294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1395 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0677  cytochrome b/b6-like  82.86 
 
 
429 aa  714    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.206684  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1395  cytochrome b/b6 domain-containing protein  100 
 
 
421 aa  843    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.935928  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1344  cytochrome b/b6-like protein  79.95 
 
 
426 aa  698    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.179671  normal  0.0287438 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3204  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit  63.86 
 
 
422 aa  543  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545864  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2165  cytochrome b/b6-like  65.21 
 
 
428 aa  542  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1540  cytochrome b/b6 domain-containing protein  64.11 
 
 
426 aa  538  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2777  Cytochrome b/b6 domain  63.04 
 
 
426 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127052  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1624  cytochrome b/b6 domain-containing protein  65.06 
 
 
431 aa  534  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3041  Cytochrome b/b6 domain protein  62.26 
 
 
422 aa  534  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.568197  normal  0.966888 
 
 
-
 
NC_004310  BR1542  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  65.54 
 
 
432 aa  533  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.836015  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1491  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  65.06 
 
 
432 aa  528  1e-149  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  62.02 
 
 
418 aa  527  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  64.5 
 
 
405 aa  511  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0062  cytochrome b/b6 domain-containing protein  60.9 
 
 
445 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.422457  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  59.52 
 
 
688 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1395  cytochrome b  60.66 
 
 
445 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.33 
 
 
425 aa  502  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2813  cytochrome b/b6-like  58.33 
 
 
442 aa  501  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.668626  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.24 
 
 
445 aa  501  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal  0.411139 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3800  Cytochrome b/b6 domain protein  59.32 
 
 
417 aa  499  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306373 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  58.8 
 
 
689 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  59.41 
 
 
689 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.59 
 
 
439 aa  494  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.27 
 
 
424 aa  492  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0464  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.71 
 
 
428 aa  490  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524709  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0326  cytochrome b/b6-like  57.58 
 
 
451 aa  489  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.756049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  57.73 
 
 
690 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  58.05 
 
 
688 aa  491  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  57.59 
 
 
687 aa  486  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  56.76 
 
 
688 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.21 
 
 
430 aa  487  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.271762  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  58.72 
 
 
430 aa  487  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2766  Cytochrome b/b6 domain  59.21 
 
 
430 aa  487  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.447139 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  57.81 
 
 
440 aa  480  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3277  cytochrome b  56.05 
 
 
449 aa  476  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0737  cytochrome b/b6  57.38 
 
 
428 aa  474  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.113656 
 
 
-
 
NC_002978  WD1071  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.04 
 
 
409 aa  472  1e-132  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6797  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.96 
 
 
420 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0708619  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7536  Cytochrome b/b6 domain protein  58.97 
 
 
428 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0448545  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0511  cytochrome b/b6  55.45 
 
 
408 aa  457  1e-127  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000312335  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0521  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.93 
 
 
408 aa  450  1e-125  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.518371  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.36 
 
 
401 aa  451  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0625  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  55.61 
 
 
410 aa  445  1.0000000000000001e-124  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.393492  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  44.54 
 
 
466 aa  374  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  47.55 
 
 
414 aa  374  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.9 
 
 
470 aa  373  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.54 
 
 
466 aa  373  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50.24 
 
 
410 aa  372  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  50.37 
 
 
403 aa  372  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  48.29 
 
 
403 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  48.05 
 
 
403 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  50.12 
 
 
404 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  48.07 
 
 
433 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  47.68 
 
 
410 aa  368  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0278  Cytochrome b/b6 domain  47.36 
 
 
417 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  47.47 
 
 
410 aa  368  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  49.88 
 
 
404 aa  364  2e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  49.76 
 
 
459 aa  363  4e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  47.2 
 
 
408 aa  363  4e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  43.72 
 
 
466 aa  362  7.0000000000000005e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  46.81 
 
 
426 aa  359  5e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  46.04 
 
 
413 aa  356  2.9999999999999997e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  48.12 
 
 
422 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50.12 
 
 
403 aa  354  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0790  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.81 
 
 
473 aa  355  1e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  47.41 
 
 
421 aa  353  2.9999999999999997e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  49.04 
 
 
422 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  50 
 
 
403 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50 
 
 
404 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.15 
 
 
472 aa  353  4e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50 
 
 
404 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50 
 
 
404 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.55 
 
 
404 aa  352  8.999999999999999e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000189636  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  44.59 
 
 
473 aa  352  8.999999999999999e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  50.12 
 
 
403 aa  352  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.9 
 
 
467 aa  351  1e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  47.55 
 
 
404 aa  351  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000382146  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.3 
 
 
404 aa  351  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.55 
 
 
404 aa  350  3e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.55 
 
 
404 aa  350  3e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.55 
 
 
404 aa  350  3e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  47.55 
 
 
404 aa  350  3e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  47.89 
 
 
421 aa  349  4e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000729315  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  49.14 
 
 
403 aa  349  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.06 
 
 
404 aa  348  7e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5502  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.57 
 
 
471 aa  349  7e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.189406 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0609  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  47.55 
 
 
404 aa  348  9e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.3 
 
 
404 aa  348  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  43.78 
 
 
459 aa  348  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.55 
 
 
404 aa  347  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.3 
 
 
404 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  43.78 
 
 
459 aa  347  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00440  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  46.96 
 
 
419 aa  347  2e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121242  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3762  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.3 
 
 
404 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150358  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.06 
 
 
404 aa  347  3e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  43.71 
 
 
466 aa  347  3e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2661  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  44.96 
 
 
422 aa  346  5e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00823249  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  45.99 
 
 
423 aa  346  6e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.5 
 
 
460 aa  345  8e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  44.67 
 
 
466 aa  345  1e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>