More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0015 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0060  16S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 1512 bp  1873    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.889945  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0008  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0062  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0001  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0027  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0030  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0716332  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0054  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000307984  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0030  16S ribosomal RNA  93.39 
 
 		 1519 bp  2163    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0074  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0190037  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0015  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000381882  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0020  16S ribosomal RNA  90.13 
 
 		 1510 bp  1138    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0062  16S ribosomal RNA  90.13 
 
 		 1510 bp  1138    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0142  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1544 bp  664    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000978777  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1501 bp  2976    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5771  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 1562 bp  646    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000116476  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0062  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0008  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.331596  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0030  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000811926  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0146  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000258872  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0071  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00175837  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0055  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1532 bp  640    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000155222  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0090  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000119845  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0068  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1501 bp  2976    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0004  16S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 1526 bp  1191    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0065  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0076  16S ribosomal RNA  89.78 
 
 		 1514 bp  1090    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0555033 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0015  16S ribosomal RNA  90.13 
 
 		 1510 bp  1138    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0080  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1671 bp  712    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.088848  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0006  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1554 bp  712    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00174832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0073  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1661 bp  712    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000134012  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0065  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0015  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0068  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0071  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0054  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00288313  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0094  16S ribosomal RNA  83.35 
 
 		 1545 bp  640    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000260573  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0029  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1532 bp  640    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000263797  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0007  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1532 bp  640    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000153134  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0059  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0861088  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0050  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1532 bp  640    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000160019  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0001  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1466 bp  918    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.5792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0053  16S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 1512 bp  1873    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0027  16S ribosomal RNA  90.13 
 
 		 1510 bp  1138    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000781199 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0014  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 		 1431 bp  910    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0157988  normal  0.147307 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0031  16S ribosomal RNA  93.32 
 
 		 1528 bp  2155    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00134109  normal  0.111523 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0001  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00178674  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0056  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1431 bp  918    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.046608  normal  0.0392849 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0026  16S ribosomal RNA  84.54 
 
 		 1466 bp  918    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.018663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0007  16S ribosomal RNA  86.74 
 
 		 1526 bp  1183    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0001  16S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 1525 bp  1168    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.892874  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0010  16S ribosomal RNA  86.74 
 
 		 1526 bp  1183    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0025  16S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 1471 bp  1285    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0044  16S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 1471 bp  1285    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0049  16S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 1471 bp  1285    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0067  16S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 1471 bp  1285    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1548 bp  821    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1548 bp  821    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0005  16S ribosomal RNA  93.39 
 
 		 1519 bp  2163    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0297907 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0059  16S ribosomal RNA  83.44 
 
 		 1545 bp  648    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0063  16S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 1512 bp  1873    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1501 bp  2976    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0005  16S ribosomal RNA  93.32 
 
 		 1528 bp  2155    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.022366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14046  16S ribosomal RNA  90.87 
 
 		 1540 bp  1641    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.73486e-38  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 1563 bp  676    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0045  16S ribosomal RNA  93.39 
 
 		 1519 bp  2163    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000428453 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 1563 bp  676    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0027  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1544 bp  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.635376  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 1477 bp  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 1477 bp  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 1477 bp  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 1477 bp  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 1555 bp  957    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  97.74 
 
 		 1512 bp  2704    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  97.74 
 
 		 1512 bp  2704    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0043  16S ribosomal RNA  93.32 
 
 		 1528 bp  2155    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.942291  normal  0.0921912 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0040  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1513 bp  1748    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.179293 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0036  16S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 1512 bp  1873    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0700117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0023  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1513 bp  1748    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.15759 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0038  16S ribosomal RNA  92.18 
 
 		 1515 bp  1746    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00000101805  decreased coverage  0.0014476 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0024  16S ribosomal RNA  92.18 
 
 		 1515 bp  1744    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.707954  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0041  16S ribosomal RNA  92.1 
 
 		 1515 bp  1737    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00000734371  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0016  16S ribosomal RNA  90 
 
 		 1517 bp  1134    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.672174  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0021  16S ribosomal RNA  90 
 
 		 1517 bp  1134    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0029  16S ribosomal RNA  90 
 
 		 1517 bp  1134    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0064  16S ribosomal RNA  90 
 
 		 1517 bp  1134    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0067  16S ribosomal RNA  90 
 
 		 1517 bp  1134    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0036  16S ribosomal RNA  94.23 
 
 		 1509 bp  2270    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.18027 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0032  16S ribosomal RNA  89.48 
 
 		 1520 bp  1719    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000901783  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0041  16S ribosomal RNA  89.48 
 
 		 1520 bp  1719    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0021  16S ribosomal RNA  92.18 
 
 		 1515 bp  1746    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.222363 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0038  16S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 1515 bp  1739    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000160883  decreased coverage  0.00357812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0027  16S ribosomal RNA  91.88 
 
 		 1515 bp  1715    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0042  16S ribosomal RNA  91.88 
 
 		 1515 bp  1715    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0519048  normal  0.0131861 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  84.39 
 
 		 1538 bp  650    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  84.49 
 
 		 1538 bp  658    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0041  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 1521 bp  815    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0054  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1521 bp  807    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0158667  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0058  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 1521 bp  815    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0066  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1521 bp  807    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>