More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_2452 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  519  1e-146  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.11 
 
 
256 aa  457  9.999999999999999e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.33 
 
 
256 aa  453  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  53.36 
 
 
257 aa  280  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  52.57 
 
 
258 aa  277  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.86 
 
 
261 aa  277  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  52.73 
 
 
254 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  51.95 
 
 
254 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
257 aa  268  4e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
256 aa  268  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  53.94 
 
 
255 aa  265  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
272 aa  265  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
254 aa  259  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  51.79 
 
 
256 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.14 
 
 
257 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.19 
 
 
257 aa  257  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  52 
 
 
251 aa  257  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.36 
 
 
257 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.36 
 
 
257 aa  255  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.51 
 
 
269 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.2 
 
 
255 aa  251  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  48.64 
 
 
289 aa  250  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.36 
 
 
257 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  48.25 
 
 
254 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  48.25 
 
 
254 aa  249  3e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  52.4 
 
 
252 aa  247  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  49.03 
 
 
255 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
255 aa  244  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
253 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  51.6 
 
 
251 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  46.3 
 
 
254 aa  241  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 
254 aa  241  9e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 
254 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
254 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  46.69 
 
 
254 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 
254 aa  241  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.36 
 
 
255 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  47.27 
 
 
254 aa  239  5e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  47.29 
 
 
264 aa  237  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  44.57 
 
 
263 aa  236  2e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
255 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  45.53 
 
 
254 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  45.14 
 
 
254 aa  231  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  45.14 
 
 
254 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  45.14 
 
 
254 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  45.53 
 
 
262 aa  231  1e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  44.66 
 
 
263 aa  230  1e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  44.44 
 
 
254 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
255 aa  228  5e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  44.02 
 
 
270 aa  225  6e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.43 
 
 
265 aa  223  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  43.02 
 
 
265 aa  223  3e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
274 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
257 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.74 
 
 
258 aa  192  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  47.04 
 
 
254 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  41.43 
 
 
256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
255 aa  182  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.67 
 
 
254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
254 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.4 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
257 aa  178  9e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
260 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  41.3 
 
 
258 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1980  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.04 
 
 
248 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000830224  decreased coverage  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.5 
 
 
251 aa  174  9e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.74 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.37 
 
 
252 aa  174  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.8 
 
 
256 aa  172  2.9999999999999996e-42  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.53 
 
 
258 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
252 aa  171  9e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
256 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
252 aa  169  3e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
261 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
257 aa  169  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
262 aa  169  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.32 
 
 
253 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
254 aa  169  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4949  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
255 aa  168  6e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.220607  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
254 aa  168  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2494  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.89 
 
 
248 aa  167  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000082608  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.41 
 
 
253 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.52 
 
 
253 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
251 aa  167  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00521448  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.76 
 
 
255 aa  167  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.65 
 
 
261 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02618  predicted deoxygluconate dehydrogenase  38.13 
 
 
261 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0848  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.9 
 
 
253 aa  166  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.92 
 
 
253 aa  166  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
248 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02581  hypothetical protein  38.13 
 
 
261 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3075  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.13 
 
 
261 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0873  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.9 
 
 
253 aa  166  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3164  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.41 
 
 
253 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.41 
 
 
253 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000566262 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.13 
 
 
261 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>