.51 
 
 		 1456 bp  1340    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.740548  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r1  16S ribosomal RNA  86.57 
 
 		 1475 bp  1354    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00986669  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  83.1 
 
 		 1533 bp  640    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1533 bp  648    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0059  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 		 1533 bp  648    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000114912  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>