More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0006 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 1518 bp  668    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 1518 bp  668    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  83.78 
 
 		 1518 bp  660    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1518 bp  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  83.78 
 
 		 1518 bp  660    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1518 bp  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  83.68 
 
 		 1518 bp  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 1491 bp  1257    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  92.04 
 
 		 1491 bp  1257    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  92.03 
 
 		 1454 bp  1253    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1538 bp  674    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1538 bp  674    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1538 bp  672    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1538 bp  664    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1538 bp  670    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6006  16SrRNA  88.65 
 
 		 1462 bp  1003    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.504592 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  91.2 
 
 		 1490 bp  1863    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  83.84 
 
 		 1527 bp  662    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1527 bp  658    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1527 bp  658    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1527 bp  658    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1527 bp  658    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1527 bp  658    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1464 bp  1427    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  87.7 
 
 		 1466 bp  1459    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  87.7 
 
 		 1466 bp  1459    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0082  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1537 bp  650    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000564092  normal  0.151299 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0050  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1478 bp  1273    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.487076 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 1477 bp  1427    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 1477 bp  1427    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 1477 bp  1427    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 1477 bp  1427    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  90.5 
 
 		 1466 bp  1766    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 1479 bp  1404    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 1479 bp  1404    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  88.8 
 
 		 1479 bp  1404    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6013  16SrRNA  88.65 
 
 		 1462 bp  1003    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0051  16S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 1461 bp  926    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 1489 bp  1152    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  90.7 
 
 		 1489 bp  1152    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  90.42 
 
 		 1475 bp  1768    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  90.42 
 
 		 1475 bp  1768    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0013  16S ribosomal RNA  90.92 
 
 		 1489 bp  1828    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0086  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1455 bp  902    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.306946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0059  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1455 bp  902    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.831402 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0063  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1455 bp  902    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0071  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1455 bp  902    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0002  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1455 bp  902    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0087575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0048  16S ribosomal RNA  87.26 
 
 		 1484 bp  888    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.285234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  92.09 
 
 		 1459 bp  1211    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  92.09 
 
 		 1459 bp  1211    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 1549 bp  666    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000584792  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0040  16S ribosomal RNA  89.56 
 
 		 1499 bp  844    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.509918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0031  16S ribosomal RNA  89.56 
 
 		 1499 bp  844    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 1549 bp  666    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0028  16S ribosomal RNA  90.04 
 
 		 1478 bp  1725    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 1549 bp  666    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 1549 bp  666    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1538 bp  674    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0041  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1478 bp  1273    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.108984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 1538 bp  666    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0054  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1478 bp  1273    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S2  16S ribosomal RNA  90.59 
 
 		 1493 bp  1144    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1586  16S ribosomal RNA  92.03 
 
 		 1454 bp  1253    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1794  16S ribosomal RNA  92.03 
 
 		 1454 bp  1253    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00503933  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1022  16S ribosomal RNA  92.03 
 
 		 1454 bp  1253    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S1  16S ribosomal RNA  90.59 
 
 		 1493 bp  1144    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0048  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1493 bp  1241    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296528  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0036  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1493 bp  1241    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.594639  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1460 bp  1433    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1460 bp  1433    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1526 bp  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1526 bp  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1526 bp  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1526 bp  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0018  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1478 bp  2930    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0006  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1478 bp  2930    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.439263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0021  16S ribosomal RNA  89.9 
 
 		 1479 bp  1701    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705337 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0002  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 1456 bp  1509    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0043  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 1456 bp  1509    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.740548  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r1  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 1475 bp  1509    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00986669  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0018  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 		 1476 bp  1296    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0072  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 		 1476 bp  1296    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525024  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0054  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 		 1476 bp  1296    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.7267  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0013  16S ribosomal RNA  90.04 
 
 		 1478 bp  1725    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.90149  normal  0.275981 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0010  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 		 1476 bp  1296    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0021  16S ribosomal RNA  90.04 
 
 		 1478 bp  1725    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  90.53 
 
 		 1472 bp  1140    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  90.53 
 
 		 1472 bp  1140    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  87.71 
 
 		 1460 bp  1461    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  87.71 
 
 		 1460 bp  1461    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  87.71 
 
 		 1460 bp  1461    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  87.71 
 
 		 1460 bp  1461    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  88.12 
 
 		 1460 bp  1495    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  88.12 
 
 		 1460 bp  1495    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211125 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  88.12 
 
 		 1460 bp  1495    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  88.12 
 
 		 1460 bp  1495    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0074  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1537 bp  650    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000152418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0034  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1548 bp  650    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000185236  normal  0.225155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0008  16S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 1548 bp  650    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00185105  hitchhiker  0.000712257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>