215 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shewana3_0006  CDS  NC_008577  6841  8466  1626  protein translocase subunit yidC  YP_867657  hitchhiker  1.01193e-05  unclonable  8.73101e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0007  CDS  NC_008577  8470  8724  255  hypothetical protein  YP_867658  unclonable  2.25175e-09  unclonable  3.48643e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0008  CDS  NC_008577  8691  9047  357  ribonuclease P  YP_867659  unclonable  4.50646e-09  unclonable  3.97397e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0009  CDS  NC_008577  9651  11033  1383  chromosomal replication initiation protein  YP_867660  unclonable  2.81375e-07  unclonable  6.00935e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0010  CDS  NC_008577  11054  12154  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_867661  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0067  CDS  NC_008577  78662  79882  1221  major facilitator transporter  YP_867718  normal  0.700351  unclonable  8.55622e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0068  CDS  NC_008577  80143  82539  2397  TonB-dependent receptor  YP_867719  unclonable  1.21546e-05  unclonable  2.40632e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0124  CDS  NC_008577  139551  142121  2571  peptidase M6, immune inhibitor A  YP_867774  unclonable  2.05942e-05  unclonable  2.53026e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0198  CDS  NC_008577  243299  243610  312  30S ribosomal protein S10  YP_867848  unclonable  2.67319e-09  hitchhiker  1.3297e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0199  CDS  NC_008577  243638  244276  639  50S ribosomal protein L3  YP_867849  unclonable  1.0724e-08  hitchhiker  1.9855e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0200  CDS  NC_008577  244294  244899  606  50S ribosomal protein L4  YP_867850  unclonable  6.34413e-09  hitchhiker  1.66621e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0201  CDS  NC_008577  244896  245201  306  50S ribosomal protein L23  YP_867851  unclonable  1.18285e-09  hitchhiker  1.27878e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0202  CDS  NC_008577  245218  246042  825  50S ribosomal protein L2  YP_867852  unclonable  9.98768e-09  hitchhiker  1.61676e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0203  CDS  NC_008577  246057  246335  279  30S ribosomal protein S19  YP_867853  unclonable  1.08032e-09  hitchhiker  1.25391e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0204  CDS  NC_008577  246351  246683  333  50S ribosomal protein L22  YP_867854  unclonable  1.3887e-09  hitchhiker  1.2298e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0205  CDS  NC_008577  246693  247385  693  30S ribosomal protein S3  YP_867855  unclonable  6.9447e-09  hitchhiker  1.49632e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0206  CDS  NC_008577  247397  247807  411  50S ribosomal protein L16  YP_867856  unclonable  2.48969e-09  hitchhiker  1.18296e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0207  CDS  NC_008577  247807  247998  192  50S ribosomal protein L29  YP_867857  unclonable  1.14763e-09  hitchhiker  1.10485e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0208  CDS  NC_008577  247998  248246  249  30S ribosomal protein S17  YP_867858  unclonable  1.59917e-09  hitchhiker  1.1379e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0216  CDS  NC_008577  251322  251825  504  30S ribosomal protein S5  YP_867866  unclonable  2.81151e-09  hitchhiker  1.27878e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0217  CDS  NC_008577  251832  252014  183  50S ribosomal protein L30  YP_867867  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.56055e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0218  CDS  NC_008577  252018  252452  435  50S ribosomal protein L15  YP_867868  unclonable  2.46437e-09  hitchhiker  1.04256e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0219  CDS  NC_008577  252460  253800  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_867869  unclonable  1.10874e-07  hitchhiker  1.76689e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0220  CDS  NC_008577  253822  253935  114  50S ribosomal protein L36  YP_867870  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.46708e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0221  CDS  NC_008577  254051  254407  357  30S ribosomal protein S13  YP_867871  unclonable  2.05657e-09  unclonable  4.30972e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0222  CDS  NC_008577  254422  254814  393  30S ribosomal protein S11  YP_867872  hitchhiker  2.51222e-05  unclonable  4.22157e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0223  CDS  NC_008577  254846  255466  621  30S ribosomal protein S4  YP_867873  hitchhiker  0.00230473  unclonable  5.16884e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0224  CDS  NC_008577  255491  256480  990  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  YP_867874  normal  0.0145611  unclonable  7.50145e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0225  CDS  NC_008577  256521  256916  396  50S ribosomal protein L17  YP_867875  normal  0.0682368  unclonable  4.71873e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0226  CDS  NC_008577  256982  257986  1005  hypothetical protein  YP_867876  normal  0.276636  unclonable  6.64579e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0227  CDS  NC_008577  258101  258586  486  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  YP_867877  normal  0.153064  unclonable  3.66599e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0228  CDS  NC_008577  258583  258783  201  Heme exporter protein D (CcmD)  YP_867878  normal  0.102118  unclonable  3.09082e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0229  CDS  NC_008577  258783  259529  747  heme exporter protein CcmC  YP_867879  normal  0.162177  unclonable  4.0148e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0230  CDS  NC_008577  259531  260217  687  heme exporter