More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3134 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3134  putative Alpha-ribazole phosphatase (anaerobic pathway of cobalamin biosynthesis, cobC)  100 
 
 
197 aa  384  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552809  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0462  Phosphoglycerate mutase  41.92 
 
 
192 aa  129  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47660  hypothetical protein  41.4 
 
 
194 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0822377  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4110  hypothetical protein  40.54 
 
 
194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1716  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase, putative  37.84 
 
 
190 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.507425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3673  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  37.02 
 
 
190 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0299984  normal  0.0692383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1649  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  37.43 
 
 
191 aa  102  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  hitchhiker  0.00512316 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1249  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.21 
 
 
207 aa  102  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.29402  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1453  Phosphoglycerate mutase  37.91 
 
 
190 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0695577  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2159  hypothetical protein  31.19 
 
 
213 aa  100  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1855  phosphoglycerate mutase  37.43 
 
 
209 aa  100  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.54332  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1239  alpha-ribazole phosphatase  37.43 
 
 
189 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.670412  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01925  alpha-ribazole-5''''-phosphate phosphatase  41.72 
 
 
196 aa  96.7  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.920687  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1279  alpha-ribazole phosphatase  37.91 
 
 
188 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.684394 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1121  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.16 
 
 
198 aa  95.5  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.568184  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33040  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase protein  41.18 
 
 
189 aa  94.7  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.011687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1928  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  35.09 
 
 
201 aa  94.4  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0314739  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0703  Fis family transcriptional regulator  36.67 
 
 
217 aa  94.4  9e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.123579  normal  0.22759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1680  alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase  36.81 
 
 
188 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4039  phosphoglycerate mutase  36.81 
 
 
188 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1908  phosphoglycerate mutase  32.46 
 
 
208 aa  93.6  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0327  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  40 
 
 
189 aa  92  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2250  Phosphoglycerate mutase  36.67 
 
 
195 aa  91.7  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.408643 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0269  phosphoglycerate mutase  36.65 
 
 
207 aa  91.7  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0711  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
203 aa  89.4  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2817  phosphoglycerate mutase  40 
 
 
206 aa  88.6  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00859935  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0639  Phosphoglycerate mutase  36.99 
 
 
193 aa  87  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3383  phosphoglycerate mutase  34.36 
 
 
204 aa  87  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1758  phosphoglycerate mutase  32.4 
 
 
190 aa  84.7  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0909512  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0464  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  35.84 
 
 
197 aa  83.6  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0771  Phosphoglycerate mutase  36.6 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0621  phosphoglycerate mutase family protein  36.6 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0488  fructose-2,6-bisphosphatase-like protein  32.79 
 
 
207 aa  81.6  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2711  alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC, putative  37.43 
 
 
202 aa  80.5  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.319958  normal  0.544372 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1007  phosphoglycerate mutase  32.12 
 
 
241 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3502  Phosphoglycerate mutase  36.02 
 
 
200 aa  79.3  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3374  Phosphoglycerate mutase  38.46 
 
 
189 aa  77.8  0.00000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.822383  normal  0.0226984 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4087  phosphoglycerate mutase  29.3 
 
 
215 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0398  Phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 
209 aa  76.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.95004  normal  0.481126 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1696  Phosphoglycerate mutase  36.26 
 
 
201 aa  76.3  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2789  Phosphoglycerate mutase  31.1 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3312  Phosphoglycerate mutase  31.1 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176703  normal  0.738547 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0700  alpha-ribazole phosphatase  32.6 
 
 
202 aa  75.1  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00606561  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3737  phosphoglycerate mutase  29.94 
 
 
228 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1455  phosphoglycerate mutase  30.77 
 
 
201 aa  74.7  0.0000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1409  phosphoglycerate mutase  30.77 
 
 
201 aa  74.7  0.0000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.650422  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1597  Phosphoglycerate mutase  29.38 
 
 
206 aa  73.9  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0746  alpha-ribazole phosphatase  32.04 
 
 
202 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000196602  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3818  Phosphoglycerate mutase  35.37 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.824484  normal  0.361533 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0485  phosphoglycerate mutase  30.26 
 
 
445 aa  73.6  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.081071 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0759  alpha-ribazole phosphatase  32.04 
 
 
202 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0339259  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0803  alpha-ribazole phosphatase  32.04 
 
 
202 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00133737  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0686  alpha-ribazole phosphatase  32.04 
 
