299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0337 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
60 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000664675  unclonable  0.000000038279 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  81.67 
 
 
60 aa  99.8  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3626  50S ribosomal protein L30  75.86 
 
 
60 aa  91.3  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000585179  hitchhiker  0.0000000000133791 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0332  50S ribosomal protein L30  75.86 
 
 
60 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00936849  decreased coverage  0.00323406 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3050  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0897802  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.9  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3299  50S ribosomal protein L30  74.14 
 
 
60 aa  90.9  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  71.67 
 
 
60 aa  90.5  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  71.67 
 
 
60 aa  90.5  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000405636 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3001  50S ribosomal protein L30  73.33 
 
 
60 aa  90.5  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  0.0504923 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  74.14 
 
 
60 aa  90.1  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  74.14 
 
 
60 aa  90.1  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  74.14 
 
 
60 aa  90.1  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000487608  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  74.14 
 
 
60 aa  90.1  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  74.14 
 
 
63 aa  90.5  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  74.14 
 
 
60 aa  90.1  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  74.14 
 
 
60 aa  90.1  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3161  50S ribosomal protein L30  72.41 
 
 
60 aa  89.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158521  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0785  ribosomal protein L30  75 
 
 
62 aa  85.5  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000912341  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  79.25 
 
 
61 aa  84.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1040  50S ribosomal protein L30  71.93 
 
 
60 aa  84  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127741  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0068  50S ribosomal protein L30  66.1 
 
 
62 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.02253  hitchhiker  0.000000000000613726 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0493  50S ribosomal protein L30  71.43 
 
 
60 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.185784  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0071  50S ribosomal protein L30  66.1 
 
 
62 aa  82.4  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.230621  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  75.47 
 
 
60 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3931  50S ribosomal protein L30  67.8 
 
 
60 aa  81.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0399  50S ribosomal protein L30  73.58 
 
 
60 aa  80.5  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.894889  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0338  50S ribosomal protein L30  72.22 
 
 
60 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0500477  hitchhiker  0.00104601 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0619  50S ribosomal protein L30  71.7 
 
 
60 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.268532  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0423  50S ribosomal protein L30  65.52 
 
 
61 aa  79.7  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.60192  normal  0.209018 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4225  ribosomal protein L30  61.4 
 
 
60 aa  79  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00829354  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2307  50S ribosomal protein L30  64.91 
 
 
60 aa  79  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.227659  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3425  50S ribosomal protein L30  67.8 
 
 
60 aa  76.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  67.27 
 
 
58 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  64.41 
 
 
60 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  58.33 
 
 
61 aa  74.7  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  59.32 
 
 
60 aa  73.9  0.0000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  64.29 
 
 
61 aa  72.8  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0297  50S ribosomal protein L30P  61.02 
 
 
65 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000000859668  hitchhiker  0.00000207421 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  59.32 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  60 
 
 
60 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158011  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  59.32 
 
 
62 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000726837  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  0.00000000000200607 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  64.81 
 
 
58 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  64.81 
 
 
58 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  58.33 
 
 
61 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000321281  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0977  50S ribosomal protein L30P  56.67 
 
 
61 aa  69.7  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00293682  hitchhiker  0.00137611 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  62.96 
 
 
58 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  60 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
62 aa  69.3  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000491198  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06430  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
58 aa  68.6  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340792  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  62.5 
 
 
59 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0855  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
58 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.342105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09030  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
58 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0258453  normal  0.264293 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  66.07 
 
 
61 aa  67.8  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3891  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000029695  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0355  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
63 aa  67  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1836  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
63 aa  67  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.279591  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  60.38 
 
 
59 aa  66.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0515  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
61 aa  65.5  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181031  unclonable  0.0000000000137591 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0345  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
61 aa  65.5  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0644  ribosomal protein L30  50.91 
 
 
58 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104733  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4530  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
58 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0070404  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2670  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245822  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1849  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
62 aa  65.1  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.935152 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  59.32 
 
 
59 aa  65.5  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0341  ribosomal protein L30  51.85 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000260811  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00008814  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000211905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000437518  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000462232  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2278  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
61 aa  63.9  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000449635  hitchhiker  0.00309208 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
60 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000032367  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  55.93 
 
 
61 aa  63.5  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0472  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
58 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291193  hitchhiker  0.00000269713 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
62 aa  62.8  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0502  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
58 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000122641  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5177  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
60 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138401  unclonable  1.00774e-25 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2381  50S ribosomal protein L30  57.41 
 
 
57 aa  63.5  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04502  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
63 aa  63.5  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.17741  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0505  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
58 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113735  normal  0.0573997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>