More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0059 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  85.29 
 
 		 1548 bp  1051    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  85.29 
 
 		 1548 bp  1051    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SA  16S ribosomal RNA  81.61 
 
 		 1554 bp  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0008  16S ribosomal RNA  82.36 
 
 		 1544 bp  686    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SC  16S ribosomal RNA  81.61 
 
 		 1554 bp  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.192835  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SD  16S ribosomal RNA  81.61 
 
 		 1554 bp  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SE  16S ribosomal RNA  81.61 
 
 		 1554 bp  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1551 bp  1116    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1473 bp  670    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1473 bp  670    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5738  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1508 bp  644    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5741  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1508 bp  644    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5744  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1508 bp  644    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  91.62 
 
 		 1541 bp  2004    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5750  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1508 bp  644    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00181478  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0015  16S ribosomal RNA  82.28 
 
 		 1544 bp  678    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5756  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1508 bp  644    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5759  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1509 bp  642    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5762  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1509 bp  642    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5765  16S ribosomal RNA  81.86 
 
 		 1508 bp  640    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0443196  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5768  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1508 bp  644    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.642383  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5771  16S ribosomal RNA  81.96 
 
 		 1562 bp  660    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000116476  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-1  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2076  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 		 1535 bp  666    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000346352  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0001  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1544 bp  694    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00178674  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-2  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-3  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  91.62 
 
 		 1541 bp  2004    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-5  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.528654  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-6  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139984  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-7  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-8  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-9  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1509 bp  644    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.375942  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_r01  16S ribosomal RNA  81.96 
 
 		 1555 bp  670    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_1  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_10  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_11  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_12  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_13  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_2  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_3  16S ribosomal RNA  81.86 
 
 		 1510 bp  644    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_4  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_5  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1509 bp  644    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_6  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.457482  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_7  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_8  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_9  16S ribosomal RNA  81.86 
 
 		 1509 bp  646    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_1  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.218805  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_10  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_11  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1503 bp  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_12  16S ribosomal RNA  81.86 
 
 		 1510 bp  644    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.379759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1551 bp  1116    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_2  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0475549  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_3  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1503 bp  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_4  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1503 bp  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.847073  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_5  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00145591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_6  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1510 bp  650    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_7  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.153942  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_8  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_9  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1510 bp  642    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.248358  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 1563 bp  1051    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 1563 bp  1051    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2706  16S ribosomal RNA  84.56 
 
 		 1536 bp  666    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000399166  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1551 bp  1116    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  82.81 
 
 		 1538 bp  640    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1491 bp  813    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 		 1491 bp  813    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1555 bp  803    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0042  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1497 bp  648    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000393609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0003  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1496 bp  648    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0041999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0038  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1497 bp  648    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0565772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  83.38 
 
 		 1534 bp  720    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 1555 bp  803    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0007  16S ribosomal RNA  83.1 
 
 		 1528 bp  706    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0027  16S ribosomal RNA  82.28 
 
 		 1544 bp  678    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.635376  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 1548 bp  1067    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  85.69 
 
 		 1548 bp  987    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  88.42 
 
 		 1519 bp  1592    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1504 bp  1562    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 1489 bp  1532    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 1501 bp  1548    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SA  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1507 bp  642    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0223129  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SB  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1507 bp  650    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00333572  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SC  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1507 bp  642    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 1541 bp  2002    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SE  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1507 bp  642    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000292428  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SF  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1507 bp  642    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SG  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1507 bp  642    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SH  16S ribosomal RNA  82.02 
 
 		 1507 bp  650    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SI  16S ribosomal RNA  81.94 
 
 		 1506 bp  644    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000329338  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  91.61 
 
 		 1541 bp  2002    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  91.55 
 
 		 1541 bp  1994    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1551 bp  1116    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1477 bp  817    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1477 bp  817    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1477 bp  817    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1477 bp  817    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  83.12 
 
 		 1555 bp  835    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1542 bp  914    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1542 bp  914    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>