 
213 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000115234  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3085  Phosphoglycerate mutase  38.5 
 
 
205 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.115286  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0902  phosphoglycerate mutase  32.39 
 
 
411 aa  72  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0126145  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3088  alpha-ribazole phosphatase  28.74 
 
 
213 aa  72  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000263977  hitchhiker  0.00177034 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1840  phosphoglycerate mutase  36.96 
 
 
194 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0552863  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2451  phosphoglycerate mutase  36.96 
 
 
194 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20579  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3595  phosphoglycerate mutase  37.35 
 
 
402 aa  72  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.977614  hitchhiker  0.000137269 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0327  phosphoglycerate mutase  30.86 
 
 
389 aa  71.6  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5074  bifunctional RNase H/acid phosphatase  38.41 
 
 
378 aa  71.6  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0171562  normal  0.0167384 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1136  phosphoglycerate mutase  32.7 
 
 
235 aa  71.6  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2647  Phosphoglycerate mutase  29.27 
 
 
212 aa  71.2  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.372085 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1953  bifunctional RNase H/acid phosphatase  35.43 
 
 
382 aa  71.2  0.000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2980  phosphoglycerate mutase  39.62 
 
 
205 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2494  Phosphoglycerate mutase  35.33 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.439678  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3007  alpha-ribazole phosphatase  29.05 
 
 
203 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000150204  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2456  alpha-ribazole phosphatase  36.41 
 
 
194 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.788863  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02509  phosphoglycerate mutase  35.11 
 
 
214 aa  70.5  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2893  phosphoglycerate mutase  35.63 
 
 
205 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.209877  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00607  predicted alpha-ribazole-5'-P phosphatase  29.05 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000725652  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0664  alpha-ribazole phosphatase  29.05 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000732678  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0690  alpha-ribazole phosphatase  29.05 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194009  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0727  alpha-ribazole phosphatase  29.05 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000487704  normal  0.192993 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00596  hypothetical protein  29.05 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000603804  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1544  phosphoglycerate mutase  30.89 
 
 
256 aa  69.7  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0862  putative alpha-ribazole-5`-phosphate phosphatase CobC  33.75 
 
 
200 aa  69.3  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0114  Phosphoglycerate mutase  29.48 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000110333  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1226  Phosphoglycerate mutase  36.97 
 
 
195 aa  68.9  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.129631  normal  0.708444 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2083  Phosphoglycerate mutase  33.16 
 
 
412 aa  68.9  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.244664  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0658  alpha-ribazole phosphatase  29.61 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000037528  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2988  alpha-ribazole phosphatase  29.61 
 
 
203 aa  68.9  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000161375  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0659  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  29.5 
 
 
200 aa  68.9  0.00000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0693  alpha-ribazole-5-phosphate phosphatase, putative  29.5 
 
 
200 aa  68.9  0.00000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2311  phosphoglycerate mutase  38.41 
 
 
440 aa  68.9  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.3615 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1465  alpha-ribazole phosphatase  32.95 
 
 
205 aa  68.6  0.00000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2256  phosphoglycerate mutase  34.24 
 
 
192 aa  68.6  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00135316  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02129  hypothetical protein  32.39 
 
 
204 aa  68.2  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0651  phosphoglycerate mutase  32.93 
 
 
235 aa  68.2  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.761339 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6815  Fructose-2 6-bisphosphatase-like protein  38.31 
 
 
452 aa  68.2  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12100  fructose-2,6-bisphosphatase  32.99 
 
 
279 aa  67.8  0.00000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0451501  normal  0.0684118 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0603  hypothetical protein  33.33 
 
 
192 aa  67.4  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2078  phosphoglycerate mutase  29.94 
 
 
212 aa  67.4  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1553  Phosphoglycerate mutase  34.21 
 
 
200 aa  67.8  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233017  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1975  Phosphoglycerate mutase  25.84 
 
 
207 aa  67.4  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00690294  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2646  Phosphoglycerate mutase  29.52 
 
 
214 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.451935 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1615  phosphoglycerate mutase  35.56 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.979507  normal  0.794966 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2487  phosphoglycerate mutase  33.8 
 
 
203 aa  67  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118155  normal  0.0901499 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_597  phosphoglycerate mutase family  29.19 
 
 
200 aa  67  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000681703  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2516  Phosphoglycerate mutase  26.77 
 
 
448 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>