More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2301 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  100 
 
 		 688 aa  1407    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  77.36 
 
 		 687 aa  1095    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  75.25 
 
 		 688 aa  1093    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  77.68 
 
 		 689 aa  1132    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  73.33 
 
 		 690 aa  1077    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  75.83 
 
 		 689 aa  1117    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  76.16 
 
 		 688 aa  1081    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  74.26 
 
 		 424 aa  624  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  70.6 
 
 		 418 aa  617  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3800  Cytochrome b/b6 domain protein  67.23 
 
 		 417 aa  585  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0464  cytochrome b/b6 domain-containing protein  69.92 
 
 		 428 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  67.14 
 
 		 425 aa  583  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  69.17 
 
 		 430 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  69.17 
 
 		 430 aa  580  1e-164  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.271762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2766  Cytochrome b/b6 domain  69.17 
 
 		 430 aa  580  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.447139 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6797  cytochrome b/b6 domain-containing protein  70.45 
 
 		 420 aa  572  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0708619  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7536  Cytochrome b/b6 domain protein  69.67 
 
 		 428 aa  565  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0448545  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3204  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit  65 
 
 		 422 aa  561  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545864  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1540  cytochrome b/b6 domain-containing protein  64.73 
 
 		 426 aa  553  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  63.83 
 
 		 439 aa  552  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3041  Cytochrome b/b6 domain protein  63.74 
 
 		 422 aa  555  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.568197  normal  0.966888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2777  Cytochrome b/b6 domain  64.11 
 
 		 426 aa  551  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2165  cytochrome b/b6-like  62.2 
 
 		 428 aa  531  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1542  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  63.46 
 
 		 432 aa  520  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.836015  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0737  cytochrome b/b6  60.33 
 
 		 428 aa  521  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.113656 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1624  cytochrome b/b6 domain-containing protein  62.2 
 
 		 431 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1491  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  62.98 
 
 		 432 aa  511  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  61.31 
 
 		 405 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1344  cytochrome b/b6-like protein  58.22 
 
 		 426 aa  496  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.179671  normal  0.0287438 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1395  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.76 
 
 		 421 aa  488  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.935928  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0677  cytochrome b/b6-like  57.04 
 
 		 429 aa  484  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.206684  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2813  cytochrome b/b6-like  55 
 
 		 442 aa  481  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.668626  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_002978  WD1071  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  58.46 
 
 		 409 aa  471  1.0000000000000001e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0625  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.96 
 
 		 410 aa  466  9.999999999999999e-131  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.393492  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0326  cytochrome b/b6-like  53.97 
 
 		 451 aa  468  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.756049 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0511  cytochrome b/b6  57.53 
 
 		 408 aa  456  1e-127  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000312335  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.37 
 
 		 440 aa  456  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3277  cytochrome b  51.95 
 
 		 449 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.92 
 
 		 401 aa  450  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1395  cytochrome b  53.74 
 
 		 445 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0062  cytochrome b/b6 domain-containing protein  53.5 
 
 		 445 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.422457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0521  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.99 
 
 		 408 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.518371  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  53.04 
 
 		 445 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal  0.411139 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  47.39 
 
 		 410 aa  387  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  50.13 
 
 		 403 aa  382  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  48.37 
 
 		 408 aa  380  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  48.88 
 
 		 404 aa  374  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  49.38 
 
 		 404 aa  375  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  48.87 
 
 		 403 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0278  Cytochrome b/b6 domain  48.58 
 
 		 417 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  48.62 
 
 		 403 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  46.52 
 
 		 426 aa  369  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  47.13 
 
 		 413 aa  365  1e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  45.32 
 
 		 422 aa  365  2e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  45.23 
 
 		 410 aa  363  7.0000000000000005e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  45.99 
 
 		 459 aa  360  5e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  44.5 
 
 		 421 aa  358  1.9999999999999998e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  42.83 
 
 		 466 aa  356  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  44.69 
 
 		 433 aa  351  3e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.12 
 
 		 404 aa  350  6e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.12 
 
 		 404 aa  350  6e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  47.12 
 
 		 403 aa  349  8e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.09 
 
 		 404 aa  349  9e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000189636  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6796  cytochrome c1  62.45 
 
 		 298 aa  349  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.866248  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.12 
 
 		 404 aa  349  1e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.87 
 
 		 404 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  46.87 
 
 		 403 aa  348  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00440  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  45.5 
 
 		 419 aa  348  2e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121242  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  42.86 
 
 		 414 aa  348  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  47.09 
 
 		 404 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000382146  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  44.36 
 
 		 423 aa  347  3e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  40.74 
 
 		 467 aa  348  3e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3200  cytochrome b/b6-like protein  47.62 
 
 		 404 aa  347  3e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201205  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.87 
 
 		 404 aa  348  3e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.87 
 
 		 404 aa  348  3e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.86 
 
 		 404 aa  347  4e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.37 
 
 		 404 aa  346  6e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.27 
 
 		 404 aa  347  6e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.27 
 
 		 404 aa  346  7e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2661  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  43.57 
 
 		 422 aa  346  8e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00823249  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  39.56 
 
 		 466 aa  346  1e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  45.41 
 
 		 404 aa  346  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  46.88 
 
 		 747 aa  344  2e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  41.74 
 
 		 470 aa  345  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  44.47 
 
 		 422 aa  344  2.9999999999999997e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.58 
 
 		 404 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  45.19 
 
 		 421 aa  344  2.9999999999999997e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000729315  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.61 
 
 		 404 aa  343  4e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.8 
 
 		 410 aa  343  5e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  46.12 
 
 		 403 aa  343  5e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7535  cytochrome c1  61.69 
 
 		 298 aa  341  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834957  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  44.7 
 
 		 464 aa  341  2e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  43.27 
 
 		 421 aa  341  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  42.89 
 
 		 459 aa  340  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  39.52 
 
 		 466 aa  340  4e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.86 
 
 		 403 aa  340  5e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  40.22 
 
 		 466 aa  340  7e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  42.65 
 
 		 459 aa  340  7e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2164  cytochrome c1  62.65 
 
 		 281 aa  340  7e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.82 
 
 		 404 aa  339  9e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>