More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_r07731 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_r13674  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1521 bp  3015    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0972385  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0019  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1519 bp  1493    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0045  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 		 1519 bp  1495    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0018  16S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 1509 bp  1314    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.232461  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r07731  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1521 bp  3015    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0005  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1519 bp  1493    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0057  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 		 1519 bp  1495    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.906516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0051  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 		 1519 bp  1495    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0071  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1519 bp  1493    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.351816  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0012  16S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 1509 bp  1314    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.513424  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0050  16S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 1509 bp  1314    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0034  16S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 1509 bp  1314    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0055  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1510 bp  553  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0011  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1510 bp  553  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0049  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1510 bp  553  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.54781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  83 
 
 		 1495 bp  466  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  83 
 
 		 1495 bp  466  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  83 
 
 		 1495 bp  466  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0009  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 		 1515 bp  452  1.0000000000000001e-124  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 1495 bp  404  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0004  16S ribosomal RNA  85.42 
 
 		 1495 bp  391  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000518712  normal  0.582922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0043  16S ribosomal RNA  85.42 
 
 		 1495 bp  391  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000158022  normal  0.338692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0020  16S ribosomal RNA  85.42 
 
 		 1495 bp  391  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127613  normal  0.0141426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0053  16S ribosomal RNA  85.42 
 
 		 1495 bp  391  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000916534  normal  0.0303457 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SA  16S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 1475 bp  345  2e-92  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00161199 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SB  16S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 1475 bp  345  2e-92  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SC  16S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 1475 bp  345  2e-92  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.304262 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SD  16S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 1475 bp  345  2e-92  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S01  16S ribosomal RNA  81.37 
 
 		 1382 bp  337  6e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0232245 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S02  16S ribosomal RNA  81.37 
 
 		 1382 bp  337  6e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S03  16S ribosomal RNA  81.37 
 
 		 1382 bp  337  6e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 1528 bp  317  4.999999999999999e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0040  16S ribosomal RNA  83.16 
 
 		 1514 bp  291  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0677845 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0024  16S ribosomal RNA  83.16 
 
 		 1514 bp  291  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.103837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0035  16S ribosomal RNA  82.96 
 
 		 1514 bp  283  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0030  16S ribosomal RNA  82.96 
 
 		 1514 bp  283  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0042  16S ribosomal RNA  82.96 
 
 		 1514 bp  283  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0160041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0027  16S ribosomal RNA  82.96 
 
 		 1514 bp  283  7e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1538 bp  274  7e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1538 bp  274  7e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SA  16S ribosomal RNA  83.02 
 
 		 1551 bp  266  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SB  16S ribosomal RNA  83.02 
 
 		 1551 bp  266  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SC  16S ribosomal RNA  83.02 
 
 		 1551 bp  266  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SD  16S ribosomal RNA  83.02 
 
 		 1551 bp  266  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SE  16S ribosomal RNA  83.02 
 
 		 1551 bp  266  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SF  16S ribosomal RNA  83.02 
 
 		 1551 bp  266  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SG  16S ribosomal RNA  83.02 
 
 		 1551 bp  266  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 1532 bp  266  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 1532 bp  266  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0090  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1540 bp  242  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000161015  normal  0.0579728 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0085  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1540 bp  242  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000770905  normal  0.127075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0007  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1540 bp  242  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  unclonable  0.000000000443158  hitchhiker  0.00339751 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0002  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1540 bp  242  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153302  normal  0.0205506 
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1509 bp  234  6e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1509 bp  234  6e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1509 bp  234  6e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1509 bp  234  6e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1509 bp  234  6e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1509 bp  234  6e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1543 bp  228  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1543 bp  228  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1548 bp  228  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1548 bp  228  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1543 bp  228  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0098  16S ribosomal RNA  79.59 
 
 		 1526 bp  228  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00051751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1548 bp  228  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0008  16S ribosomal RNA  79.59 
 
 		 1526 bp  228  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00875237  normal  0.0127066 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1548 bp  228  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1543 bp  228  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0093  16S ribosomal RNA  79.59 
 
 		 1526 bp  228  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000957527 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0030  16S ribosomal RNA  79.59 
 
 		 1526 bp  228  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0013  16S ribosomal RNA  79.59 
 
 		 1526 bp  228  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152184  decreased coverage  0.00167903 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0073  16S ribosomal RNA  81.62 
 
 		 1542 bp  226  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1518 bp  226  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1514 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1514 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1514 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1514 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1512 bp  226  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0003  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  226  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193245  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0015  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1501 bp  226  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.484535 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0022  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1501 bp  226  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263982 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0011  16S ribosomal RNA  81.62 
 
 		 1542 bp  226  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0009  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000361089  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0003  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011323  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0028  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1501 bp  226  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232778 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0009  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1538 bp  226  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000102294  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna52  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1535 bp  226  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00245736  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna59  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1535 bp  226  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00000514214  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1543 bp  224  6e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 1543 bp  224  6e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 1495 bp  220  9e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 1495 bp  220  9e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1527 bp  218  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>