More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0060 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_R0056  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1513 bp  1748    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.219213 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0076  16S ribosomal RNA  89.89 
 
 		 1514 bp  1134    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0555033 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0017  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1513 bp  1748    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0070  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1513 bp  1748    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0080  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1513 bp  1748    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14046  16S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 1540 bp  936    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.73486e-38  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05560  16S ribosomal RNA  90.44 
 
 		 1527 bp  1162    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0023  16S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 1498 bp  924    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.582465  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07440  16S ribosomal RNA  90.44 
 
 		 1527 bp  1162    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.496613 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0050  16S ribosomal RNA  92.49 
 
 		 1512 bp  1316    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.27302  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0004  16S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 1511 bp  2052    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.738852  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0023  16S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 1505 bp  1221    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0039  16S ribosomal RNA  91.23 
 
 		 1505 bp  1221    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0036  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1512 bp  2997    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0700117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0011  16S ribosomal RNA  91.12 
 
 		 1505 bp  1213    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0065  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1510 bp  1308    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0062  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1510 bp  1308    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0018  16S ribosomal RNA  91.79 
 
 		 1517 bp  1953    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.298469  normal  0.903608 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0005  16S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 1519 bp  1965    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0297907 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0030  16S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 1519 bp  1965    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0027  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1510 bp  1308    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000781199 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0045  16S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 1519 bp  1965    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000428453 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13550  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1523 bp  1742    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0361691  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25530  16S ribosomal RNA  90.44 
 
 		 1527 bp  1162    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0019  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1534 bp  1407    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0057  16S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 1532 bp  1415    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.829074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21650  16S ribosomal RNA  90.01 
 
 		 1523 bp  1750    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0589371  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37140  16S ribosomal RNA  92.05 
 
 		 1527 bp  2018    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.691102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0025  16S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 1471 bp  1229    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0044  16S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 1471 bp  1229    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0049  16S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 1471 bp  1229    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0067  16S ribosomal RNA  90.72 
 
 		 1471 bp  1229    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0035  16S ribosomal RNA  91.39 
 
 		 1507 bp  1925    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000731111  normal  0.0208084 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0068  16S ribosomal RNA  91.39 
 
 		 1507 bp  1925    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253796  decreased coverage  0.00746602 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0027  16S ribosomal RNA  92.49 
 
 		 1512 bp  1316    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.931505  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 1501 bp  1873    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22220  16S ribosomal RNA  92.05 
 
 		 1527 bp  2018    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.755159 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0001  16S ribosomal RNA  86.93 
 
 		 1525 bp  1197    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.892874  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 1512 bp  1899    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  91.14 
 
 		 1512 bp  1899    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04500  16S ribosomal RNA  90.01 
 
 		 1523 bp  1750    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0024  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1515 bp  985    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.707954  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0041  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1515 bp  985    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00000734371  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0060  16S ribosomal RNA  91.12 
 
 		 1505 bp  1213    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07380  16S ribosomal RNA  92.03 
 
 		 1527 bp  2020    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0389035  normal  0.172558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12340  16S ribosomal RNA  92.03 
 
 		 1527 bp  2020    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.220883  normal  0.136388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 1501 bp  1873    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 1501 bp  1873    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0070  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1534 bp  1407    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0736404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0046  16S ribosomal RNA  91.47 
 
 		 1505 bp  1925    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000115462  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0046  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1500 bp  706    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.473893 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0004  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1526 bp  801    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0007  16S ribosomal RNA  87 
 
 		 1526 bp  1213    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0010  16S ribosomal RNA  87 
 
 		 1526 bp  1213    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10550  16S ribosomal RNA  91.98 
 
 		 1527 bp  2010    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0842683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0005  16S ribosomal RNA  92.49 
 
 		 1512 bp  1316    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.564871  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0015  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1510 bp  1308    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0016  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1517 bp  1306    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.672174  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0021  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1517 bp  1306    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0029  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1517 bp  1306    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0064  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1517 bp  1306    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0067  16S ribosomal RNA  92.26 
 
 		 1517 bp  1306    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0036  16S ribosomal RNA  91.15 
 
 		 1509 bp  1891    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.18027 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0079  16S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 1532 bp  1415    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.308939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0063  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1512 bp  2997    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0060  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1512 bp  2997    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.889945  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0053  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1512 bp  2997    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0032  16S ribosomal RNA  91.08 
 
 		 1520 bp  1901    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000901783  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0041  16S ribosomal RNA  91.08 
 
 		 1520 bp  1901    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0021  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1515 bp  985    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.222363 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0038  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1515 bp  985    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000160883  decreased coverage  0.00357812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0027  16S ribosomal RNA  89.13 
 
 		 1515 bp  1639    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0042  16S ribosomal RNA  89.2 
 
 		 1515 bp  1647    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0519048  normal  0.0131861 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0064  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 		 1506 bp  1207    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0020  16S ribosomal RNA  92.37 
 
 		 1510 bp  1308    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0053  16S ribosomal RNA  91.39 
 
 		 1507 bp  1925    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0136831  normal  0.0232267 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0044  16S ribosomal RNA  88.89 
 
 		 1498 bp  924    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0021  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1515 bp  985    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.812892  normal  0.0276093 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0038  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 		 1515 bp  985    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00000101805  decreased coverage  0.0014476 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0027  16S ribosomal RNA  90.08 
 
 		 1511 bp  1102    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0049  16S ribosomal RNA  91.47 
 
 		 1505 bp  1925    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000269121  hitchhiker  0.000017659 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0044  16S ribosomal RNA  90.08 
 
 		 1511 bp  1102    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.249572  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0013  16S ribosomal RNA  91.62 
 
 		 1519 bp  1685    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0045  16S ribosomal RNA  91.54 
 
 		 1520 bp  1671    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000645163  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0029  16S ribosomal RNA  91.62 
 
 		 1519 bp  1685    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.247127  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06910  16S ribosomal RNA  91.98 
 
 		 1527 bp  2010    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0052  16S ribosomal RNA  91.62 
 
 		 1519 bp  1685    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0363262  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0023  16S ribosomal RNA  89.99 
 
 		 1513 bp  1723    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.15759 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0040  16S ribosomal RNA  89.99 
 
 		 1513 bp  1723    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.179293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0005  16S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 1528 bp  1963    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.022366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0031  16S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 1528 bp  1963    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00134109  normal  0.111523 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0043  16S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 1528 bp  1963    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.942291  normal  0.0921912 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0032  16S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 1511 bp  2052    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0029  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1513 bp  1748    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.174101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0036  16S ribosomal RNA  89.95 
 
 		 1513 bp  1748    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0032  16S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 1532 bp  1415    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.596174 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1407  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1474 bp  938    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00014225 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1412  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1474 bp  938    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0039  16S ribosomal RNA  91.79 
 
 		 1517 bp  1953    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0163381  hitchhiker  0.00923101 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14290    91.86 
 
 		 2926 bp  1279    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>