More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP_Se16SD on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  84.88 
 
 
1548 bp  898    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  84.88 
 
 
1548 bp  898    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SA  16S ribosomal RNA  99.81 
 
 
1554 bp  3057    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SB  16S ribosomal RNA  99.81 
 
 
1554 bp  3057    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0781222  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SC  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 
1554 bp  3065    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.192835  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SD  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1554 bp  3081    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SE  16S ribosomal RNA  99.68 
 
 
1554 bp  3041    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_Se16SF  16S ribosomal RNA  99.74 
 
 
1554 bp  3049    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5738  16S ribosomal RNA  92.65 
 
 
1508 bp  2078    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5741  16S ribosomal RNA  92.65 
 
 
1508 bp  2078    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5744  16S ribosomal RNA  92.65 
 
 
1508 bp  2078    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5747  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 
1509 bp  2056    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5750  16S ribosomal RNA  92.65 
 
 
1508 bp  2078    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00181478  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5753  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 
1509 bp  2060    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5756  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 
1508 bp  2070    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5759  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 
1509 bp  2064    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5762  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 
1509 bp  2064    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5765  16S ribosomal RNA  92.65 
 
 
1508 bp  2081    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0443196  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5768  16S ribosomal RNA  92.65 
 
 
1508 bp  2078    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.642383  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5771  16S ribosomal RNA  92.85 
 
 
1562 bp  2159    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000116476  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SA  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 
1551 bp  1332    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SB  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 
1551 bp  1332    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SC  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 
1551 bp  1332    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SD  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 
1551 bp  1332    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SE  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 
1551 bp  1332    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SF  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 
1551 bp  1332    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  Sa16SG  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 
1551 bp  1332    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-1  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-10  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 
1510 bp  2058    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-11  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 
1510 bp  2058    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-2  16S ribosomal RNA  92.73 
 
 
1510 bp  2081    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-3  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-4  16S ribosomal RNA  92.4 
 
 
1510 bp  2042    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.823998  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-5  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.528654  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-6  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139984  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-7  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-8  16S ribosomal RNA  92.66 
 
 
1510 bp  2074    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  rRNA-16s-9  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 
1509 bp  2072    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.375942  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_r01  16S ribosomal RNA  92.91 
 
 
1555 bp  2167    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_1  16S ribosomal RNA  92.66 
 
 
1510 bp  2074    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_10  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_11  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_12  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_13  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_2  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_3  16S ribosomal RNA  92.47 
 
 
1510 bp  2050    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_4  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 
1510 bp  2058    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_5  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 
1509 bp  2072    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_6  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.457482  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_7  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_8  16S ribosomal RNA  92.66 
 
 
1510 bp  2074    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  rRNA-16SrRNA_9  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 
1509 bp  2072    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_1  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.218805  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_10  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_11  16S ribosomal RNA  92.56 
 
 
1503 bp  2052    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_12  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 
1510 bp  2058    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.379759  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_13  16S ribosomal RNA  92.43 
 
 
1503 bp  2036    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529698  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_2  16S ribosomal RNA  92.66 
 
 
1510 bp  2074    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0475549  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_3  16S ribosomal RNA  92.5 
 
 
1503 bp  2044    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_4  16S ribosomal RNA  92.56 
 
 
1503 bp  2052    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.847073  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_5  16S ribosomal RNA  92.73 
 
 
1510 bp  2081    Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00145591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_6  16S ribosomal RNA  92.66 
 
 
1510 bp  2074    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_7  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 
1510 bp  2066    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.153942  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_8  16S ribosomal RNA  92.66 
 
 
1510 bp  2074    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  rRNA-16SrRNA_9  16S ribosomal RNA  92.53 
 
 
1510 bp  2058    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.248358  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  85.24 
 
 
1548 bp  902    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  85.24 
 
 
1548 bp  902    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SA  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 
1507 bp  2060    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0223129  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SB  16S ribosomal RNA  92.72 
 
 
1507 bp  2076    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00333572  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SC  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 
1507 bp  2060    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SD  16S ribosomal RNA  92.38 
 
 
1507 bp  2036    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.532325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SE  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 
1507 bp  2060    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000292428  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SF  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 
1507 bp  2060    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SG  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 
1507 bp  2060    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SH  16S ribosomal RNA  92.65 
 
 
1507 bp  2068    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SI  16S ribosomal RNA  92.58 
 
 
1506 bp  2066    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000329338  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SJ  16S ribosomal RNA  92.52 
 
 
1507 bp  2052    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.617912  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  Ba16SK  16S ribosomal RNA  92.52 
 
 
1507 bp  2052    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  84.42 
 
 
1555 bp  938    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2998  16S ribosomal RNA  83.8 
 
 
1522 bp  710    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3001  16S ribosomal RNA  83.8 
 
 
1517 bp  710    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3004  16S ribosomal RNA  83.8 
 
 
1522 bp  710    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3007  16S ribosomal RNA  83.8 
 
 
1522 bp  710    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3010  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 
1522 bp  702    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3013  16S ribosomal RNA  83.9 
 
 
1522 bp  718    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3018  16S ribosomal RNA  83.8 
 
 
1518 bp  710    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_3021  16S ribosomal RNA  83.8 
 
 
1518 bp  710    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r01  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1522 bp  694    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r04  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1522 bp  694    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r07  16S ribosomal RNA  83.8 
 
 
1522 bp  710    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r10  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1522 bp  694    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r13  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1522 bp  694    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r16  16S ribosomal RNA  83.69 
 
 
1522 bp  706    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r19  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 
1522 bp  702    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r22  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 
1522 bp  694    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r26  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 
1522 bp  702    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_r30  16S ribosomal RNA  83.71 
 
 
1517 bp  702    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  83.13 
 
 
1532 bp  640    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0008  16S ribosomal RNA  84.07 
 
 
1530 bp  888    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0950518  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0015  16S ribosomal RNA  84.07 
 
 
1689 bp  888    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.015768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>