protein CcmB  YP_867880  normal  0.051216  unclonable  3.81646e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0231  CDS  NC_008577  260229  260879  651  cytochrome c biogenesis protein CcmA  YP_867881  normal  0.196504  unclonable  4.26589e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0232  CDS  NC_008577  261205  261504  300  cytochrome c, class I  YP_867882  normal  0.0199425  unclonable  3.31566e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0233  CDS  NC_008577  261588  262835  1248  TPR repeat-containing protein  YP_867883  normal  0.0207631  unclonable  6.07109e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0234  CDS  NC_008577  263235  265214  1980  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  YP_867884  normal  0.0552796  unclonable  9.76147e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0235  CDS  NC_008577  265226  265780  555  periplasmic protein thiol--disulphide oxidoreductase DsbE  YP_867885  hitchhiker  0.000600061  unclonable  4.22157e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0236  CDS  NC_008577  265777  266256  480  cytochrome C biogenesis protein  YP_867886  hitchhiker  0.000158363  unclonable  4.354e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0237  CDS  NC_008577  266253  266834  582  redoxin domain-containing protein  YP_867887  decreased coverage  1.32187e-06  unclonable  4.5327e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0286  CDS  NC_008577  318683  320854  2172  TonB-dependent receptor  YP_867935  unclonable  7.46849e-06  unclonable  2.33468e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0299  CDS  NC_008577  331825  334062  2238  TonB-dependent siderophore receptor  YP_867948  unclonable  4.45581e-06  hitchhiker  0.000163743  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0319  CDS  NC_008577  354235  354810  576  XRE family transcriptional regulator  YP_867968  unclonable  3.79854e-09  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0398  CDS  NC_008577  457504  457809  306  DNA-binding protein Fis  YP_868047  unclonable  3.07765e-09  normal  0.122976  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0431  CDS  NC_008577  498784  500826  2043  peptidase M13  YP_868080  unclonable  2.85059e-06  normal  0.587511  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0432  CDS  NC_008577  500896  501552  657  2-deoxyglucose-6-phosphatase  YP_868081  unclonable  4.98152e-09  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0433  CDS  NC_008577  501912  504584  2673  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  YP_868082  unclonable  3.06344e-05  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0594  CDS  NC_008577  696509  697900  1392  cell wall hydrolase/autolysin  YP_868239  unclonable  1.69523e-07  decreased coverage  2.80884e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0631  CDS  NC_008577  741265  741966  702  hypothetical protein  YP_868275  unclonable  1.29796e-08  normal  0.0702813  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0655  CDS  NC_008577  775190  775564  375  hypothetical protein  YP_868299  unclonable  1.40297e-09  normal  0.126448  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0692  CDS  NC_008577  809168  809596  429  50S ribosomal protein L13  YP_868336  unclonable  5.56575e-09  decreased coverage  1.94665e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0693  CDS  NC_008577  809611  810003  393  30S ribosomal protein S9  YP_868337  unclonable  5.79549e-09  decreased coverage  1.93008e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0699  CDS  NC_008577  815712  817136  1425  major facilitator transporter  YP_868343  unclonable  3.37729e-07  hitchhiker  0.00021718  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0700  CDS  NC_008577  817318  818073  756  hypothetical protein  YP_868344  unclonable  1.47849e-08  hitchhiker  0.000148247  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0716  CDS  NC_008577  833315  835510  2196  TonB-dependent siderophore receptor  YP_868360  unclonable  6.95687e-06  hitchhiker  0.000361428  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0733  CDS  NC_008577  851205  852284  1080  porin  YP_868377  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0759  CDS  NC_008577  879811  881895  2085  peptidase M13  YP_868403  unclonable  3.18584e-06  normal  0.501686  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0768  CDS  NC_008577  890351  891601  1251  glutamyl-tRNA reductase  YP_868412  unclonable  9.52775e-08  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0820  CDS  NC_008577  951063  951611  549  SH3 type 3 domain-containing protein  YP_868464  unclonable  5.13438e-09  normal  0.215798  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0821  CDS  NC_008577  951807  953096  1290  phosphate transporter  YP_868465  unclonable  1.02256e-07  normal  0.247427  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0902  CDS  NC_008577  1052292  1053242  951  WD-40 repeat-containing protein  YP_868545  unclonable  3.07912e-08  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0903  CDS  NC_008577  1053397  1054167  771  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_868546  unclonable  1.68489e-08  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0919  CDS  NC_008577  1074896  1075804  909  hypothetical protein  YP_868560  unclonable  2.44259e-08  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0952  CDS  NC_008577  1115429  1117618  2190  TonB-dependent siderophore receptor  YP_868593  unclonable  7.70151e-06  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0991  CDS  NC_008577  1160999  1162174  1176  penicillin-binding protein 6  YP_868632  unclonable  7.627e-08  normal  0.347803  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0995  CDS  NC_008577  1165327  1167183  1857  peptidoglycan glycosyltransferase  YP_868636  unclonable  9.00115e-07  normal  0.206093  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0996  CDS  NC_008577  1167244  1167714  