More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0009 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00001  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 1542 bp  1150    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.01898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00006  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 1542 bp  1150    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0446208  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 1542 bp  1118    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00011  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 1542 bp  1150    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0360816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 1542 bp  1118    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 1542 bp  1118    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00020  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 1542 bp  1150    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0158539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0003  16S ribosomal RNA  86.62 
 
 		 1530 bp  1150    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000874227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0027  16S ribosomal RNA  86.62 
 
 		 1530 bp  1150    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000160494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 1530 bp  1102    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0090  16S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 1530 bp  1142    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000103004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0098  16S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 1530 bp  1142    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000143523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0103  16S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 1530 bp  1142    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00308735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0113  16S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 1530 bp  1142    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000562425  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1473 bp  1376    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1473 bp  1376    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1529 bp  1126    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 1529 bp  1120    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1529 bp  1126    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 1529 bp  1120    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1529 bp  1126    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1529 bp  1126    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 1529 bp  1120    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 1529 bp  1120    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1529 bp  1126    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 1538 bp  1027    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 1538 bp  1027    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 1538 bp  1027    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 1585 bp  1102    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 1610 bp  1102    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 1610 bp  1102    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 1610 bp  1102    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  87.42 
 
 		 1491 bp  1330    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  87.42 
 
 		 1491 bp  1330    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  87.94 
 
 		 1527 bp  1051    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 1527 bp  1043    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 1527 bp  1043    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 1527 bp  1043    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 1527 bp  1043    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 1527 bp  1043    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1480 bp  1102    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 		 1480 bp  1094    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0015  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 		 1480 bp  1094    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000646037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 1480 bp  1110    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0075  16S ribosomal RNA  85.5 
 
 		 1480 bp  1078    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000694489  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0001  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 		 1480 bp  1094    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000508168  normal  0.804592 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1535 bp  1094    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1535 bp  1094    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  86.04 
 
 		 1535 bp  1102    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  86.04 
 
 		 1533 bp  1102    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1535 bp  1094    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  86.04 
 
 		 1533 bp  1102    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1535 bp  1086    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1535 bp  1094    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  88.4 
 
 		 1586 bp  1094    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  88.4 
 
 		 1586 bp  1094    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  88.4 
 
 		 1586 bp  1094    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  88.4 
 
 		 1586 bp  1094    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 1526 bp  1110    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0040  16S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 1527 bp  1096    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000422035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0055  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1526 bp  1102    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000262376  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0066  16S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 1527 bp  1096    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000961074  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0071  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 1526 bp  1110    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000358619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0083  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1526 bp  1102    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000003607  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  86.48 
 
 		 1535 bp  1132    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1535 bp  1136    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1535 bp  1136    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1535 bp  1136    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  86.48 
 
 		 1535 bp  1132    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1535 bp  1136    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1535 bp  1144    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 1535 bp  1108    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  86.33 
 
 		 1535 bp  1116    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1535 bp  1112    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1535 bp  1112    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1535 bp  1120    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  86.33 
 
 		 1535 bp  1116    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  85.68 
 
 		 1535 bp  1112    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 1532 bp  1114    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 		 1532 bp  1114    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0003  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 1526 bp  1110    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000145483  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0007  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 1526 bp  1110    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000074395  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0017  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 		 1526 bp  1094    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000179112  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0067  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1526 bp  1102    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000751539  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0084  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1526 bp  1102    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000608912  normal  0.0264011 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0090  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1526 bp  1102    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000114709  normal  0.794618 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0003  16S ribosomal RNA  85.8 
 
 		 1536 bp  1110    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000117489  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0007  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1536 bp  1102    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000560463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0016  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1536 bp  1102    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000390781  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0065  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1536 bp  1102    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000935197  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0081  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 1478 bp  1108    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000115486  normal  0.0218853 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0082  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1478 bp  1100    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000337138  normal  0.0111555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 1555 bp  1118    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0001  16S ribosomal RNA  87.06 
 
 		 1537 bp  1178    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00518638  normal  0.485409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0004  16S ribosomal RNA  86.98 
 
 		 1537 bp  1170    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000279849  hitchhiker  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0014  16S ribosomal RNA  86.91 
 
 		 1537 bp  1162    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000324534  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0019  16S ribosomal RNA  86.98 
 
 		 1537 bp  1170    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000962307  normal  0.557456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0022  16S ribosomal RNA  86.98 
 
 		 1537 bp  1170    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00001194  unclonable  0.0000109151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0050  16S ribosomal RNA  86.98 
 
 		 1537 bp  1170    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0125127  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0112  16S ribosomal RNA  86.98 
 
 		 1537 bp  1170    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000370609  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>