291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3277 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0062  cytochrome b/b6 domain-containing protein  80.18 
 
 
445 aa  739    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.422457  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1395  cytochrome b  80.41 
 
 
445 aa  740    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3277  cytochrome b  100 
 
 
449 aa  902    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  80.41 
 
 
445 aa  738    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal  0.411139 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0326  cytochrome b/b6-like  82.04 
 
 
451 aa  768    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.756049 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2813  cytochrome b/b6-like  81.96 
 
 
442 aa  757    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.668626  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  84.3 
 
 
440 aa  741    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2165  cytochrome b/b6-like  57.33 
 
 
428 aa  502  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1542  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.37 
 
 
432 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.836015  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1624  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.26 
 
 
431 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  57.34 
 
 
418 aa  492  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1491  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.92 
 
 
432 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1540  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.58 
 
 
426 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3204  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit  55.13 
 
 
422 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545864  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1395  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.89 
 
 
421 aa  478  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.935928  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2777  Cytochrome b/b6 domain  55.74 
 
 
426 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127052  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  54.92 
 
 
689 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0677  cytochrome b/b6-like  56.45 
 
 
429 aa  473  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.206684  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  55.38 
 
 
690 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3041  Cytochrome b/b6 domain protein  55.5 
 
 
422 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.568197  normal  0.966888 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  56.19 
 
 
689 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1344  cytochrome b/b6-like protein  55.4 
 
 
426 aa  473  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.179671  normal  0.0287438 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.64 
 
 
424 aa  473  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3800  Cytochrome b/b6 domain protein  55.53 
 
 
417 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306373 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  55.71 
 
 
688 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  55.84 
 
 
687 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0737  cytochrome b/b6  56.81 
 
 
428 aa  468  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.113656 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  53.15 
 
 
430 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.271762  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2766  Cytochrome b/b6 domain  53.15 
 
 
430 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.447139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  53.15 
 
 
430 aa  462  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.23 
 
 
439 aa  461  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  54.88 
 
 
425 aa  459  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0464  cytochrome b/b6 domain-containing protein  53.12 
 
 
428 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524709  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  51.71 
 
 
688 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  54.44 
 
 
688 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6797  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.02 
 
 
420 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0708619  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_002978  WD1071  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  53.27 
 
 
409 aa  439  9.999999999999999e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7536  Cytochrome b/b6 domain protein  54.76 
 
 
428 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0448545  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0511  cytochrome b/b6  50.7 
 
 
408 aa  421  1e-116  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000312335  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  52.8 
 
 
405 aa  412  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0521  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  49.17 
 
 
408 aa  414  1e-114  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.518371  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0625  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  51.31 
 
 
410 aa  393  1e-108  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.393492  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  49.52 
 
 
401 aa  374  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  45.06 
 
 
410 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.92 
 
 
470 aa  333  4e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  41.87 
 
 
466 aa  329  6e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  42.39 
 
 
466 aa  329  7e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  43.69 
 
 
414 aa  329  8e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  45.96 
 
 
747 aa  328  9e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0278  Cytochrome b/b6 domain  42.96 
 
 
417 aa  325  1e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5502  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.39 
 
 
471 aa  324  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.189406 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  43.19 
 
 
410 aa  323  4e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  43.48 
 
 
403 aa  323  5e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  43.24 
 
 
403 aa  322  8e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  44.36 
 
 
421 aa  322  9.000000000000001e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  41.65 
 
 
466 aa  322  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  43.67 
 
 
433 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.56 
 
 
467 aa  320  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  43.44 
 
 
426 aa  319  5e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.42 
 
 
472 aa  319  6e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.78 
 
 
410 aa  319  6e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  44.82 
 
 
403 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  43.37 
 
 
403 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  43.5 
 
 
422 aa  318  1e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.82 
 
 
404 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.82 
 
 
404 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0790  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.42 
 
 
473 aa  317  3e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  42.42 
 
 
473 aa  317  4e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.58 
 
 
404 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.34 
 
 
403 aa  316  5e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  43.37 
 
 
403 aa  315  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  44.87 
 
 
403 aa  315  9.999999999999999e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  41.94 
 
 
404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  42.69 
 
 
408 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.23 
 
 
404 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  41.94 
 
 
404 aa  313  2.9999999999999996e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  43.21 
 
 
464 aa  314  2.9999999999999996e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.72 
 
 
404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  44.31 
 
 
413 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0360  cytochrome b/b6 domain-containing protein  40.69 
 
 
460 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0523678  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  44.36 
 
 
459 aa  312  6.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.72 
 
 
404 aa  311  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  39.22 
 
 
459 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  40.69 
 
 
460 aa  312  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  41.69 
 
 
466 aa  311  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  39 
 
 
459 aa  311  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  40.86 
 
 
466 aa  311  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  43.88 
 
 
404 aa  311  2e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.47 
 
 
404 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0421  cytochrome b/b6 domain-containing protein  40 
 
 
460 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270463 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  42.4 
 
 
422 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0442  cytochrome b/b6 domain-containing protein  40 
 
 
460 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  40 
 
 
459 aa  310  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2665  cytochrome b/b6-like  40.18 
 
 
460 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.628042  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.86 
 
 
404 aa  310  4e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0345  cytochrome b/b6 domain-containing protein  40.26 
 
 
459 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.61 
 
 
404 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.61 
 
 
404 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.37 
 
 
404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.97 
 
 
404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>