More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0073 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1548 bp  1132    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1548 bp  1132    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 1518 bp  841    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 1518 bp  841    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1518 bp  833    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1518 bp  833    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1518 bp  833    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 1518 bp  841    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  83.64 
 
 		 1518 bp  841    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  86.09 
 
 		 1473 bp  771    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  86.09 
 
 		 1473 bp  771    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1529 bp  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 1518 bp  870    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 1518 bp  870    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 1518 bp  870    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 1518 bp  870    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 1518 bp  870    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1538 bp  870    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1538 bp  870    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1538 bp  870    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1538 bp  862    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  83.82 
 
 		 1538 bp  866    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1491 bp  823    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1491 bp  823    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1527 bp  759    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1527 bp  759    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1527 bp  759    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1471 bp  763    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1471 bp  763    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  87.29 
 
 		 1548 bp  1130    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  87.29 
 
 		 1548 bp  1130    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  90.07 
 
 		 1519 bp  1570    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  90 
 
 		 1504 bp  1540    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  89.91 
 
 		 1489 bp  1518    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  89.93 
 
 		 1501 bp  1534    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1477 bp  807    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1477 bp  807    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1477 bp  807    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1477 bp  807    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1555 bp  888    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 1542 bp  1031    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 1542 bp  1031    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  84.24 
 
 		 1495 bp  819    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 1534 bp  835    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1535 bp  815    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1533 bp  815    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1533 bp  815    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0001  16S ribosomal RNA  83.77 
 
 		 1535 bp  767    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000282718  hitchhiker  0.000910883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1535 bp  811    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1535 bp  811    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0071  16S ribosomal RNA  84.03 
 
 		 1535 bp  791    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00148247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1535 bp  811    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1535 bp  811    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1535 bp  811    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  84.18 
 
 		 1535 bp  811    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0143  16S ribosomal RNA  84.03 
 
 		 1535 bp  791    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000577207  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  84.1 
 
 		 1535 bp  803    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1535 bp  819    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1535 bp  807    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1535 bp  827    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1535 bp  787    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1535 bp  827    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1535 bp  827    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1535 bp  827    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 1535 bp  787    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  83.46 
 
 		 1532 bp  823    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 1532 bp  831    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1535 bp  799    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 1526 bp  821    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 1526 bp  821    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 1526 bp  821    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 1526 bp  821    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 1555 bp  954    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 1555 bp  954    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1555 bp  807    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0007  16S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 1555 bp  783    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0012678  normal  0.693673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0016  16S ribosomal RNA  84.03 
 
 		 1555 bp  791    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0251895  hitchhiker  0.00000000270434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1555 bp  815    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1555 bp  815    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  84 
 
 		 1555 bp  799    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 1555 bp  823    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1555 bp  807    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1555 bp  815    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>