More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_R0005 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0018  16S ribosomal RNA  88.35 
 
 		 1509 bp  1582    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.232461  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0019  16S ribosomal RNA  99.74 
 
 		 1519 bp  2979    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0051  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 		 1519 bp  2993    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0071  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 		 1519 bp  2995    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.351816  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0057  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 		 1519 bp  2993    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.906516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0045  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 		 1519 bp  2993    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0005  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1519 bp  3011    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0050  16S ribosomal RNA  88.35 
 
 		 1509 bp  1582    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0024  16S ribosomal RNA  82.78 
 
 		 1514 bp  682    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.103837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0027  16S ribosomal RNA  82.78 
 
 		 1514 bp  682    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0035  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1514 bp  690    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0030  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1514 bp  690    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0042  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1514 bp  690    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0160041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0040  16S ribosomal RNA  82.7 
 
 		 1514 bp  674    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0677845 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0012  16S ribosomal RNA  88.35 
 
 		 1509 bp  1582    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.513424  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r07731  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1521 bp  1493    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r13674  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1521 bp  1493    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0972385  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0034  16S ribosomal RNA  88.35 
 
 		 1509 bp  1582    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0011  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1510 bp  504  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0049  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1510 bp  504  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.54781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0055  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1510 bp  504  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0009  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1515 bp  444  9.999999999999999e-123  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0004  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1495 bp  391  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000518712  normal  0.582922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0020  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1495 bp  391  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127613  normal  0.0141426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0053  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1495 bp  391  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000916534  normal  0.0303457 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0043  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1495 bp  391  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000158022  normal  0.338692 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SA  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1475 bp  369  2e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00161199 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SB  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1475 bp  369  2e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SC  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1475 bp  369  2e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.304262 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SD  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1475 bp  369  2e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1495 bp  347  5.999999999999999e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1495 bp  347  5.999999999999999e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1495 bp  347  5.999999999999999e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  80.9 
 
 		 1495 bp  333  9e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1528 bp  309  1.0000000000000001e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S01  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1382 bp  303  8e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0232245 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S02  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1382 bp  303  8e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S03  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1382 bp  303  8e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 1509 bp  258  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 1509 bp  258  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 1509 bp  258  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 1509 bp  258  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 1509 bp  258  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 1509 bp  258  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 1532 bp  258  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 1532 bp  258  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 1543 bp  256  2e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 1543 bp  256  2e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 1538 bp  242  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 1538 bp  242  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1501 bp  240  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1501 bp  240  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1512 bp  240  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1512 bp  240  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1501 bp  240  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1473 bp  226  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1473 bp  226  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1514 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1514 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1514 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1514 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0026  16S ribosomal RNA  88.05 
 
 		 1524 bp  226  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.233276  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000226987  hitchhiker  0.00000501486 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0013  16S ribosomal RNA  88.05 
 
 		 1524 bp  226  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0006  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000203235  hitchhiker  0.00005391 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1549 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0001  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166692  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534371  normal  0.567436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1549 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0014  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000281309  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142158  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0058  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207326  normal  0.764569 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000882287  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0089  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000457884  normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0102  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000475362  normal  0.0274728 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0099  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000444541  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  88.05 
 
 		 1363 bp  226  9.999999999999999e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  88.05 
 
 		 1364 bp  226  9.999999999999999e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1549 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1549 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000584792  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0080  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1529 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000320741  normal  0.041938 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0007  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1528 bp  226  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>