197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6105 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_6105  methylmalonyl-CoA epimerase  100 
 
 
146 aa  288  2e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28560  methylmalonyl-CoA epimerase  77.86 
 
 
153 aa  215  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.215327 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4306  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  65.49 
 
 
161 aa  199  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.725625 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4113  methylmalonyl-CoA epimerase  69.93 
 
 
162 aa  197  5e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0776501  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3851  methylmalonyl-CoA epimerase  62.94 
 
 
156 aa  196  7e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00602371 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2339  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  64.34 
 
 
168 aa  196  7.999999999999999e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.630848  normal  0.527959 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3865  methylmalonyl-CoA epimerase  62.94 
 
 
156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.241683  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3939  methylmalonyl-CoA epimerase  62.94 
 
 
156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.368557  normal  0.0232297 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3611  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  71.11 
 
 
157 aa  194  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1796  methylmalonyl-CoA epimerase  64.58 
 
 
170 aa  192  9e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09410  methylmalonyl-CoA epimerase  66.19 
 
 
145 aa  188  2e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.990135  normal  0.273906 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3993  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  66.18 
 
 
159 aa  186  9e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1949  methylmalonyl-CoA epimerase  64.34 
 
 
157 aa  186  1e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.331779  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11354  hypothetical protein  57.75 
 
 
151 aa  179  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.498935  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6000  methylmalonyl-CoA epimerase  64.18 
 
 
143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0251153 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1264  methylmalonyl-CoA epimerase  56.95 
 
 
167 aa  167  5e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0685112  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2395  methylmalonyl-CoA epimerase  55.47 
 
 
147 aa  156  9e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.754558  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3104  methylmalonyl-CoA epimerase  63.97 
 
 
163 aa  152  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000698993  hitchhiker  0.0000492352 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3891  methylmalonyl-CoA epimerase  50.34 
 
 
145 aa  140  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.394666  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1258  methylmalonyl-CoA epimerase  47.18 
 
 
147 aa  135  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0356  methylmalonyl-CoA epimerase  57.75 
 
 
192 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2781  methylmalonyl-CoA epimerase  50.72 
 
 
141 aa  133  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1696  methylmalonyl-CoA epimerase  45 
 
 
140 aa  126  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.019096  normal  0.134039 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0916  methylmalonyl-CoA epimerase  44.85 
 
 
140 aa  124  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.311023 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2507  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  50.72 
 
 
141 aa  123  7e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106102  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5865  methylmalonyl-CoA epimerase  44.78 
 
 
136 aa  115  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0571  methylmalonyl-CoA epimerase  40.44 
 
 
137 aa  110  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82853e-18 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0558  methylmalonyl-CoA epimerase  39.29 
 
 
137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3303  methylmalonyl-CoA epimerase  39.71 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000981467  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0655  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.71 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195436  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0230  methylmalonyl-CoA epimerase  41.3 
 
 
142 aa  107  5e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.24 
 
 
134 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3258  methylmalonyl-CoA epimerase  38.24 
 
 
134 aa  105  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000316472  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0306  methylmalonyl-CoA epimerase  42.65 
 
 
141 aa  105  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0522  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.24 
 
 
134 aa  102  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014865  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2006  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.01 
 
 
140 aa  102  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2285  methylmalonyl-CoA epimerase  40 
 
 
140 aa  100  9e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000102737  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1852  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.04 
 
 
133 aa  98.6  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0586  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.06 
 
 
135 aa  98.6  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3253  methylmalonyl-CoA epimerase  36.03 
 
 
134 aa  98.2  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000018375  hitchhiker  3.27573e-17 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1488  methylmalonyl-CoA epimerase  36.76 
 
 
134 aa  97.8  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.383789  normal  0.131397 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0104  methylmalonyl-CoA epimerase  43.94 
 
 
137 aa  98.2  4e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1316  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.88 
 
 
135 aa  97.4  5e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0639  methylmalonyl-CoA epimerase  37.78 
 
 
140 aa  97.1  7e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.237468  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3306  methylmalonyl-CoA epimerase  36.5 
 
 
135 aa  95.5  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.369567  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1289  lactoylglutathione lyase  39.13 
 
 
137 aa  94.7  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0290  methylmalonyl-CoA epimerase  37.31 
 
 
133 aa  94.4  5e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1790  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  43.26 
 
 
158 aa  94  5e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0080  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.3 
 
