More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0384 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00001  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1542 bp  1080    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.01898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00006  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1542 bp  1080    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0446208  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 1542 bp  1049    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00011  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1542 bp  1080    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0360816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 1542 bp  1049    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 1542 bp  1049    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00020  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1542 bp  1080    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0158539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0003  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 1530 bp  1088    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000874227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0027  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 1530 bp  1088    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000160494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1530 bp  1041    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0090  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1530 bp  1080    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000103004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0098  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1530 bp  1080    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000143523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0103  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1530 bp  1080    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00308735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0113  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1530 bp  1080    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000562425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1548 bp  997    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1548 bp  997    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  88.12 
 
 		 1473 bp  1469    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  88.12 
 
 		 1473 bp  1469    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1529 bp  1065    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1529 bp  1059    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1529 bp  1065    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1529 bp  1059    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1529 bp  1065    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1529 bp  1065    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1529 bp  1059    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1529 bp  1059    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1529 bp  1065    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  88.01 
 
 		 1585 bp  1017    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  88.01 
 
 		 1610 bp  1017    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  88.01 
 
 		 1610 bp  1017    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  88.01 
 
 		 1610 bp  1017    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 1491 bp  1342    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 1491 bp  1342    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1480 bp  1047    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 1480 bp  1039    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0015  16S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 1480 bp  1039    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000646037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  85.62 
 
 		 1480 bp  1055    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0075  16S ribosomal RNA  85.31 
 
 		 1480 bp  1023    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000694489  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0001  16S ribosomal RNA  85.46 
 
 		 1480 bp  1039    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000508168  normal  0.804592 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 		 1535 bp  1025    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 		 1535 bp  1025    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1535 bp  1033    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1533 bp  1033    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 		 1535 bp  1025    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1533 bp  1033    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1535 bp  1017    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  85.65 
 
 		 1535 bp  1025    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 1586 bp  1009    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 1586 bp  1009    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 1586 bp  1009    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 1586 bp  1009    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1526 bp  1059    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0040  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1527 bp  1053    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000422035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0055  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1526 bp  1051    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000262376  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0066  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 1527 bp  1053    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000961074  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0071  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 		 1526 bp  1067    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000358619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0083  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1526 bp  1059    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000003607  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1535 bp  1063    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 1535 bp  1067    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 1535 bp  1067    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 1535 bp  1067    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1535 bp  1063    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  85.6 
 
 		 1535 bp  1067    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 1535 bp  1074    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  85.94 
 
 		 1535 bp  1039    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1535 bp  1047    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1535 bp  1043    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1535 bp  1043    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 1535 bp  1051    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1535 bp  1047    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1535 bp  1043    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  88.22 
 
 		 1532 bp  1027    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  88.22 
 
 		 1532 bp  1027    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0003  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 		 1526 bp  1067    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000145483  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0007  16S ribosomal RNA  84.41 
 
 		 1526 bp  1067    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000074395  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0017  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1526 bp  1051    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000179112  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0067  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1526 bp  1051    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000751539  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0084  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1526 bp  1059    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000608912  normal  0.0264011 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0090  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1526 bp  1059    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000114709  normal  0.794618 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0003  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1536 bp  1059    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000117489  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0007  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1536 bp  1059    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000560463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0016  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 1536 bp  1051    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000390781  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0065  16S ribosomal RNA  84.34 
 
 		 1536 bp  1059    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000935197  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0081  16S ribosomal RNA  85.62 
 
 		 1478 bp  1055    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000115486  normal  0.0218853 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0082  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1478 bp  1047    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000337138  normal  0.0111555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  86.09 
 
 		 1555 bp  1049    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0001  16S ribosomal RNA  86.78 
 
 		 1537 bp  1108    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00518638  normal  0.485409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0004  16S ribosomal RNA  86.7 
 
 		 1537 bp  1100    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000279849  hitchhiker  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0014  16S ribosomal RNA  86.62 
 
 		 1537 bp  1092    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000324534  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0019  16S ribosomal RNA  86.7 
 
 		 1537 bp  1100    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000962307  normal  0.557456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0022  16S ribosomal RNA  86.7 
 
 		 1537 bp  1100    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00001194  unclonable  0.0000109151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0050  16S ribosomal RNA  86.7 
 
 		 1537 bp  1100    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0125127  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0112  16S ribosomal RNA  86.7 
 
 		 1537 bp  1100    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000370609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0132  16S ribosomal RNA  86.62 
 
 		 1537 bp  1092    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000703057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 1538 bp  1061    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1538 bp  1068    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0001  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1555 bp  1041    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00717512  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0009  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1557 bp  1033    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  normal  0.051604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0085  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1557 bp  1033    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000147539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0104  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1557 bp  1033    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00262578  normal  0.0215304 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>