More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0064 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  86.11 
 
 		 1548 bp  864    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  86.11 
 
 		 1548 bp  864    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  777    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  777    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 1518 bp  769    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  777    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 1518 bp  769    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  777    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1518 bp  777    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1514 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1512 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1514 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1512 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1514 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1512 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1514 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1512 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1512 bp  777    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 1491 bp  922    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 1491 bp  922    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  87.47 
 
 		 1454 bp  918    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 1518 bp  747    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 1518 bp  747    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 1518 bp  747    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 1518 bp  747    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 1518 bp  747    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1538 bp  799    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1538 bp  799    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1538 bp  799    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  84.68 
 
 		 1538 bp  791    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  84.68 
 
 		 1538 bp  791    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1490 bp  1326    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1491 bp  716    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1491 bp  716    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  84.59 
 
 		 1527 bp  783    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1527 bp  799    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1527 bp  799    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1527 bp  799    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1527 bp  799    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1527 bp  799    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  86.48 
 
 		 1464 bp  1017    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  86.73 
 
 		 1466 bp  1057    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  86.73 
 
 		 1466 bp  1057    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  86.8 
 
 		 1548 bp  908    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  87.62 
 
 		 1548 bp  868    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  84.83 
 
 		 1519 bp  773    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  84.65 
 
 		 1504 bp  743    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  84.49 
 
 		 1489 bp  722    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 1501 bp  737    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1477 bp  2928    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1477 bp  2928    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1477 bp  2928    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1477 bp  2928    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 1466 bp  1243    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 		 1479 bp  1322    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 		 1479 bp  1322    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 		 1479 bp  1322    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0051  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1461 bp  856    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  85.26 
 
 		 1495 bp  729    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  84.22 
 
 		 1534 bp  737    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 		 1489 bp  1285    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 		 1489 bp  1285    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  86.2 
 
 		 1475 bp  1245    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  86.2 
 
 		 1475 bp  1245    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0013  16S ribosomal RNA  86.88 
 
 		 1489 bp  1314    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0086  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1455 bp  965    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.306946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0059  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1455 bp  965    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.831402 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0063  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1455 bp  965    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0071  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1455 bp  965    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0002  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1455 bp  965    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0087575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0048  16S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 1484 bp  809    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.285234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 1459 bp  1405    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 		 1459 bp  1405    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2998  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1522 bp  795    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3001  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1517 bp  795    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3004  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1522 bp  795    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3007  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1522 bp  795    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3010  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1522 bp  787    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3013  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1522 bp  787    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3018  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1518 bp  795    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3021  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1518 bp  795    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r01  16S ribosomal RNA  83.07 
 
 		 1522 bp  779    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r04  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1522 bp  787    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r07  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1522 bp  795    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r10  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1522 bp  787    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r13  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1522 bp  787    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r16  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1522 bp  787    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r19  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1522 bp  787    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r22  16S ribosomal RNA  83.07 
 
 		 1522 bp  779    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r26  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1522 bp  787    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r30  16S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 1517 bp  787    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 1532 bp  819    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 		 1532 bp  811    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 1460 bp  862    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 1460 bp  862    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  84.59 
 
 		 1526 bp  775    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  84.59 
 
 		 1526 bp  775    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  84.59 
 
 		 1526 bp  775    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  84.59 
 
 		 1526 bp  775    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0003  16S ribosomal RNA  86.74 
 
 		 1496 bp  1142    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0041999  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>