159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5408 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5408  flavonol synthase/dioxygenase  100 
 
 		 327 aa  688    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2705  2OG-Fe(II) oxygenase  60.24 
 
 		 328 aa  427  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.384991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1135  2OG-Fe(II) oxygenase  61.23 
 
 		 340 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4741  putative 2OG-Fe(II) oxygenase  59.44 
 
 		 330 aa  410  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00486881  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1085  2OG-Fe(II) oxygenase  61.06 
 
 		 338 aa  395  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.758067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0261  2OG-Fe(II) oxygenase  54.97 
 
 		 333 aa  374  1e-102  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05960  oxidoreductase, putative  46.71 
 
 		 338 aa  277  2e-73  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_49924  predicted protein  40 
 
 		 564 aa  199  6e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02380  conserved hypothetical protein  35.21 
 
 		 236 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.042266 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07953  conserved hypothetical protein  32.65 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.679163  normal  0.189791 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00051  conserved hypothetical protein: thymine dioxygenase (Eurofung)  32.47 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.862893  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03672  conserved hypothetical protein  28.86 
 
 		 335 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.278231  normal  0.0460454 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2834  2OG-Fe(II) oxygenase  33.33 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.155948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1377  2OG-Fe(II) oxygenase  34.27 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.537796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5574  2OG-Fe(II) oxygenase  30.43 
 
 		 321 aa  125  7e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31468  predicted protein  29.71 
 
 		 341 aa  125  9e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.561665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2706  2OG-Fe(II) oxygenase  30.12 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_11188  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G00230)  31.33 
 
 		 349 aa  124  3e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2858  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  31.21 
 
 		 337 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.863693  normal  0.0710897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3772  2OG-Fe(II) oxygenase  33.23 
 
 		 348 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01276  oxidoreductase  31.23 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192671  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC02720  conserved hypothetical protein  30.03 
 
 		 345 aa  122  7e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1242  2OG-Fe(II) oxygenase  30.03 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888679 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5111  2OG-Fe(II) oxygenase  29.05 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.141171  normal  0.0243264 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4357  2OG-Fe(II) oxygenase  30.79 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0225  putative oxidoreductase  29.88 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1040  2OG-Fe(II) oxygenase  32.59 
 
 		 309 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.93578 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01810  putative oxidoreductase  30.18 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.773533  normal  0.461944 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0856  2OG-Fe(II) oxygenase  30.65 
 
 		 313 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46878  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17574  predicted protein  31.43 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.769732  normal  0.690692 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4845  2OG-Fe(II) oxygenase  32.14 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4351  2OG-Fe(II) oxygenase  32.01 
 
 		 337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2435  2OG-Fe(II) oxygenase  29 
 
 		 318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000377785  normal  0.0745566 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2219  2OG-Fe(II) oxygenase  30.89 
 
 		 341 aa  115  8.999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.127604  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1002  2OG-Fe(II) oxygenase  29.5 
 
 		 318 aa  115  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1330  2OG-Fe(II) oxygenase  30.65 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.000246979  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4042  2OG-Fe(II) oxygenase  30.98 
 
 		 339 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF01370  conserved hypothetical protein  29.34 
 
 		 330 aa  112  7.000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10948  oxidoreductase  28.1 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.452034  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1850  2OG-Fe(II) oxygenase  29.34 
 
 		 346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.617074  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1897  2OG-Fe(II) oxygenase  29.34 
 
 		 346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.995168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1831  2OG-Fe(II) oxygenase  29.34 
 
 		 346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1362  2OG-Fe(II) oxygenase  29.85 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.310836  normal  0.0218299 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0672  2OG-Fe(II) oxygenase  29.22 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4845  2OG-Fe(II) oxygenase  29.6 
 
 		 329 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.266793  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1698  2OG-Fe(II) oxygenase  31.99 
 
 		 317 aa  109  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.199962  normal  0.108876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0182  2OG-Fe(II) oxygenase  32.47 
 
