More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0049 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  84.59 
 
 		 1548 bp  646    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  84.59 
 
 		 1548 bp  646    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0001  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1525 bp  783    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.892874  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0076  16S ribosomal RNA  93.08 
 
 		 1514 bp  2000    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0555033 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0049  16S ribosomal RNA  91.12 
 
 		 1505 bp  1227    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000269121  hitchhiker  0.000017659 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0036  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 		 1513 bp  1396    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0060  16S ribosomal RNA  90.58 
 
 		 1505 bp  1199    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1412  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1474 bp  779    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0045  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1519 bp  1291    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000428453 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25530  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 1527 bp  670    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0004  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1526 bp  791    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0030  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1519 bp  1291    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 1501 bp  1285    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0027  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1510 bp  716    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000781199 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0062  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1510 bp  716    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0010  16S ribosomal RNA  85.5 
 
 		 1526 bp  799    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 1501 bp  1285    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0018  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 1517 bp  1189    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.298469  normal  0.903608 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0044  16S ribosomal RNA  89.42 
 
 		 1511 bp  1657    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04500  16S ribosomal RNA  90.62 
 
 		 1523 bp  1110    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0070  16S ribosomal RNA  88.83 
 
 		 1534 bp  1437    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0736404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0039  16S ribosomal RNA  90.58 
 
 		 1505 bp  1199    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0029  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 		 1513 bp  1396    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.174101 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0019  16S ribosomal RNA  88.83 
 
 		 1534 bp  1437    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0005  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1519 bp  1291    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0297907 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0015  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1510 bp  716    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0020  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1510 bp  716    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0027  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 1511 bp  1501    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03860  16S ribosomal RNA  92.97 
 
 		 1632 bp  702    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0341976  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0070  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 		 1513 bp  1396    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0065  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1510 bp  716    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0007  16S ribosomal RNA  85.5 
 
 		 1526 bp  799    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0079  16S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 1532 bp  1447    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.308939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0064  16S ribosomal RNA  90.5 
 
 		 1506 bp  1185    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0039  16S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 1517 bp  1189    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0163381  hitchhiker  0.00923101 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0004  16S ribosomal RNA  89.42 
 
 		 1511 bp  1657    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.738852  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0032  16S ribosomal RNA  89.42 
 
 		 1511 bp  1657    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0025  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 1471 bp  2908    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0044  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 1471 bp  2908    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0049  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1471 bp  2916    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0067  16S ribosomal RNA  99.86 
 
 		 1471 bp  2900    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0027  16S ribosomal RNA  89.4 
 
 		 1512 bp  1114    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.931505  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0050  16S ribosomal RNA  89.4 
 
 		 1512 bp  1114    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.27302  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07440  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 1527 bp  670    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.496613 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0023  16S ribosomal RNA  86.13 
 
 		 1498 bp  789    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.582465  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21650  16S ribosomal RNA  90.62 
 
 		 1523 bp  1110    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0589371  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 1501 bp  1285    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13550  16S ribosomal RNA  90.62 
 
 		 1523 bp  1110    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0361691  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0057  16S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 1532 bp  1447    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.829074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0011  16S ribosomal RNA  90.58 
 
 		 1505 bp  1199    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0017  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 		 1513 bp  1396    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0044  16S ribosomal RNA  88.22 
 
 		 1511 bp  1493    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.249572  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0046  16S ribosomal RNA  91.12 
 
 		 1505 bp  1227    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000115462  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  91.37 
 
 		 1512 bp  1269    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  91.37 
 
 		 1512 bp  1269    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37140  16S ribosomal RNA  89.69 
 
 		 1527 bp  1130    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.691102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0005  16S ribosomal RNA  89.4 
 
 		 1512 bp  1114    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.564871  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07380  16S ribosomal RNA  91 
 
 		 1527 bp  1166    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0389035  normal  0.172558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12340  16S ribosomal RNA  91 
 
 		 1527 bp  1166    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.220883  normal  0.136388 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14290    92.97 
 
 		 2926 bp  702    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1407  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1474 bp  779    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00014225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0080  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 		 1513 bp  1396    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0056  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 		 1513 bp  1396    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.219213 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0013  16S ribosomal RNA  90.9 
 
 		 1519 bp  1852    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0032  16S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 1532 bp  1447    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.596174 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0016  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1517 bp  716    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.672174  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0021  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1517 bp  716    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0029  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1517 bp  716    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0064  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1517 bp  716    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0067  16S ribosomal RNA  93.36 
 
 		 1517 bp  716    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0036  16S ribosomal RNA  90.28 
 
 		 1509 bp  1189    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.18027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 1551 bp  662    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 1551 bp  662    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 1551 bp  662    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  84.81 
 
 		 1551 bp  662    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0032  16S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 1520 bp  1542    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000901783  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0041  16S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 1520 bp  1542    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06910  16S ribosomal RNA  89.69 
 
 		 1527 bp  1130    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0052  16S ribosomal RNA  90.96 
 
 		 1519 bp  1859    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0363262  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0027  16S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 1515 bp  1348    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0042  16S ribosomal RNA  87.42 
 
 		 1515 bp  1356    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0519048  normal  0.0131861 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0023  16S ribosomal RNA  90.58 
 
 		 1505 bp  1199    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10550  16S ribosomal RNA  89.69 
 
 		 1527 bp  1130    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0842683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22220  16S ribosomal RNA  89.69 
 
 		 1527 bp  1130    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.755159 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0023  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 		 1513 bp  1471    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.15759 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0040  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 		 1513 bp  1471    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.179293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0005  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1528 bp  1291    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.022366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0031  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1528 bp  1291    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00134109  normal  0.111523 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0043  16S ribosomal RNA  91.66 
 
 		 1528 bp  1291    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.942291  normal  0.0921912 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0029  16S ribosomal RNA  90.96 
 
 		 1519 bp  1859    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.247127  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0045  16S ribosomal RNA  90.9 
 
 		 1520 bp  1846    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000645163  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14046  16S ribosomal RNA  88.48 
 
 		 1540 bp  1471    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.73486e-38  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0036  16S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 1512 bp  1229    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0700117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0053  16S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 1512 bp  1229    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0060  16S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 1512 bp  1229    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.889945  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0063  16S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 1512 bp  1229    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0044  16S ribosomal RNA  86.13 
 
 		 1498 bp  789    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0035  16S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 1507 bp  1142    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000731111  normal  0.0208084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0053  16S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 1507 bp  1142    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0136831  normal  0.0232267 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0068  16S ribosomal RNA  89.58 
 
 		 1507 bp  1142    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253796  decreased coverage  0.00746602 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>