More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0541 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0541  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 320 aa  648    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.743734  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0058  methionyl-tRNA formyltransferase  74.19 
 
 		 311 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.820848  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0075  methionyl-tRNA formyltransferase  74.28 
 
 		 311 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.716754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  73.62 
 
 		 311 aa  457  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  66.89 
 
 		 306 aa  428  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  66.89 
 
 		 306 aa  424  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  67.22 
 
 		 306 aa  427  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  63.99 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  57.83 
 
 		 311 aa  359  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  57.83 
 
 		 310 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  56.65 
 
 		 312 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3304  methionyl-tRNA formyltransferase  61.81 
 
 		 307 aa  355  5e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607232  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1320  methionyl-tRNA formyltransferase  56.31 
 
 		 309 aa  355  5.999999999999999e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0626  methionyl-tRNA formyltransferase  58.52 
 
 		 310 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.274146  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  56.91 
 
 		 314 aa  342  4e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  54.78 
 
 		 310 aa  341  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0497  methionyl-tRNA formyltransferase  57.61 
 
 		 317 aa  341  1e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  57.1 
 
 		 313 aa  339  4e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  57.14 
 
 		 308 aa  338  8e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0806  methionyl-tRNA formyltransferase  59.61 
 
 		 310 aa  338  9e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.283838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  54.14 
 
 		 310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  54.78 
 
 		 310 aa  333  3e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1129  methionyl-tRNA formyltransferase  55.02 
 
 		 312 aa  332  4e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  56.23 
 
 		 309 aa  330  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  55.99 
 
 		 309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  56.37 
 
 		 310 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  55.34 
 
 		 309 aa  323  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  53.48 
 
 		 312 aa  310  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  56.62 
 
 		 297 aa  309  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  55.3 
 
 		 299 aa  308  9e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  53.7 
 
 		 301 aa  305  5.0000000000000004e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  52.4 
 
 		 308 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2894  methionyl-tRNA formyltransferase  53.07 
 
 		 301 aa  297  1e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0446  methionyl-tRNA formyltransferase  51.44 
 
 		 311 aa  297  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  51.13 
 
 		 302 aa  291  8e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3351  methionyl-tRNA formyltransferase  55.31 
 
 		 309 aa  291  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  50.81 
 
 		 302 aa  289  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0249  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 306 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.153512 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 302 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  48.1 
 
 		 305 aa  276  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  49.19 
 
 		 325 aa  259  3e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  46.2 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  48.06 
 
 		 301 aa  255  8e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  45.89 
 
 		 314 aa  255  8e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  45.97 
 
 		 314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  44.3 
 
 		 314 aa  252  8.000000000000001e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  44.3 
 
 		 314 aa  252  8.000000000000001e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  45.45 
 
 		 319 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  47.37 
 
 		 314 aa  248  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  46.37 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  46.81 
 
 		 327 aa  246  3e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  44.77 
 
 		 315 aa  246  4e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  44.77 
 
 		 315 aa  246  4e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  44.77 
 
 		 315 aa  246  4e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  44.77 
 
 		 315 aa  246  4e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  44.77 
 
 		 315 aa  246  4e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  46.18 
 
 		 323 aa  245  6e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  45.02 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  43.97 
 
 		 322 aa  245  6.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  44.08 
 
 		 315 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  44.44 
 
 		 315 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  46.18 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  44.77 
 
 		 315 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  45.57 
 
 		 314 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  46.2 
 
 		 331 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  46.48 
 
 		 327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  46.81 
 
 		 327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  44.04 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  44.16 
 
 		 315 aa  243  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  47.71 
 
 		 327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  42.17 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  46.05 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3064  methionyl-tRNA formyltransferase  46.3 
 
 		 327 aa  242  7e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  42.77 
 
 		 321 aa  241  9e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  48.01 
 
 		 325 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  43.67 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  44.41 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  42.86 
 
 		 348 aa  240  2e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.596014  normal  0.0248257 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  46.46 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  43.42 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  43.42 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  43.42 
 
 		 315 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  43.42 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  43.42 
 
 		 315 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  45.66 
 
 		 320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  43.28 
 
 		 311 aa  239  5e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  44.3 
 
 		 310 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3142  methionyl-tRNA formyltransferase  44.75 
 
 		 330 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6477  methionyl-tRNA formyltransferase  45.06 
 
 		 327 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.79537 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  43.93 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2512  methionyl-tRNA formyltransferase  44.44 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  42.62 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3126  methionyl-tRNA formyltransferase  44.44 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879337  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  45.59 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  45.59 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  45.59 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  45.59 
 
 		 337 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  45.59 
 
 		 337 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  42.43 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  41.99 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>