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_868637  unclonable  2.70066e-09  normal  0.150944  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_0997  CDS  NC_008577  1167714  1168058  345  iojap-like protein  YP_868638  unclonable  1.84153e-09  normal  0.149582  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1023  CDS  NC_008577  1194088  1196061  1974  membrane protease FtsH catalytic subunit  YP_868664  unclonable  1.61981e-06  hitchhiker  8.32625e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1035  CDS  NC_008577  1209065  1211164  2100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  YP_868676  unclonable  3.90234e-06  hitchhiker  6.30128e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1037  CDS  NC_008577  1212358  1213938  1581  peptide chain release factor 3  YP_868678  hitchhiker  0.00294724  unclonable  1.76372e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1038  CDS  NC_008577  1214197  1214964  768  TatD-related deoxyribonuclease  YP_868679  hitchhiker  1.00963e-05  unclonable  9.56605e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1039  CDS  NC_008577  1215141  1216400  1260  Na+ dependent nucleoside transporter  YP_868680  unclonable  8.52943e-08  unclonable  1.04739e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1040  CDS  NC_008577  1216736  1217575  840  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  YP_868681  unclonable  1.25932e-08  unclonable  7.27651e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1100  CDS  NC_008577  1294018  1294422  405  transcription antitermination protein NusB  YP_868741  unclonable  2.0777e-09  normal  0.579105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1111  CDS  NC_008577  1306864  1309071  2208  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_868752  unclonable  5.24023e-06  normal  0.850048  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1135  CDS  NC_008577  1339997  1340446  450  cytochrome c, class II  YP_868776  unclonable  3.23618e-09  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1182  CDS  NC_008577  1389839  1390555  717  tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase  YP_868823  unclonable  9.98768e-09  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1208  CDS  NC_008577  1412053  1413066  1014  L-threonine aldolase  YP_868849  unclonable  5.86474e-08  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1373  CDS  NC_008577  1585825  1587294  1470  amino acid/peptide transporter  YP_869013  unclonable  3.02128e-07  hitchhiker  7.91426e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1418  CDS  NC_008577  1643838  1645247  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_869058  unclonable  1.45575e-07  normal  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1436  CDS  NC_008577  1665505  1665780  276  protein translocase subunit yajC  YP_869076  unclonable  1.09142e-09  hitchhiker  0.000636763  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1443  CDS  NC_008577  1671430  1673859  2430  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_869083  unclonable  1.25277e-05  hitchhiker  8.21824e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1447  CDS  NC_008577  1678404  1679417  1014  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_869087  hitchhiker  8.19965e-07  unclonable  9.1848e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1448  CDS  NC_008577  1679600  1680352  753  hypothetical protein  YP_869088  hitchhiker  3.47149e-07  unclonable  7.12925e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1449  CDS  NC_008577  1680474  1680860  387  hypothetical protein  YP_869089  hitchhiker  7.45945e-08  unclonable  4.91458e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1450  CDS  NC_008577  1680961  1682247  1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  YP_869090  hitchhiker  1.53151e-05  unclonable  9.46875e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1451  CDS  NC_008577  1682588  1684039  1452  sodium/proline symporter  YP_869091  normal  0.0423407  unclonable  8.4673e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1452  CDS  NC_008577  1684198  1684902  705  hypothetical protein  YP_869092  normal  0.389327  unclonable  4.96507e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1453  CDS  NC_008577  1684895  1685458  564  RNA polymerase sigma factor  YP_869093  normal  unclonable  4.86459e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1454  CDS  NC_008577  1685552  1687213  1662  hypothetical protein  YP_869094  normal  unclonable  1.18146e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1455  CDS  NC_008577  1687207  1689279  2073  TPR repeat-containing protein  YP_869095  normal  unclonable  1.12359e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1477  CDS  NC_008577  1717523  1718539  1017  aspartate semialdehyde dehydrogenase  YP_869117  unclonable  3.11076e-08  normal  0.537594  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1530  CDS  NC_008577  1781664  1782680  1017  putative periplasmic protease  YP_869170  unclonable  2.34628e-08  unclonable  7.65641e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1531  CDS  NC_008577  1782874  1783905  1032  AraC family transcriptional regulator  YP_869171  hitchhiker  0.00128514  unclonable  8.4673e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1532  CDS  NC_008577  1784046  1785230  1185  hypothetical protein  YP_869172  normal  0.159244  unclonable  1.03674e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1547  CDS  NC_008577  1803990  1804082  93  hypothetical protein  YP_869187  unclonable  4.41872e-10  normal  0.0853301  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1548  CDS  NC_008577  1804215  1804649  435  hypothetical protein  YP_869188  unclonable  2.22885e-09  normal  0.0948256  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Shewana3_1568  CDS  NC_008577  1834654  1835694  1041  cell division protein ZipA  YP_869208  hitchhiker  5.09277e-08  unclonable  7.65641e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>