More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0768 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3834  glutamyl-tRNA reductase  98.56 
 
 
416 aa  845    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3686  glutamyl-tRNA reductase  85.58 
 
 
416 aa  725    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0012522  normal  0.509552 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3460  glutamyl-tRNA reductase  87.02 
 
 
426 aa  738    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000782916  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0800  glutamyl-tRNA reductase  97.36 
 
 
416 aa  811    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000139394  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3127  glutamyl-tRNA reductase  85.1 
 
 
416 aa  725    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000225636  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3547  glutamyl-tRNA reductase  95.91 
 
 
416 aa  801    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000884413  decreased coverage  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0919  glutamyl-tRNA reductase  87.26 
 
 
416 aa  723    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505435  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3615  glutamyl-tRNA reductase  95.67 
 
 
416 aa  799    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000229913  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3738  glutamyl-tRNA reductase  95.91 
 
 
416 aa  801    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000445074  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3170  glutamyl-tRNA reductase  99.04 
 
 
416 aa  848    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000428438  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0796  glutamyl-tRNA reductase  99.76 
 
 
416 aa  853    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000467609  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0722  glutamyl-tRNA reductase  90.14 
 
 
416 aa  760    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.131936  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0768  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 
416 aa  855    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000952775  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2913  glutamyl-tRNA reductase  86.54 
 
 
416 aa  731    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000048664  normal  0.480262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2567  glutamyl-tRNA reductase  85.82 
 
 
416 aa  723    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000152956  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0695  glutamyl-tRNA reductase  95.91 
 
 
416 aa  801    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000150429  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  61.3 
 
 
418 aa  519  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000179715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  60.82 
 
 
418 aa  518  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  59.62 
 
 
419 aa  511  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000105006  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  58.03 
 
 
418 aa  493  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2564  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  59.76 
 
 
423 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.508916  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3554  glutamyl-tRNA reductase  56.32 
 
 
422 aa  479  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0359238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1989  glutamyl-tRNA reductase  58.57 
 
 
420 aa  472  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00499789  decreased coverage  0.00167683 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01185  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
418 aa  461  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.112965  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2416  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
418 aa  461  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000119078  hitchhiker  0.0000345051 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1315  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
418 aa  461  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.01079e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01195  hypothetical protein  57.28 
 
 
418 aa  461  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0924296  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1606  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  56.32 
 
 
419 aa  464  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.495518  normal  0.645678 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2437  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
418 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000304893  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1932  glutamyl-tRNA reductase  56.94 
 
 
418 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000431786  normal  0.0964629 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1972  glutamyl-tRNA reductase  57.76 
 
 
418 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000439602  normal  0.904808 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1691  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
418 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000277643  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1914  glutamyl-tRNA reductase  57.76 
 
 
418 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000422832  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1546  glutamyl-tRNA reductase  57.76 
 
 
418 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0564626  normal  0.139086 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1358  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
418 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000645666  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1374  glutamyl-tRNA reductase  57.28 
 
 
418 aa  461  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000847987  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1362  glutamyl-tRNA reductase  57.76 
 
 
418 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000971063  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1908  glutamyl-tRNA reductase  57.76 
 
 
418 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00010664  normal  0.872325 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2115  glutamyl-tRNA reductase  56.7 
 
 
418 aa  455  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.435842  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2338  glutamyl-tRNA reductase  56.8 
 
 
434 aa  453  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2071  glutamyl-tRNA reductase  56.22 
 
 
418 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0132375  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2408  glutamyl-tRNA reductase  56.46 
 
 
418 aa  451  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2067  glutamyl-tRNA reductase  56.9 
 
 
420 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.85694e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2461  glutamyl-tRNA reductase  56.9 
 
 
420 aa  449  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000933086  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0732  glutamyl-tRNA reductase  54.55 
 
 
425 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3600  glutamyl-tRNA reductase  56.46 
 
 
422 aa  443  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.779704 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  52.99 
 
 
420 aa  444  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4457  glutamyl-tRNA reductase  54.65 
 
 
425 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61710  glutamyl-tRNA reductase  52.87 
 
 
422 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624585  normal  0.0109768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0760  glutamyl-tRNA reductase  54.55 
 
