222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3849 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  661    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  78.33 
 
 		 325 aa  531  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  78.64 
 
 		 325 aa  531  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 339 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 345 aa  165  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  159  6e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  31.95 
 
 		 319 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  32.79 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  33.55 
 
 		 338 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  34.38 
 
 		 339 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  31.46 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  32.17 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  32.17 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  32.17 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  32.17 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  32.17 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  32.17 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  32.17 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  30.89 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  32.57 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  34 
 
 		 318 aa  145  9e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2127  putative transcriptional regulator (repressor) transcription regulator protein  31.51 
 
 		 315 aa  142  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0550  transcriptional regulator  32.03 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  31.15 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  31.15 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  30 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2702  DeoR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2506  DeoR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140537  normal  0.33164 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2635  DeoR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 340 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3240  transcriptional regulator, DeoR family  29.78 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3606  DeoR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 		 315 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5918  DeoR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1977  DeoR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 337 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2587  DeoR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 337 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2611  DeoR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 337 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.682873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1720  DeoR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.925466  normal  0.0186791 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3776  DeoR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5157  transcriptional regulator, DeoR family  29.28 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2312  sugar-binding domain-containing protein  30.09 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2414  DeoR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.415693  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  30 
 
 		 694 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  29.05 
 
 		 700 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0496  DeoR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.858474  hitchhiker  0.000586642 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1900  transcriptional regulator, DeoR family protein  29.75 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481716  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  30.62 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3585  hypothetical protein  28.38 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0184789  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4059  DeoR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 326 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.810419  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  26.07 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4121  DeoR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  29.8 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 310 aa  123  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2395  transcriptional regulator, putative  28.48 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3075  DeoR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 335 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  30.29 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  30.03 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  30.03 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  30.03 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  30.03 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  30.03 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  27.42 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  30.03 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  26.52 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  30.03 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  27.42 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 315 aa  119  9e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3563  hypothetical protein  30.82 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  27.1 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  27.1 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  27.1 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  27.1 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  27.1 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  27.1 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3753  transcriptional regulator, DeoR family  28.35 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2359  DeoR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3451  transcriptional regulator, DeoR family  29.77 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3825  Glycerone kinase  29.14 
 
 		 695 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0322545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 315 aa  116  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1680  DeoR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  23.58 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  29 
 
 		 694 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>