More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plut_R0049 on replicon NC_007512
Organism: Chlorobium luteolum DSM 273



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1363 bp  2702    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  99.85 
 
 
1364 bp  2670    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  92.61 
 
 
1495 bp  1865    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  92.61 
 
 
1495 bp  1865    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r1  16S ribosomal RNA  94.66 
 
 
1509 bp  2072    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0023  16S ribosomal RNA  94.87 
 
 
1495 bp  2141    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0008  16S ribosomal RNA  94.94 
 
 
1495 bp  2149    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00667028  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0003  16S ribosomal RNA  96.76 
 
 
1494 bp  2345    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0008  16S ribosomal RNA  96.76 
 
 
1494 bp  2345    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00811076  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0048  16S ribosomal RNA  95.55 
 
 
1494 bp  2194    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000451742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0053  16S ribosomal RNA  95.55 
 
 
1494 bp  2194    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000661064  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0003  16S ribosomal RNA  93.69 
 
 
1495 bp  1951    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0003  16S ribosomal RNA  94.94 
 
 
1495 bp  2149    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000311763  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  85.33 
 
 
1548 bp  498  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  85.33 
 
 
1548 bp  498  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  85.26 
 
 
1548 bp  466  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  85.26 
 
 
1548 bp  466  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  85.26 
 
 
1548 bp  466  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  85.26 
 
 
1548 bp  466  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 
1548 bp  450  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 
1548 bp  450  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 
1543 bp  444  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 
1543 bp  444  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 
1543 bp  444  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 
1543 bp  444  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0041  16S ribosomal RNA  83.54 
 
 
1538 bp  436  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0625865  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0059  16S ribosomal RNA  83.54 
 
 
1538 bp  436  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0007  16S ribosomal RNA  83.54 
 
 
1538 bp  436  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  83.78 
 
 
1543 bp  424  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  83.78 
 
 
1543 bp  424  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0003  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 
1537 bp  416  1e-114  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193245  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0009  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 
1538 bp  416  1e-114  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000102294  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  83.63 
 
 
1541 bp  416  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  83.63 
 
 
1541 bp  416  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  83.63 
 
 
1541 bp  416  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  83.63 
 
 
1541 bp  416  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 
1519 bp  412  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 
1504 bp  412  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 
1489 bp  412  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0009  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 
1538 bp  408  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000361089  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0003  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 
1538 bp  408  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011323  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  83.48 
 
 
1541 bp  408  1e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 
1501 bp  404  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0062  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 
1536 bp  398  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0056  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 
1536 bp  398  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.67305 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0027  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 
1536 bp  398  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.075558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0034  16S ribosomal RNA  83.19 
 
 
1536 bp  398  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  86.54 
 
 
1459 bp  383  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  86.54 
 
 
1459 bp  383  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0384  16S ribosomal RNA  86.54 
 
 
1470 bp  383  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.40156  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3084  16S ribosomal RNA  86.54 
 
 
1470 bp  383  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  82.32 
 
 
1527 bp  381  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1518 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1518 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1518 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1518 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1549 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000584792  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0056  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000107545  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1549 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000226987  hitchhiker  0.00000501486 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0102  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000475362  normal  0.0274728 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0058  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207326  normal  0.764569 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1538 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1549 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0006  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000203235  hitchhiker  0.00005391 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1538 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1549 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534371  normal  0.567436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0001  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166692  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142158  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0014  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000281309  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000882287  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0089  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000457884  normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0099  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000444541  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0080  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 
1529 bp  377  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000320741  normal  0.041938 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  82.19 
 
 
1538 bp  373  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  82.19 
 
 
1538 bp  373  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  82.19 
 
 
1538 bp  373  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  82.07 
 
 
1528 bp  375  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  82.19 
 
 
1527 bp  373  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  82.19 
 
 
1527 bp  373  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  82.19 
 
 
1527 bp  373  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  82.19 
 
 
1527 bp  373  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  82.19 
 
 
1527 bp  373  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 
1518 bp  369  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 
1518 bp  369  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 
1518 bp  369  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0090  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 
1529 bp  369  1e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137166  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  82.05 
 
 
1538 bp  365  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  88.17 
 
 
1551 bp  365  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  88.17 
 
 
1551 bp  365  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  88.17 
 
 
1551 bp  365  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  88.17 
 
 
1551 bp  365  2e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0032  16S ribosomal RNA  81.58 
 
 
1550 bp  363  9e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0577345 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0043  16S ribosomal RNA  81.58 
 
 
1550 bp  363  9e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0021  16S ribosomal RNA  88.44 
 
 
1551 bp  363  9e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.184479  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0005  16S ribosomal RNA  88.44 
 
 
1551 bp  363  9e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.872751  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  81.28 
 
 
1542 bp  361  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  81.28 
 
 
1542 bp  361  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  81.92 
 
 
1538 bp  357  5e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>