 
425 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0583229  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5315  glutamyl-tRNA reductase  52.87 
 
 
422 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  52.38 
 
 
426 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1855  glutamyl-tRNA reductase  56.46 
 
 
418 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.163682  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2180  glutamyl-tRNA reductase  56.67 
 
 
438 aa  438  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00403267  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1108  glutamyl-tRNA reductase  55.39 
 
 
425 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0948  glutamyl-tRNA reductase  55.15 
 
 
425 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4749  glutamyl-tRNA reductase  54.09 
 
 
428 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168503  normal  0.0710553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0773  glutamyl-tRNA reductase  53.83 
 
 
425 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0279  glutamyl-tRNA reductase  52.4 
 
 
446 aa  436  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1043  glutamyl-tRNA reductase  52.9 
 
 
421 aa  428  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0341  glutamyl-tRNA reductase  53.09 
 
 
432 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1528  glutamyl-tRNA reductase  53.02 
 
 
424 aa  422  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41480  glutamyl-tRNA reductase  53.58 
 
 
408 aa  418  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340284  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  50.96 
 
 
429 aa  418  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0523  Glutamyl-tRNA reductase  54.5 
 
 
439 aa  412  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3252  glutamyl-tRNA reductase  50.72 
 
 
425 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000725008  normal  0.10707 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  48.08 
 
 
420 aa  402  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0390  glutamyl-tRNA reductase  48.26 
 
 
434 aa  397  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0690188  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0993  glutamyl-tRNA reductase  46.89 
 
 
449 aa  397  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1423  glutamyl-tRNA reductase  49.11 
 
 
418 aa  386  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40052  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0810  glutamyl-tRNA reductase  46.43 
 
 
459 aa  385  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3521  glutamyl-tRNA reductase  50 
 
 
428 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.216045  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2473  glutamyl-tRNA reductase  50 
 
 
414 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3613  glutamyl-tRNA reductase  49.14 
 
 
434 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.268717  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0505  glutamyl-tRNA reductase  49.14 
 
 
432 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2492  glutamyl-tRNA reductase  47.73 
 
 
416 aa  376  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.59007  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3600  glutamyl-tRNA reductase  49.14 
 
 
432 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2642  glutamyl-tRNA reductase  47.72 
 
 
420 aa  377  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1942  glutamyl-tRNA reductase  49.14 
 
 
434 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0437  glutamyl-tRNA reductase  49.75 
 
 
428 aa  378  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760471  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2593  glutamyl-tRNA reductase  49.88 
 
 
432 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0971  glutamyl-tRNA reductase  49.14 
 
 
434 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0563906  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2720  glutamyl-tRNA reductase  49.75 
 
 
429 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0675  glutamyl-tRNA reductase  49.14 
 
 
434 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0483  glutamyl-tRNA reductase  49.63 
 
 
432 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.675645 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2887  glutamyl-tRNA reductase  49.63 
 
 
432 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.171093 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3598  glutamyl-tRNA reductase  49.38 
 
 
432 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2065  glutamyl-tRNA reductase  44.55 
 
 
431 aa  372  1e-102  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0513326  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0118  glutamyl-tRNA reductase  44.55 
 
 
413 aa  372  1e-102  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000526977  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0441  glutamyl-tRNA reductase  49.38 
 
 
432 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0415  glutamyl-tRNA reductase  49.38 
 
 
432 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.818412  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0511  glutamyl-tRNA reductase  49.63 
 
 
432 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212735  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3589  glutamyl-tRNA reductase  48.89 
 
 
434 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.472177  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3689  glutamyl-tRNA reductase  46.56 
 
 
416 aa  371  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2929  glutamyl-tRNA reductase  48.64 
 
 
432 aa  371  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2900  glutamyl-tRNA reductase  48.19 
 
 
435 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3043  glutamyl-tRNA reductase  48.65 
 
 
434 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3200  glutamyl-tRNA reductase  49.14 
 
 
450 aa  368  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3145  glutamyl-tRNA reductase  47.47 
 
 
435 aa  365  1e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0225946 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2797  glutamyl-tRNA reductase  47.47 
 
 
435 aa  364  1e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>