More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0006 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1528 bp  3029    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0054  16S ribosomal RNA  81.75 
 
 		 1521 bp  615  1e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0158667  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0041  16S ribosomal RNA  81.66 
 
 		 1521 bp  607  1.0000000000000001e-171  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0058  16S ribosomal RNA  81.66 
 
 		 1521 bp  607  1.0000000000000001e-171  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0066  16S ribosomal RNA  81.66 
 
 		 1521 bp  607  1.0000000000000001e-171  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1466 bp  484  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1475 bp  484  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  82.73 
 
 		 1475 bp  484  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  82.6 
 
 		 1489 bp  476  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  82.6 
 
 		 1489 bp  476  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0013  16S ribosomal RNA  82.6 
 
 		 1489 bp  476  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0005  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1528 bp  476  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.022366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0031  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1528 bp  476  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00134109  normal  0.111523 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0043  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1528 bp  476  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.942291  normal  0.0921912 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0025  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1471 bp  466  1e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0044  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1471 bp  466  1e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0049  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1471 bp  466  1e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0067  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1471 bp  466  1e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  82.46 
 
 		 1490 bp  468  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0005  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1519 bp  468  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0297907 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0045  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1519 bp  468  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000428453 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0030  16S ribosomal RNA  83.83 
 
 		 1519 bp  468  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0049  16S ribosomal RNA  83.67 
 
 		 1505 bp  464  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000269121  hitchhiker  0.000017659 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0046  16S ribosomal RNA  83.67 
 
 		 1505 bp  464  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000115462  hitchhiker  0.000268456 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna59  16S ribosomal RNA  82.85 
 
 		 1535 bp  456  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00000514214  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna52  16S ribosomal RNA  82.85 
 
 		 1535 bp  456  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00245736  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  82.01 
 
 		 1555 bp  454  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0007  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1540 bp  452  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  unclonable  0.000000000443158  hitchhiker  0.00339751 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0049  16S ribosomal RNA  82.2 
 
 		 1482 bp  452  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0085  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1540 bp  452  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000770905  normal  0.127075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0002  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1540 bp  452  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153302  normal  0.0205506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0056  16S ribosomal RNA  82.2 
 
 		 1482 bp  452  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0090  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 		 1540 bp  452  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000161015  normal  0.0579728 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  81.9 
 
 		 1555 bp  446  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0007  16S ribosomal RNA  82.57 
 
 		 1692 bp  442  1e-121  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000119255  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0034  16S ribosomal RNA  82.57 
 
 		 1692 bp  442  1e-121  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.262743  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0015  16S ribosomal RNA  83.02 
 
 		 1508 bp  436  1e-120  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.414604  normal  0.187473 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0012  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1641 bp  428  1e-117  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00349266  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0036  16S ribosomal RNA  81.81 
 
 		 1639 bp  420  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.15333  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0018  16S ribosomal RNA  81.81 
 
 		 1641 bp  420  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0132922  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0088  16S ribosomal RNA  81.81 
 
 		 1641 bp  420  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00218417  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0059  16S ribosomal RNA  81.81 
 
 		 1641 bp  420  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.132182  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0084  16S ribosomal RNA  81.81 
 
 		 1641 bp  420  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.19208  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0024  16S ribosomal RNA  81.81 
 
 		 1641 bp  420  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839716  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0007  16S ribosomal RNA  81.81 
 
 		 1641 bp  420  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000632051  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0024  16S ribosomal RNA  82.31 
 
 		 1536 bp  418  1e-114  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0011  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 1542 bp  414  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0073  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 1542 bp  414  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0062  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1536 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0056  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1536 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.67305 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0034  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1536 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0001  16S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 1612 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.764538  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0014  16S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 1612 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823591  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0031  16S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 1612 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000490683  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0047  16S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 1612 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.550323  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0050  16S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 1612 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000108329  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0061  16S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 1612 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000932008  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0078  16S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 1612 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.348551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0094  16S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 1612 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.209006  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0027  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1536 bp  410  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.075558 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1541 bp  404  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1541 bp  404  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1541 bp  404  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1541 bp  404  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 1541 bp  404  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0022  16S ribosomal RNA  86.06 
 
 		 1568 bp  402  1e-109  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000353945  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0042  16S ribosomal RNA  86.06 
 
 		 1568 bp  402  1e-109  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000217444  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1519 bp  398  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1504 bp  398  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1489 bp  398  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 1501 bp  391  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0063  16S ribosomal RNA  89.32 
 
 		 1510 bp  391  1e-106  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000584218  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0006  16S ribosomal RNA  83.62 
 
 		 1522 bp  391  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000463074  normal  0.838643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0055  16S ribosomal RNA  83.62 
 
 		 1522 bp  391  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0113649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0065  16S ribosomal RNA  83.62 
 
 		 1522 bp  391  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0060  16S ribosomal RNA  89.32 
 
 		 1512 bp  391  1e-106  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000786294  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0035  16S ribosomal RNA  89.32 
 
 		 1510 bp  391  1e-106  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.96913  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0017  16S ribosomal RNA  81.28 
 
 		 1513 bp  385  1e-104  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805608  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0028  16S ribosomal RNA  81.28 
 
 		 1513 bp  385  1e-104  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00237559  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0033  16S ribosomal RNA  81.28 
 
 		 1513 bp  385  1e-104  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000156866  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1543 bp  381  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1543 bp  381  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1543 bp  381  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1543 bp  381  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0053  16S ribosomal RNA  83.62 
 
 		 1531 bp  381  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0058  16S ribosomal RNA  83.62 
 
 		 1531 bp  381  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1548 bp  381  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0326a  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1531 bp  381  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00754248  normal  0.161655 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1548 bp  381  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1548 bp  381  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  85.4 
 
 		 1548 bp  381  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 1495 bp  377  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0013  16S ribosomal RNA  83.48 
 
 		 1520 bp  379  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0001  16S ribosomal RNA  83.48 
 
 		 1520 bp  379  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 1495 bp  377  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 1495 bp  377  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 1495 bp  377  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12340  16S ribosomal RNA  82.23 
 
 		 1527 bp  373  1e-100  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.220883  normal  0.136388 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07380  16S ribosomal RNA  82.23 
 
 		 1527 bp  373  1e-100  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0389035  normal  0.172558 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0036  16S ribosomal RNA  88.22 
 
 		 1509 bp  367  6e-99  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.18027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>