91 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Daro_0322  CDS  NC_007298  367555  368382  828  50S ribosomal protein L2  YP_283551  hitchhiker  2.49804e-15  unclonable  4.54999e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0323  CDS  NC_007298  368393  368668  276  30S ribosomal protein S19  YP_283552  hitchhiker  1.70652e-15  unclonable  3.67695e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0324  CDS  NC_007298  368678  369007  330  50S ribosomal protein L22  YP_283553  hitchhiker  2.07674e-15  unclonable  3.86727e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0325  CDS  NC_007298  369017  369802  786  30S ribosomal protein S3  YP_283554  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  4.69297e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0326  CDS  NC_007298  369804  370217  414  50S ribosomal protein L16  YP_283555  hitchhiker  8.01063e-21  unclonable  4.06841e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0327  CDS  NC_007298  370220  370414  195  50S ribosomal protein L29  YP_283556  hitchhiker  5.65874e-22  unclonable  3.98692e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0328  CDS  NC_007298  370411  370677  267  SSU ribosomal protein S17P  YP_283557  hitchhiker  3.11157e-25  unclonable  4.32201e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0329  CDS  NC_007298  370831  371199  369  50S ribosomal protein L14  YP_283558  unclonable  4.5842e-28  unclonable  4.45572e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0330  CDS  NC_007298  371207  371527  321  50S ribosomal protein L24  YP_283559  hitchhiker  1.5069e-23  unclonable  4.79114e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0331  CDS  NC_007298  371537  372076  540  50S ribosomal protein L5  YP_283560  hitchhiker  2.86209e-22  unclonable  5.14338e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0332  CDS  NC_007298  372084  372389  306  SSU ribosomal protein S14P  YP_283561  hitchhiker  1.84975e-18  unclonable  4.74236e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0333  CDS  NC_007298  372405  372800  396  30S ribosomal protein S8  YP_283562  hitchhiker  7.52194e-15  unclonable  4.69297e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0334  CDS  NC_007298  372811  373341  531  50S ribosomal protein L6  YP_283563  hitchhiker  4.27572e-11  unclonable  4.88908e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0335  CDS  NC_007298  373351  373707  357  50S ribosomal protein L18  YP_283564  hitchhiker  3.04847e-10  unclonable  4.54999e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0336  CDS  NC_007298  373735  374262  528  30S ribosomal protein S5  YP_283565  hitchhiker  1.98476e-06  unclonable  4.50156e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0337  CDS  NC_007298  374266  374448  183  50S ribosomal protein L30  YP_283566  hitchhiker  6.64675e-07  unclonable  3.8279e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0338  CDS  NC_007298  374452  374886  435  50S ribosomal protein L15  YP_283567  hitchhiker  6.70307e-07  unclonable  4.54999e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0339  CDS  NC_007298  374907  376229  1323  preprotein translocase subunit SecY  YP_283568  hitchhiker  0.000142446  unclonable  7.06243e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0340  CDS  NC_007298  376238  376456  219  translation initiation factor IF-1  YP_283569  hitchhiker  0.000179995  unclonable  3.53194e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0341  CDS  NC_007298  376532  376645  114  50S ribosomal protein L36P  YP_283570  hitchhiker  5.97452e-05  unclonable  3.32549e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0342  CDS  NC_007298  376697  377059  363  30S ribosomal protein S13  YP_283571  hitchhiker  0.000749433  unclonable  3.90706e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0343  CDS  NC_007298  377072  377461  390  30S ribosomal protein S11  YP_283572  normal  0.0776422  unclonable  4.06841e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0344  CDS  NC_007298  377474  378103  630  30S ribosomal protein S4  YP_283573  normal  0.423009  unclonable  4.64518e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0345  CDS  NC_007298  378127  379101  975  DNA-directed RNA polymerase subunit alpha  YP_283574  normal  unclonable  6.51019e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0346  CDS  NC_007298  379158  379556  399  50S ribosomal protein L17  YP_283575  normal  0.962629  unclonable  4.36647e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0347  CDS  NC_007298  379624  381165  1542  PAS  YP_283576  normal  unclonable  7.2068e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0348  CDS  NC_007298  381320  383137  1818  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter related  YP_283577  normal  unclonable  9.8516e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0349  CDS  NC_007298  383179  383634  456  thioesterase superfamily protein  YP_283578  normal  unclonable  5.14338e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0350  CDS  NC_007298  383695  384900  1206  aromatic hydrocarbon degradation protein  YP_283579  normal  unclonable  8.05243e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0351  CDS  NC_007298  384922  385437  516  hypothetical protein  YP_283580  normal  unclonable  