More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3714 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3714  nickel ABC transporter permease(nikB)  100 
 
 
315 aa  612  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.97 
 
 
315 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
316 aa  231  9e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00994535  normal  0.14386 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.79 
 
 
339 aa  230  2e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
319 aa  225  9e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.17237 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
313 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.23 
 
 
316 aa  224  2e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0880861  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
322 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
316 aa  222  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.585262  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
322 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
322 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
320 aa  222  8e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.96 
 
 
318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.392  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
334 aa  219  5e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.55 
 
 
313 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  37.22 
 
 
313 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
317 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.22 
 
 
315 aa  217  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
318 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  38.26 
 
 
313 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
313 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.1 
 
 
321 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
314 aa  215  8e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
316 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.72 
 
 
314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.409377 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  37.3 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  37.3 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.47 
 
 
333 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
324 aa  213  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.3 
 
 
306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  37.3 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.3 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8180  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  36.83 
 
 
313 aa  212  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119694  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.05 
 
 
314 aa  212  7e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
313 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.16 
 
 
318 aa  211  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.270371  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
334 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  37.9 
 
 
314 aa  211  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
315 aa  210  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.42 
 
 
306 aa  209  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.22 
 
 
314 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
314 aa  209  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
313 aa  209  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6476  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  38.83 
 
 
316 aa  209  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348696  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
341 aa  208  8e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673833  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
306 aa  208  9e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
306 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
345 aa  208  1e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
306 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  37.58 
 
 
314 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0250  peptide ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
318 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
313 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3761  nickel transporter permease NikB  38.46 
 
 
314 aa  207  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.66 
 
 
306 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
306 aa  207  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  35.02 
 
 
316 aa  206  3e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.66 
 
 
306 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
306 aa  207  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.66 
 
 
306 aa  207  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.66 
 
 
306 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  36.66 
 
 
306 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0156  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.1 
 
 
318 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.383247  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
318 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03326  nickel transporter subunit  38.14 
 
 
314 aa  206  5e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0238  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  38.14 
 
 
314 aa  206  5e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03279  hypothetical protein  38.14 
 
 
314 aa  206  5e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3844  nickel transporter permease NikB  38.14 
 
 
314 aa  206  5e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0239  nickel transporter permease NikB  38.14 
 
 
314 aa  206  5e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3959  nickel transporter permease NikB  38.14 
 
 
314 aa  206  5e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
306 aa  206  5e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3676  nickel transporter permease NikB  38.14 
 
 
314 aa  206  5e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.66 
 
 
306 aa  206  6e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  35.93 
 
 
337 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3251  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.44 
 
 
312 aa  205  7e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4817  nickel transporter permease NikB  38.14 
 
 
314 aa  205  7e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.07 
 
 
331 aa  205  8e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.1 
 
 
313 aa  205  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
314 aa  204  1e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.935308  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  36.33 
 
 
306 aa  203  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
306 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
313 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
334 aa  204  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
315 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
308 aa  204  2e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
313 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
312 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.794004  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
306 aa  203  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
306 aa  202  4e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
317 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367401  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  36.33 
 
 
306 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  36.33 
 
 
306 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>