More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0025 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0020  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1495 bp  696    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127613  normal  0.0141426 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S01  16S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 1382 bp  918    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0232245 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S02  16S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 1382 bp  918    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S03  16S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 1382 bp  918    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  99.53 
 
 		 1495 bp  2908    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0004  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1495 bp  696    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000518712  normal  0.582922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0053  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1495 bp  696    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000916534  normal  0.0303457 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0043  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1495 bp  696    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000158022  normal  0.338692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0055  16S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 1510 bp  609  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0011  16S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 1510 bp  609  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0049  16S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 1510 bp  609  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.54781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r13674  16S ribosomal RNA  83 
 
 		 1521 bp  466  1e-129  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0972385  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r07731  16S ribosomal RNA  83 
 
 		 1521 bp  466  1e-129  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0009  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1515 bp  454  1e-125  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  88.62 
 
 		 1525 bp  392  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  88.62 
 
 		 1525 bp  392  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG16SA  16S ribosomal RNA  81.72 
 
 		 1475 bp  381  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00161199 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SB  16S ribosomal RNA  81.72 
 
 		 1475 bp  381  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SC  16S ribosomal RNA  81.72 
 
 		 1475 bp  381  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.304262 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SD  16S ribosomal RNA  81.72 
 
 		 1475 bp  381  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1543 bp  377  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1548 bp  377  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1548 bp  377  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1548 bp  377  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1543 bp  377  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1548 bp  377  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1543 bp  377  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1543 bp  377  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  87.96 
 
 		 1528 bp  377  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0074  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.18727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0069  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000561178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0064  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000356751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0059  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00900498  hitchhiker  0.000470771 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 1585 bp  369  2e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 1610 bp  369  2e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 1610 bp  369  2e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 1610 bp  369  2e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0014  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0215019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 1586 bp  369  2e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 1586 bp  369  2e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 1586 bp  369  2e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  88.1 
 
 		 1586 bp  369  2e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0007  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1540 bp  361  3.9999999999999996e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  unclonable  0.000000000443158  hitchhiker  0.00339751 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0150  16S ribosomal RNA  87.83 
 
 		 1535 bp  361  3.9999999999999996e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000455239  unclonable  0.0000000346665 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0085  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1540 bp  361  3.9999999999999996e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000770905  normal  0.127075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0002  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1540 bp  361  3.9999999999999996e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153302  normal  0.0205506 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna52  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1535 bp  361  3.9999999999999996e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00245736  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna59  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1535 bp  361  3.9999999999999996e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00000514214  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0090  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1540 bp  361  3.9999999999999996e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000161015  normal  0.0579728 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  87.89 
 
 		 1563 bp  359  2e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  87.89 
 
 		 1563 bp  359  2e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0021  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1551 bp  351  4e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.184479  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0005  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1551 bp  351  4e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.872751  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1551 bp  351  4e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1551 bp  351  4e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1548 bp  351  4e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1548 bp  351  4e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1551 bp  351  4e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  87.63 
 
 		 1551 bp  351  4e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0057  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1519 bp  347  5.999999999999999e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.906516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0051  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1519 bp  347  5.999999999999999e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0045  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1519 bp  347  5.999999999999999e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  87.98 
 
 		 1471 bp  347  5.999999999999999e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  87.98 
 
 		 1471 bp  347  5.999999999999999e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0071  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1519 bp  347  5.999999999999999e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.351816  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0019  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1519 bp  347  5.999999999999999e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0005  16S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 1519 bp  347  5.999999999999999e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1529 bp  345  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0004  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1537 bp  345  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00316397  hitchhiker  0.0000733535 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0043  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1526 bp  345  2e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000809065  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1555 bp  345  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 1548 bp  343  9e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 1548 bp  343  9e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0129  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1537 bp  337  6e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000152153  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1518 bp  337  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0033  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1537 bp  337  6e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.48131  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1529 bp  337  6e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0137  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1537 bp  337  6e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00224733  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0021  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1555 bp  337  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267003  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1509 bp  337  6e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1509 bp  337  6e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0005  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1555 bp  337  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000520718  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0015  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1537 bp  337  6e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00010598  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  337  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  337  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  337  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  337  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  337  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0027  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1537 bp  337  6e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000499346  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0019  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1537 bp  337  6e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0082  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1537 bp  337  6e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000820075  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0001  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1555 bp  337  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000995354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0123  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1555 bp  337  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0112353  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1555 bp  337  6e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0130  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1555 bp  337  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0256321  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1555 bp  337  6e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1555 bp  337  6e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>