5.93723e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0352  CDS  NC_007298  385446  386243  798  sporulation related  YP_283581  normal  unclonable  7.73302e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0353  CDS  NC_007298  386248  386565  318  hypothetical protein  YP_283582  normal  unclonable  5.81692e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0354  CDS  NC_007298  386699  387025  327  TPR repeat-containing protein  YP_283583  normal  unclonable  6.06003e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0355  CDS  NC_007298  387078  387461  384  endoribonuclease L-PSP  YP_283584  normal  unclonable  6.06003e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0356  CDS  NC_007298  387480  389531  2052  ATP-dependent DNA helicase RecG  YP_283585  normal  unclonable  1.33204e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0357  CDS  NC_007298  389521  390381  861  transcriptional regulator  YP_283586  normal  0.449267  unclonable  6.64485e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0358  CDS  NC_007298  390481  391683  1203  hypothetical protein  YP_283587  normal  0.23836  unclonable  6.71481e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0359  CDS  NC_007298  391698  392681  984  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  YP_283588  normal  unclonable  6.24901e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0360  CDS  NC_007298  392693  392896  204  4-oxalocrotonate tautomerase  YP_283589  normal  unclonable  4.50156e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0361  CDS  NC_007298  392981  394048  1068  NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase  YP_283590  normal  unclonable  6.24901e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0362  CDS  NC_007298  394045  394611  567  hypothetical protein  YP_283591  normal  0.832166  unclonable  5.19996e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0363  CDS  NC_007298  394966  395853  888  Alpha/beta hydrolase fold  YP_283592  normal  0.176486  unclonable  5.52802e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0364  CDS  NC_007298  395978  397291  1314  ABC transporter  YP_283593  normal  0.0199162  unclonable  6.3148e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0365  CDS  NC_007298  397305  398066  762  ABC transporter related  YP_283594  hitchhiker  0.000174953  unclonable  5.81692e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0366  CDS  NC_007298  398070  399002  933  inner-membrane translocator  YP_283595  hitchhiker  3.92686e-06  unclonable  5.58621e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0367  CDS  NC_007298  399005  399880  876  inner-membrane translocator  YP_283596  hitchhiker  6.22442e-08  unclonable  5.14338e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0368  CDS  NC_007298  399946  400995  1050  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  YP_283597  hitchhiker  1.52179e-12  unclonable  5.36211e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0369  CDS  NC_007298  401092  402120  1029  hypothetical protein  YP_283598  hitchhiker  6.10901e-20  unclonable  5.52802e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
 
Daro_0370  CDS  NC_007298  402501  404165  1665  phenylacetic acid degradation protein paaN2  YP_283599  hitchhiker  5.52975e-18  unclonable  6.51019e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0371  CDS  NC_007298  404296  405090  795  enoyl-CoA hydratase  YP_283600  hitchhiker  1.04919e-12  unclonable  3.09848e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0802  CDS  NC_007298  867012  867701  690  resolvase, N-terminal  YP_284028  hitchhiker  1.62467e-05  unclonable  7.2068e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0803  CDS  NC_007298  867851  868405  555  hypothetical protein  YP_284029  hitchhiker  5.75362e-10  unclonable  6.64485e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0804  CDS  NC_007298  868644  869444  801  regulatory proteins, IclR  YP_284030  hitchhiker  5.42062e-13  unclonable  6.37978e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0805  CDS  NC_007298  869539  870159  621  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_284031  hitchhiker  1.50757e-20  unclonable  6.18537e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0806  CDS  NC_007298  875969  877582  1614  AAA ATPase, central region  YP_284032  normal  0.343257  unclonable  1.00554e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0853  CDS  NC_007298  926233  927381  1149  patatin  YP_284079  hitchhiker  1.07118e-06  unclonable  1.08981e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0854  CDS  NC_007298  927513  927971  459  putative 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase  YP_284080  hitchhiker  2.72063e-09  unclonable  7.81259e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0855  CDS  NC_007298  928010  928846  837  hypothetical protein  YP_284081  hitchhiker  6.94924e-18  unclonable  8.90564e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0856  CDS  NC_007298  928886  929194  309  hypothetical protein  YP_284082  hitchhiker  1.90403e-25  unclonable  6.71481e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0857  CDS  NC_007298  929466  929915  450  CBS  YP_284083  hitchhiker  2.20755e-23  unclonable  5.99831e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0858  CDS  NC_007298  930041  