 		 311 aa  109  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2994  2OG-Fe(II) oxygenase  28.7 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.12104 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02390  conserved hypothetical protein  27.16 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2980  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family  30.3 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00391841  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0662  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  30.03 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.937654 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3490  2OG-Fe(II) oxygenase  29.83 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.948158  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3553  2OG-Fe(II) oxygenase  29.83 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.379896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3331  2OG-Fe(II) oxygenase  30.77 
 
 		 340 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3503  2OG-Fe(II) oxygenase  29.83 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00994559  normal  0.800786 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2839  2OG-Fe(II) oxygenase  29.6 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.323961  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3655  2OG-Fe(II) oxygenase  30.51 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1602  2OG-Fe(II) oxygenase  28.48 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.29559 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1818  putative oxidoreductase  31.38 
 
 		 329 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.645361 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0758  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family  29.22 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1380  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  29.39 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.87154  normal  0.0133355 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2602  2OG-Fe(II) oxygenase  31.33 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0477  2OG-Fe(II) oxygenase  27.67 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.784236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4054  2OG-Fe(II) oxygenase  29.63 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.96316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5231  2OG-Fe(II) oxygenase  29.66 
 
 		 351 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51972  flavonol synthase  29.15 
 
 		 361 aa  103  6e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.842126 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02390  conserved hypothetical protein  28.21 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00526  conserved hypothetical protein  26.67 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.333094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4252  2OG-Fe(II) oxygenase  28.66 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2580  2OG-Fe(II) oxygenase  28.72 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3600  2OG-Fe(II) oxygenase  28.33 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.105776  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3673  2OG-Fe(II) oxygenase  28.33 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3605  2OG-Fe(II) oxygenase  28.33 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138274  normal  0.571446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2508  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  28.81 
 
 		 347 aa  96.3  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.107596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1639  2OG-Fe(II) oxygenase  30.33 
 
 		 346 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.459164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0258  2OG-Fe(II) oxygenase  26.27 
 
 		 343 aa  95.1  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2035  2OG-Fe(II) oxygenase  26.51 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4579  2OG-Fe(II) oxygenase  28.57 
 
 		 349 aa  94  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1265  2OG-Fe(II) oxygenase  24.1 
 
 		 356 aa  94  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.602158  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1098  2OG-Fe(II) oxygenase  26.81 
 
 		 323 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00260099  normal  0.465631 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_51291  predicted protein  30.91 
 
 		 300 aa  92.8  8e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.964092  normal  0.399853 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36774  predicted protein  30.91 
 
 		 300 aa  92.8  8e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.169141  normal  0.0126038 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5009  2OG-Fe(II) oxygenase  29.37 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.455169  normal  0.73905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2334  2OG-Fe(II) oxygenase  26.53 
 
 		 350 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1590  2OG-Fe(II) oxygenase  29.03 
 
 		 279 aa  92  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.253534 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0672  2OG-Fe(II) oxygenase  26.82 
 
 		 343 aa  89.4  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3789  2OG-Fe(II) oxygenase  25.91 
 
 		 352 aa  89.4  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1716  2OG-Fe(II) oxygenase  26.51 
 
 		 323 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.863963 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1487  2OG-Fe(II) oxygenase  28.19 
 
 		 279 aa  87.4  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1333  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  24.91 
 
 		 330 aa  86.7  5e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.73522  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2744  2OG-Fe(II) oxygenase  27.36 
 
 		 355 aa  86.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2663  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  27.36 
 
 		 355 aa  86.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3166  2OG-Fe(II) oxygenase  27.36 
 
 		 335 aa  86.3  7e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.64138  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1214  2OG-Fe(II) oxygenase family oxidoreductase  24.91 
 
 		 330 aa  86.3  7e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.982444  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10026  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G11160)  27.08 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.558826  normal  0.219855 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0775  2OG-Fe(II) oxygenase  27.27 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214657  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1340  2OG-Fe(II) oxygenase  26.96 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0498174  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1140  2OG-Fe(II) oxygenase  27.78 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.592265  normal  0.158878 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02655  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G00800)  26.12 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.263931 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2394  2OG-Fe(II) oxygenase  27.24 
 
 		 279 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.991367 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>