290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3204 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR1542  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  80.62 
 
 		 432 aa  690    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.836015  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1540  cytochrome b/b6 domain-containing protein  85.41 
 
 		 426 aa  749    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2777  Cytochrome b/b6 domain  85.61 
 
 		 426 aa  741    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1491  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  79.9 
 
 		 432 aa  681    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2165  cytochrome b/b6-like  79.24 
 
 		 428 aa  698    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3204  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit  100 
 
 		 422 aa  855    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545864  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3041  Cytochrome b/b6 domain protein  85.13 
 
 		 422 aa  737    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.568197  normal  0.966888 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1624  cytochrome b/b6 domain-containing protein  79.86 
 
 		 431 aa  686    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  66.9 
 
 		 688 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  66.43 
 
 		 418 aa  577  1.0000000000000001e-163  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  66.43 
 
 		 689 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  65 
 
 		 688 aa  561  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  65.01 
 
 		 689 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  65.22 
 
 		 688 aa  564  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1344  cytochrome b/b6-like protein  64.51 
 
 		 426 aa  559  1e-158  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.179671  normal  0.0287438 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  64.52 
 
 		 690 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0464  cytochrome b/b6 domain-containing protein  63.94 
 
 		 428 aa  557  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  63.77 
 
 		 687 aa  552  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  65.06 
 
 		 424 aa  554  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  64.22 
 
 		 425 aa  554  1e-156  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  62.8 
 
 		 430 aa  550  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  62.8 
 
 		 430 aa  548  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.271762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2766  Cytochrome b/b6 domain  62.8 
 
 		 430 aa  548  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.447139 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0737  cytochrome b/b6  62.91 
 
 		 428 aa  544  1e-154  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.113656 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  63.49 
 
 		 439 aa  544  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1395  cytochrome b/b6 domain-containing protein  63.86 
 
 		 421 aa  543  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.935928  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3800  Cytochrome b/b6 domain protein  62.86 
 
 		 417 aa  543  1e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7536  Cytochrome b/b6 domain protein  64.27 
 
 		 428 aa  536  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0448545  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6797  cytochrome b/b6 domain-containing protein  66.17 
 
 		 420 aa  537  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0708619  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0677  cytochrome b/b6-like  63.02 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.206684  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0062  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.08 
 
 		 445 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.422457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1395  cytochrome b  58.08 
 
 		 445 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  60.9 
 
 		 405 aa  489  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.21 
 
 		 445 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal  0.411139 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0326  cytochrome b/b6-like  56.4 
 
 		 451 aa  485  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.756049 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2813  cytochrome b/b6-like  55.81 
 
 		 442 aa  484  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.668626  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.78 
 
 		 440 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  0.0553063 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3277  cytochrome b  55.4 
 
 		 449 aa  478  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1071  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  55.26 
 
 		 409 aa  466  9.999999999999999e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0511  cytochrome b/b6  56.31 
 
 		 408 aa  464  1e-129  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000312335  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0521  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  54.13 
 
 		 408 aa  450  1e-125  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.518371  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0625  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  53.27 
 
 		 410 aa  436  1e-121  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.393492  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  53.1 
 
 		 401 aa  428  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  44.62 
 
 		 466 aa  378  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.05 
 
 		 470 aa  371  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  45.13 
 
 		 466 aa  365  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.56 
 
 		 467 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  44.5 
 
 		 414 aa  362  8e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  48.17 
 
 		 459 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.08 
 
 		 472 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  47.16 
 
 		 403 aa  356  5e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  47.16 
 
 		 403 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  41.25 
 
 		 466 aa  355  8.999999999999999e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  46.8 
 
 		 408 aa  355  8.999999999999999e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0278  Cytochrome b/b6 domain  45.37 
 
 		 417 aa  355  1e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0360  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.52 
 
 		 460 aa  354  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0523678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.52 
 
 		 460 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0345  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.95 
 
 		 459 aa  352  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0421  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.08 
 
 		 460 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000270463 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0442  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.08 
 
 		 460 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0790  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.93 
 
 		 473 aa  352  8e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5502  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.83 
 
 		 471 aa  352  8e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189406 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  45.54 
 
 		 410 aa  352  8.999999999999999e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  44.17 
 
 		 459 aa  351  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0714  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.67 
 
 		 469 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.455479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  43.93 
 
 		 473 aa  352  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2665  cytochrome b/b6-like  43.08 
 
 		 460 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.628042  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  47.79 
 
 		 403 aa  350  3e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  45.04 
 
 		 433 aa  349  6e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  41.47 
 
 		 466 aa  349  7e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  42.95 
 
 		 459 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  43.18 
 
 		 459 aa  347  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  47.95 
 
 		 747 aa  347  2e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  45.43 
 
 		 426 aa  347  3e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3229  cytochrome b/b6-like protein  44.96 
 
 		 467 aa  346  5e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1201  Cytochrome b/b6 domain protein  43.38 
 
 		 478 aa  345  7e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  43.18 
 
 		 466 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3092  cytochrome b/b6, N-terminal  44.08 
 
 		 467 aa  344  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363468  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  45.32 
 
 		 422 aa  344  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  44.82 
 
 		 410 aa  343  5e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.32 
 
 		 410 aa  339  5.9999999999999996e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  46.59 
 
 		 403 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2742  cytochrome b/b6 domain-containing protein  41.76 
 
 		 460 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.59 
 
 		 404 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.59 
 
 		 404 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  45.85 
 
 		 403 aa  335  9e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.1 
 
 		 404 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  45.5 
 
 		 404 aa  335  1e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  44.76 
 
 		 422 aa  335  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  45.5 
 
 		 404 aa  334  2e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2976  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  43.2 
 
 		 460 aa  333  3e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.235665  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  42.92 
 
 		 421 aa  332  8e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  42.58 
 
 		 413 aa  330  2e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  45.12 
 
 		 403 aa  329  7e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  44.53 
 
 		 404 aa  328  8e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.74 
 
 		 404 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  45.01 
 
 		 404 aa  326  5e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.39 
 
 		 403 aa  326  6e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  45.84 
 
 		 464 aa  326  6e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  44.53 
 
 		 404 aa  326  6e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>