931141  1101  chorismate synthase  YP_284084  hitchhiker  5.52804e-17  unclonable  9.36669e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0866  CDS  NC_007298  937380  940490  3111  hypothetical protein  YP_284092  unclonable  1.89668e-13  hitchhiker  0.00567814  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_0964  CDS  NC_007298  1044633  1047527  2895  ribonucleotide reductase large subunit  YP_284190  unclonable  2.24803e-14  normal  0.61869  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_1228  CDS  NC_007298  1332727  1333386  660  OmpA/MotB  YP_284454  unclonable  1.37425e-26  normal  0.223193  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_1358  CDS  NC_007298  1477148  1478503  1356  Rieske (2Fe-2S) region  YP_284577  unclonable  1.7534e-22  hitchhiker  1.12258e-05  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_1848  CDS  NC_007298  1984893  1985450  558  phasin  YP_285064  unclonable  1.32007e-26  decreased coverage  0.00809147  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_2135  CDS  NC_007298  2304451  2304744  294  ArsR family transcriptional regulator  YP_285346  unclonable  2.25327e-28  decreased coverage  7.95687e-05  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_2702  CDS  NC_007298  2895094  2895465  372  hypothetical protein  YP_285902  hitchhiker  3.41144e-19  unclonable  5.14338e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_2785  CDS  NC_007298  2988864  2990996  2133  TonB-dependent receptor  YP_285985  unclonable  4.99654e-18  normal  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3062  CDS  NC_007298  3305534  3306346  813  GTP cyclohydrolase  YP_286262  hitchhiker  9.21807e-15  unclonable  3.2257e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3063  CDS  NC_007298  3306414  3306794  381  50S ribosomal protein L19  YP_286263  decreased coverage  1.73894e-23  unclonable  2.80297e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3064  CDS  NC_007298  3306821  3307585  765  tRNA (Guanine37-N1) methyltransferase  YP_286264  hitchhiker  5.83799e-17  unclonable  3.25887e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3324  CDS  NC_007298  3574262  3575341  1080  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  YP_286523  normal  unclonable  9.17904e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3325  CDS  NC_007298  3575387  3576493  1107  radical SAM family protein  YP_286524  normal  unclonable  1.13455e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3326  CDS  NC_007298  3576522  3577283  762  hypothetical protein  YP_286525  normal  unclonable  1.06797e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3327  CDS  NC_007298  3577409  3578029  621  cytochrome c, class I  YP_286526  normal  unclonable  9.8516e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3328  CDS  NC_007298  3578055  3579500  1446  microcin-processing peptidase 2  YP_286527  normal  unclonable  1.44333e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3329  CDS  NC_007298  3579511  3580320  810  Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase  YP_286528  normal  unclonable  8.81284e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3330  CDS  NC_007298  3580317  3584240  3924  hypothetical protein  YP_286529  normal  unclonable  3.15008e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3524  CDS  NC_007298  3773998  3774702  705  hypothetical protein  YP_286723  unclonable  2.88103e-26  hitchhiker  0.0043047  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
 
Daro_3602  CDS  NC_007298  3864494  3865840  1347  AAA ATPase, central region  YP_286801  normal  unclonable  5.7004e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3603  CDS  NC_007298  3865825  3867315  1491  hypothetical protein  YP_286802  normal  unclonable  5.47172e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3604  CDS  NC_007298  3867329  3870154  2826  hypothetical protein  YP_286803  normal  unclonable  9.75127e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_3605  CDS  NC_007298  3870173  3872764  2592  hypothetical protein  YP_286804  normal  unclonable  8.81284e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_R0026  tRNA  NC_007298  870227  870302  76  tRNA-Met    decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  4.88908e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_R0027  rRNA  NC_007298  870619  872148  1530  16S ribosomal RNA    hitchhiker  6.8382e-16  unclonable  1.15774e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_R0028  tRNA  NC_007298  872209  872285  77  tRNA-Ile    hitchhiker  4.79359e-16  unclonable  5.19996e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_R0029  tRNA  NC_007298  872297  872372  76  tRNA-Ala    hitchhiker  2.20959e-13  unclonable  5.3075e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_R0030  rRNA  NC_007298  872584  875466  2883  23S ribosomal RNA    hitchhiker  0.00125735  unclonable  1.61154e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_R0031  rRNA  NC_007298  875564  875677  114  5S ribosomal RNA    normal  0.215273  unclonable  5.091e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Daro_R0032  misc_RNA  NC_007298  875842  875942  101  SRP RNA, RNA component of signal recognition particle    normal  0.116447  unclonable  4.50156e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>