More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3851 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_3851  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 150 aa  291  3e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258524  normal  0.192536 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 134 aa  83.6  9e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  37.98 
 
 		 136 aa  83.6  9e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  46.53 
 
 		 140 aa  82.8  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  38.93 
 
 		 133 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 118 aa  78.6  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  36.64 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  38.28 
 
 		 139 aa  77  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  34.48 
 
 		 119 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  40.52 
 
 		 138 aa  76.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 128 aa  77  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  37.98 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  38.6 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  39.37 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  34.85 
 
 		 125 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  41.24 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 123 aa  75.5  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  42.57 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  40.21 
 
 		 138 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  35.88 
 
 		 132 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  40.82 
 
 		 120 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  35.82 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  35.82 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  35.82 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  32.82 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 143 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  38.78 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 118 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 118 aa  72  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 118 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  33.85 
 
 		 128 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 118 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3560  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000743312 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  29.73 
 
 		 119 aa  71.2  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  36.15 
 
 		 129 aa  70.9  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  32.58 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  32.58 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  37.62 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 137 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 121 aa  70.5  0.000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  39.58 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  35.64 
 
 		 137 aa  70.1  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3388  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.990819  hitchhiker  0.00369045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  35.2 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  36.27 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  37.11 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.17 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  34.35 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  28.89 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  32.37 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  34.71 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  31.09 
 
 		 118 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  29.37 
 
 		 122 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 118 aa  68.2  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  37.07 
 
 		 122 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  33.88 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  30.77 
 
 		 132 aa  67.8  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  34.65 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  39.6 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3382  ribosome-binding factor A  38.28 
 
 		 125 aa  67  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0271741  normal  0.693723 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  32.06 
 
 		 133 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 133 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  34.85 
 
 		 133 aa  67  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 133 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  32.87 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  35.34 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 		 121 aa  66.2  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>