More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0048 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 		 1518 bp  670    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 		 1518 bp  670    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  83.67 
 
 		 1518 bp  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  83.57 
 
 		 1518 bp  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  83.67 
 
 		 1518 bp  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  83.57 
 
 		 1518 bp  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  83.57 
 
 		 1518 bp  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1538 bp  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0063  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 		 1480 bp  662    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.675179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0054  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1476 bp  708    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.7267  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1491 bp  724    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1491 bp  724    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1454 bp  724    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0006  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1478 bp  1241    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.439263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0029  16S ribosomal RNA  87.85 
 
 		 1476 bp  844    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392184  hitchhiker  0.00162521 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0044  16S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 1476 bp  852    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.418237  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0021  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1478 bp  745    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0013  16S ribosomal RNA  87.85 
 
 		 1476 bp  844    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1549 bp  668    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000584792  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1549 bp  668    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0006  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1529 bp  668    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000203235  hitchhiker  0.00005391 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0051  16S ribosomal RNA  88.07 
 
 		 1476 bp  860    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.179513  normal  0.139607 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1549 bp  668    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1490 bp  1245    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0053  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 		 1480 bp  662    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S2  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1493 bp  1193    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1586  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1454 bp  724    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0008  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1479 bp  1251    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1794  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1454 bp  724    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00503933  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1022  16S ribosomal RNA  87.79 
 
 		 1454 bp  724    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0036  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1493 bp  2960    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.594639  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 1464 bp  718    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1466 bp  749    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1466 bp  749    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S1  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1493 bp  1193    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0048  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1493 bp  2960    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296528  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0028  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1478 bp  745    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0034  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1478 bp  745    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.642748  normal  0.622326 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0018  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1478 bp  1241    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1477 bp  1201    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1477 bp  1201    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1477 bp  1201    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1477 bp  1201    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0005  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 		 1480 bp  662    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0070  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1487 bp  712    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.560965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1466 bp  1201    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1479 bp  1116    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1479 bp  1116    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1479 bp  1116    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000882287  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1538 bp  668    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1549 bp  668    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 1489 bp  1277    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 1489 bp  1277    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0021  16S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 1479 bp  642    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705337 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0072  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1476 bp  708    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525024  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 1475 bp  1235    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 1475 bp  1235    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0013  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 1489 bp  1247    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0014  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000281309  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000226987  hitchhiker  0.00000501486 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0005  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1479 bp  1251    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0058  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207326  normal  0.764569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142158  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0090  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1529 bp  668    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0073  16S ribosomal RNA  87.85 
 
 		 1476 bp  844    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0620583  hitchhiker  0.00094865 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 		 1459 bp  700    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 		 1459 bp  700    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 		 1460 bp  640    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 		 1460 bp  640    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0029  16S ribosomal RNA  85.01 
 
 		 1475 bp  700    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.560965  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0021  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1487 bp  712    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.779326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0033  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1487 bp  712    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0051  16S ribosomal RNA  85.01 
 
 		 1475 bp  700    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.474002 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0089  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1529 bp  668    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000457884  normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0099  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000444541  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0102  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1529 bp  668    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000475362  normal  0.0274728 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0002  16S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 1456 bp  761    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0043  16S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 1456 bp  761    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.740548  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r1  16S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 1475 bp  761    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00986669  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0013  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1478 bp  745    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.90149  normal  0.275981 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0042  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1478 bp  745    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0001  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166692  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0056  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000107545  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1529 bp  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534371  normal  0.567436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0080  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 		 1529 bp  668    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000320741  normal  0.041938 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 1472 bp  668    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 1472 bp  668    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  85.28 
 
 		 1460 bp  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  85.28 
 
 		 1460 bp  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0059  16S ribosomal RNA  85.01 
 
 		 1475 bp  700    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.66406  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0018  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1476 bp  708    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0010  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1476 bp  708    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0076  16S ribosomal RNA  88.07 
 
 		 1476 bp  860    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1460 bp  749    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1460 bp  749    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1460 bp  749    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 1460 bp  749    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  85.28 
 
 		 1460 bp  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  85.28 
 
 		 1460 bp  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>