 
135 aa  94.4  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0455  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.09 
 
 
134 aa  94  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0480  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.76 
 
 
134 aa  94  7e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0200  methylmalonyl-CoA epimerase  36.03 
 
 
140 aa  93.6  8e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000715247  normal  0.843381 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0152  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.76 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0810  methylmalonyl-CoA epimerase  39.26 
 
 
146 aa  91.3  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2364  methylmalonyl-CoA epimerase  42.42 
 
 
135 aa  90.9  6e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1220  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.5 
 
 
146 aa  90.5  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.019887  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0552  methylmalonyl-CoA epimerase  32.58 
 
 
134 aa  90.9  6e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0659  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  32.35 
 
 
134 aa  90.5  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00502246  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1564  methylmalonyl-CoA epimerase  34.07 
 
 
134 aa  90.1  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.395959 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0228  methylmalonyl-CoA epimerase  35.56 
 
 
132 aa  89.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0981  methylmalonyl-CoA epimerase  40 
 
 
139 aa  89.7  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0245792  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03285  Lactoylglutathione lyase and related lyase  32.35 
 
 
135 aa  89  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.275732  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2348  methylmalonyl-CoA epimerase  42.54 
 
 
131 aa  89  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0349  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.1 
 
 
134 aa  88.2  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717499  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_004310  BR0818  glyoxalase family protein  39.13 
 
 
134 aa  87.4  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688033  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1282  methylmalonyl-CoA epimerase  40.15 
 
 
142 aa  87.4  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.922944  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3197  methylmalonyl-CoA epimerase  38.69 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2469  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.18 
 
 
134 aa  86.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0812  methylmalonyl-CoA epimerase  41.18 
 
 
134 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0813  methylmalonyl-CoA epimerase  39.13 
 
 
134 aa  86.7  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0906  methylmalonyl-CoA epimerase  38.24 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.61726  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3164  methylmalonyl-CoA epimerase  39.71 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4223  methylmalonyl-CoA epimerase  38.52 
 
 
133 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4198  methylmalonyl-CoA epimerase  37.41 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5823  methylmalonyl-CoA epimerase  34.56 
 
 
135 aa  85.9  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1733  lactoylglutathione lyase  40.15 
 
 
134 aa  84.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.881956  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4074  methylmalonyl-CoA epimerase  40.44 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0584893  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0680  methylmalonyl-CoA epimerase  41.67 
 
 
131 aa  85.1  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.227621  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1170  methylmalonyl-CoA epimerase  35.25 
 
 
135 aa  85.1  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.107967  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2407  methylmalonyl-CoA epimerase  38.41 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914364  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1752  glyoxalase family protein  33.82 
 
 
139 aa  84.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000441097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1730  glyoxalase family protein  33.82 
 
 
139 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00522629  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1916  glyoxalase family protein  33.82 
 
 
139 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1774  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.82 
 
 
139 aa  84.7  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000533955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1946  glyoxalase family protein  33.82 
 
 
139 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5587800000000002e-23 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1277  methylmalonyl-CoA epimerase  40.91 
 
 
134 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.149828  normal  0.902197 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1995  glyoxalase family protein  33.82 
 
 
139 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00316995  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0637  methylmalonyl-CoA epimerase  39.13 
 
 
134 aa  84  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.355591 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1341  methylmalonyl-CoA epimerase  31.85 
 
 
136 aa  84  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.886384  normal  0.16528 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1003  methylmalonyl-CoA epimerase  38.97 
 
 
134 aa  84  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0862504  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_002950  PG1613  glyoxalase family protein  31.85 
 
 
134 aa  83.6  9e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1198  methylmalonyl-CoA epimerase  38.97 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1361  methylmalonyl-CoA epimerase  36.03 
 
 
129 aa  82.8  0.000000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  2.7651e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0384  methylmalonyl-CoA epimerase  41.48 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0555  methylmalonyl-CoA epimerase  38.64 
 
 
127 aa  83.2  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3428  glyoxalase family protein  33.82 
 
 
139 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0993579  hitchhiker  0.000000357721 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1069  methylmalonyl-CoA epimerase  38.97 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.17549  normal  0.247158 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1989  methylmalonyl-CoA epimerase  39.39 
 
 
127 aa  82.8  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1773  glyoxalase family protein  33.09 
 
 
139 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00831345  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1038  methylmalonyl-CoA epimerase  39.13 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00716429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>