184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0170 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 137 aa  279  8.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  82.09 
 
 		 134 aa  232  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  83.58 
 
 		 134 aa  231  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  79.85 
 
 		 134 aa  221  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  73.73 
 
 		 197 aa  183  9e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  73.73 
 
 		 150 aa  182  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  69.23 
 
 		 150 aa  181  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  65.83 
 
 		 133 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  61.98 
 
 		 148 aa  151  2e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  54.55 
 
 		 151 aa  130  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  51.47 
 
 		 135 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  48.09 
 
 		 136 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  52.27 
 
 		 145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  49.63 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  49.64 
 
 		 139 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  48.09 
 
 		 137 aa  122  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  49.24 
 
 		 145 aa  122  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  49.24 
 
 		 145 aa  122  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  50.83 
 
 		 141 aa  122  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  48.39 
 
 		 146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  45.74 
 
 		 138 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  46.77 
 
 		 137 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 		 135 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  49.58 
 
 		 155 aa  116  7.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  47.15 
 
 		 141 aa  114  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  44.27 
 
 		 137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  46.88 
 
 		 140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  44.36 
 
 		 136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  47.11 
 
 		 145 aa  108  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 		 132 aa  107  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 164 aa  106  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  45.24 
 
 		 140 aa  103  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  42.42 
 
 		 165 aa  100  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 		 140 aa  99  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 		 137 aa  98.6  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  42.64 
 
 		 135 aa  94.7  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  40.98 
 
 		 135 aa  93.6  9e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 143 aa  93.6  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  40.83 
 
 		 131 aa  90.5  8e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  34 
 
 		 164 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  39.25 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  38.32 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  30.53 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  30.3 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  31.06 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  29.23 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  31.06 
 
 		 137 aa  57  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 123 aa  56.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  27.56 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  27.42 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  28.3 
 
 		 116 aa  54.7  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  28.3 
 
 		 116 aa  54.7  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 118 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  32.54 
 
 		 125 aa  53.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01261  ribosome-binding factor A  31.63 
 
 		 132 aa  53.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0310075  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  29.01 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 118 aa  52  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 122 aa  52.4  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  36.72 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 		 130 aa  52  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  27.13 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0564  ribosome-binding factor A  30.7 
 
 		 114 aa  51.6  0.000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8062  predicted protein  36.84 
 
 		 171 aa  52  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00519858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  28.12 
 
 		 130 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  30.65 
 
 		 123 aa  51.6  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  28.12 
 
 		 143 aa  51.6  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  33.59 
 
 		 126 aa  51.2  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 116 aa  51.6  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  29.36 
 
 		 127 aa  51.2  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0180  ribosome-binding factor A  29.92 
 
 		 125 aa  51.2  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0466  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  29.36 
 
 		 126 aa  50.4  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  31.65 
 
 		 123 aa  49.7  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3851  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258524  normal  0.192536 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>