More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4417 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 		 307 aa  622  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  85.52 
 
 		 305 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  75.86 
 
 		 293 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  75.86 
 
 		 293 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  75.86 
 
 		 293 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  75.86 
 
 		 293 aa  454  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  74.14 
 
 		 294 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  74.83 
 
 		 294 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  74.15 
 
 		 294 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  74.15 
 
 		 294 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  73.47 
 
 		 294 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  73.13 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  73.13 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  76.11 
 
 		 335 aa  362  4e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  75.66 
 
 		 335 aa  358  5e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  52.1 
 
 		 311 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  52.1 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 295 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 295 aa  259  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 301 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 300 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 296 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 316 aa  242  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 296 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 296 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 321 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 321 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 318 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 314 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  39.38 
 
 		 300 aa  209  7e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 300 aa  206  6e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.59 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 303 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.79 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.12 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 306 aa  197  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 		 306 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 306 aa  195  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 		 303 aa  192  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3150  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.81 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0814  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2169  LysR family regulatory protein  35.21 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225103  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>