More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3900 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3900  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  557  1e-158  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5901  transcriptional regulator, LysR family  45.77 
 
 		 279 aa  191  9e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3228  transcriptional regulator, LysR family  47.79 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.493428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5127  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2452  transcriptional regulator, LysR family  49.64 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.429303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0856  transcriptional regulator, LysR family  46.24 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287687  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6221  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  36.58 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  36.58 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  36.58 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  36.58 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  36.58 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  36.58 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  36.58 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  36.5 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2391  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0830106  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39.84 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  39.84 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  36.15 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3491  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 290 aa  115  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.78 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  39.25 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.25 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  39.25 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.25 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.25 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.25 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  35.74 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  35.74 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  35.74 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  35.74 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  35.74 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  34.96 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  35.34 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8824  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00799583 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  35.63 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2323  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 309 aa  109  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3307  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2571  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 303 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000871152  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 293 aa  108  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 307 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.09 
 
 		 293 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4893  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 280 aa  108  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0696189  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2265  transcriptional regulator, LysR family  37.38 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  35.18 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1855  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 326 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 313 aa  105  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  31.16 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  37.43 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.25 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>