More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_R0008 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_R0008  16S ribosomal RNA  93.11 
 
 		 1494 bp  2125    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00811076  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0003  16S ribosomal RNA  92.52 
 
 		 1495 bp  2048    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000311763  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0003  16S ribosomal RNA  96.32 
 
 		 1495 bp  2527    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  92.61 
 
 		 1363 bp  1865    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  92.48 
 
 		 1364 bp  1850    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r1  16S ribosomal RNA  92.25 
 
 		 1509 bp  2022    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0003  16S ribosomal RNA  93.11 
 
 		 1494 bp  2125    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0008  16S ribosomal RNA  92.52 
 
 		 1495 bp  2048    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00667028  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0053  16S ribosomal RNA  93.72 
 
 		 1494 bp  2196    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000661064  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0048  16S ribosomal RNA  93.72 
 
 		 1494 bp  2196    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000451742  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0023  16S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 1495 bp  2040    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 1491 bp  466  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 1491 bp  466  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  85.14 
 
 		 1548 bp  460  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  85.14 
 
 		 1548 bp  460  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 1548 bp  442  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 1548 bp  442  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  84.86 
 
 		 1548 bp  440  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  84.86 
 
 		 1548 bp  440  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  83.54 
 
 		 1495 bp  440  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  83.54 
 
 		 1534 bp  440  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 1548 bp  442  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 1548 bp  442  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  83.59 
 
 		 1543 bp  432  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  83.59 
 
 		 1543 bp  432  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1543 bp  426  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1543 bp  426  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1543 bp  426  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1543 bp  426  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0007  16S ribosomal RNA  84.11 
 
 		 1538 bp  424  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0059  16S ribosomal RNA  84.11 
 
 		 1538 bp  424  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0041  16S ribosomal RNA  84.11 
 
 		 1538 bp  424  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0625865  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 		 1541 bp  414  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 		 1541 bp  414  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 		 1541 bp  414  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 		 1541 bp  414  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0004  16S ribosomal RNA  83.76 
 
 		 1537 bp  414  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00316397  hitchhiker  0.0000733535 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0140  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000215558  normal  0.420562 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0024  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000156444  unclonable  0.00000557557 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 1529 bp  408  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0008  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000302643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0019  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0082  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000820075  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0031  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00280995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0001  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018503  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0023  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0133874  normal  0.0284487 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0028  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.367758  hitchhiker  0.00870003 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0142  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000521528  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0011  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.215955  hitchhiker  0.000667795 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1477 bp  408  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1477 bp  408  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1477 bp  408  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 1477 bp  408  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0017  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00063861  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0014  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00269418  hitchhiker  0.000127856 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0033  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.48131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0140  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.471894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1541 bp  406  1e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0001  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.244767  unclonable  0.00000000000856539 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0027  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1536 bp  408  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.075558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0056  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1536 bp  408  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.67305 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0034  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1536 bp  408  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0034  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0472309  hitchhiker  0.000000000164853 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0062  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1536 bp  408  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0073  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000705466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0138  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000622632  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0007  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000793023  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0040  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000393481  normal  0.653671 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0006  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000817728  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0001  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000407555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0033  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000296484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0007  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00349022  normal  0.010097 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0017  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1537 bp  406  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000920242  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0154  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1537 bp  402  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000876044  normal  0.112474 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0094  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1537 bp  402  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.19947  normal  0.178091 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0001  16S ribosomal RNA  83.16 
 
 		 1538 bp  400  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00100673  unclonable  0.0000147486 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0015  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1537 bp  402  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00010598  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0027  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1537 bp  402  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000499346  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0149  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1537 bp  402  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0292185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0137  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1537 bp  402  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00224733  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1535 bp  402  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1535 bp  402  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1535 bp  402  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1535 bp  402  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1535 bp  402  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1535 bp  402  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1555 bp  402  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1555 bp  402  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1555 bp  402  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1555 bp  402  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1555 bp  402  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 1555 bp  402  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>