57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1109 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 93 aa  186  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4335  XRE family transcriptional regulator  92.47 
 
 		 93 aa  174  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.827532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  90.22 
 
 		 93 aa  170  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  90.22 
 
 		 93 aa  170  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  89.13 
 
 		 93 aa  168  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3517  XRE family transcriptional regulator  73.12 
 
 		 93 aa  140  7e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2102  hypothetical protein  69.89 
 
 		 93 aa  137  7e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1039  hypothetical protein  69.89 
 
 		 93 aa  136  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4348  hypothetical protein  67.74 
 
 		 93 aa  134  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  72.09 
 
 		 89 aa  127  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0118  XRE family transcriptional regulator  65.17 
 
 		 94 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3840  hypothetical protein  63.44 
 
 		 93 aa  124  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12776  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1109  transcriptional regulator, XRE family  61.29 
 
 		 93 aa  120  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1581  hypothetical protein  51.61 
 
 		 94 aa  100  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.89904  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  51.09 
 
 		 95 aa  100  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  51.11 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  45.83 
 
 		 96 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27820  hypothetical protein  52.33 
 
 		 95 aa  91.3  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  45.83 
 
 		 96 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 93 aa  89.4  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3970  transcriptional regulator  53.52 
 
 		 72 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1558  hypothetical protein  37.21 
 
 		 95 aa  65.5  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101581 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 94 aa  63.9  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  40.79 
 
 		 92 aa  63.9  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  39.08 
 
 		 94 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1887  hypothetical protein  59.52 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 115 aa  53.5  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4450  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 119 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0293  hypothetical protein  40 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000404115  normal  0.251611 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0276  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 107 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000123998 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0723  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.474185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3975  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0483  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 105 aa  51.2  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1141  hypothetical protein  33.73 
 
 		 93 aa  51.2  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.328884  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0402  hypothetical protein  33.73 
 
 		 93 aa  51.2  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.782427  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 111 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4189  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4297  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0994  hypothetical protein  37.65 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4238  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4132  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3843  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4385  hypothetical protein  35.05 
 
 		 112 aa  47  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 113 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 111 aa  45.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3587  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 105 aa  45.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400871  normal  0.443277 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2804  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0766  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 111 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135908  normal  0.0218259 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0917  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 109 aa  45.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7058  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0843  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 112 aa  42  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.107177  normal  0.529462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5345  hypothetical protein  54.55 
 
 		 57 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5295  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 128 aa  40.4  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5325  XRE family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.307634 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>