More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1940 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  100 
 
 
308 aa  606  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.32 
 
 
306 aa  316  3e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  50 
 
 
328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  45.6 
 
 
318 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.63 
 
 
311 aa  228  1e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.35 
 
 
316 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  48.29 
 
 
306 aa  219  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.31 
 
 
305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.54 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.88 
 
 
323 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.39 
 
 
329 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
323 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.51 
 
 
323 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.65 
 
 
323 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  35.56 
 
 
326 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
323 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
323 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  36.42 
 
 
323 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  34.18 
 
 
332 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.86 
 
 
332 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.36 
 
 
323 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 
319 aa  159  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  33.54 
 
 
332 aa  158  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  36.05 
 
 
323 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  36.05 
 
 
323 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  36.05 
 
 
323 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  36.05 
 
 
323 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.05 
 
 
323 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
326 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.14 
 
 
324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.99 
 
 
323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.82 
 
 
326 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
327 aa  152  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
328 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
327 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
327 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
328 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
327 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  27.8 
 
 
315 aa  145  6e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.21 
 
 
328 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.24 
 
 
316 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.24 
 
 
316 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.24 
 
 
316 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.24 
 
 
316 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.24 
 
 
316 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 
327 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.53 
 
 
328 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  32.59 
 
 
327 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.73 
 
 
325 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.28 
 
 
315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.53 
 
 
326 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
325 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
329 aa  135  8e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
328 aa  134  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
330 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  31.7 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  29.37 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  29.37 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
351 aa  112  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
325 aa  112  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.17 
 
 
339 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  29.45 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
342 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
348 aa  106  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
341 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  27.5 
 
 
359 aa  104  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  27.85 
 
 
347 aa  85.5  9e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  32.54 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3129  UDP-glucose 4-epimerase  34.91 
 
 
321 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2586  UDP-glucose 4-epimerase  34.91 
 
 
321 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2141  UDP-glucose 4-epimerase  33.72 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.955109  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1563  UDP-glucose 4-epimerase  36 
 
 
337 aa  73.9  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2726  UDP-glucose 4-epimerase  34.32 
 
 
324 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00760058  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1657  UDP-glucose 4-epimerase  38.32 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.408778  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  31.33 
 
 
319 aa  72.4  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
310 aa  72.4  0.000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0592  capsular polysaccharide biosynthesis protein  33.15 
 
 
334 aa  72  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.1 
 
 
320 aa  72.4  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3550  UDP-galactose 4-epimerase  35.19 
 
 
355 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.211522 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0768  UDP-galactose 4-epimerase  36.21 
 
 
337 aa  71.2  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
308 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.34 
 
 
316 aa  70.5  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0739  UDP-glucose 4-epimerase  35.8 
 
 
327 aa  70.5  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.209358  hitchhiker  0.00614298 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1106  UDP-glucose 4-epimerase  32.94 
 
 
337 aa  70.1  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.675883  normal  0.914714 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  26.97 
 
 
635 aa  70.1  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0795  UDP-glucose 4-epimerase  35.8 
 
 
327 aa  69.7  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  34.86 
 
 
329 aa  69.7  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
337 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.69 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  34.62 
 
 
337 aa  68.9  0.00000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>