95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0032 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0032  SRP RNA, RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 101 bp  200  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.116447  unclonable  0.0000000450156 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0033  4.5S ribosomal RNA component of signal recognition particle (SRP)  88.66 
 
 		 104 bp  105  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.898057  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0010  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  87.63 
 
 		 106 bp  97.6  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.33139  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA34  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  97.3 
 
 		 117 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00314643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0040  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  88.52 
 
 		 101 bp  65.9  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000585528  hitchhiker  0.00000253455 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0021  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.132266  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0038  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  94.87 
 
 		 103 bp  61.9  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0368326  normal  0.266058 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0044  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 117 bp  61.9  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.577692  normal  0.0469682 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0014  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparticle  100 
 
 		 99 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.243503 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0025  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  94.59 
 
 		 117 bp  58  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.829287  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0056  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  94.44 
 
 		 103 bp  56  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0102004  normal  0.775524 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0058  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.88 
 
 		 105 bp  56  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.175728  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02310  Bacterial signal recognition particle RNA  96.88 
 
 		 97 bp  56  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.384516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0046  SRP RNA  94.44 
 
 		 103 bp  56  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820406  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0048  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  94.44 
 
 		 105 bp  56  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.267779  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0102  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  94.44 
 
 		 103 bp  56  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105096  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0048    94.44 
 
 		 103 bp  56  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344887  normal  0.132073 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0015    85.94 
 
 		 105 bp  56  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.303512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0037  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  92.5 
 
 		 103 bp  56  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0480154  normal  0.14227 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0048    94.44 
 
 		 103 bp  56  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0963367  normal  0.0663879 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0026  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  94.29 
 
 		 104 bp  54  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.283025  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5622  Bacterial signal recognition particle RNA  96.77 
 
 		 103 bp  54  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00935785  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0020  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  94.29 
 
 		 104 bp  54  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.330049 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0025  Bacterial signal recognition particle RNA  96.77 
 
 		 103 bp  54  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00110095  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3560  signal recognition particle RNA  94.29 
 
 		 102 bp  54  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.77 
 
 		 104 bp  54  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.011849  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.77 
 
 		 105 bp  54  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221394  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0002    94.29 
 
 		 103 bp  54  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180442  normal  0.539085 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5599  Bacterial signal recognition particle RNA  96.77 
 
 		 103 bp  54  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01560  bacterial signal recognition particle RNA  96.77 
 
 		 97 bp  54  0.000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.916519  hitchhiker  0.00823643 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0015  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.77 
 
 		 109 bp  54  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.712093 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5295  Bacterial signal recognition particle RNA  96.77 
 
 		 103 bp  54  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00057478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0032  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.67 
 
 		 104 bp  52  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000220464  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0042  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0570  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.508215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0038    96.55 
 
 		 101 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0002  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 103 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.455349  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R30  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.89 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.331058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0002    96.55 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.251285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0071  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 105 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4963  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0045    96.55 
 
 		 101 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.726744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0060  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 105 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0517  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0211514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0005  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.55 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0469239 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0527  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00404538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0048  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.55 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0508  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000873189  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0511  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.235634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0545  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.590935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0050  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 109 bp  50.1  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0253553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0063  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparticle  96.55 
 
 		 103 bp  50.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4343  SRP RNA, 4.5S RNA  96.55 
 
 		 101 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0066  SRP RNA, 4.5S RNA  96.55 
 
 		 100 bp  50.1  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.192792  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA1  SRP  96.55 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01455  bacterial signal recognition particle RNA  96.55 
 
 		 100 bp  50.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0002  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 101 bp  50.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4516  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 98 bp  50.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.681082  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0061  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.55 
 
 		 103 bp  50.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0061  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 104 bp  50.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0006  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 101 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0124002  normal  0.42637 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0001  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 106 bp  50.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0311413  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0039  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 101 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.183217 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4322  bacterial signal recognition particle RNA  96.55 
 
 		 100 bp  50.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000116884  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0023  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.262028  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0052  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  93.94 
 
 		 105 bp  50.1  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4735  bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 100 bp  50.1  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0001  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 123 bp  50.1  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.267519  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0068  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.470649  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4232  bacterial signal recognition particle RNA  96.55 
 
 		 100 bp  50.1  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0230281  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0045  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0068  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.55 
 
 		 117 bp  50.1  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0668362  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0051  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.55 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.047021  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0031  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.55 
 
 		 102 bp  50.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0666652  normal  0.0491698 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0082    100 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0029  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  93.75 
 
 		 98 bp  48.1  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.514597  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0034  SRP RNA  93.75 
 
 		 102 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0019  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  85.71 
 
 		 105 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 105 bp  48.1  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0056  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  93.75 
 
 		 106 bp  48.1  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.0000625085  normal  0.583061 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_ffsVIMSS1309389  4.5S RNA component of the signal recognition particle (SRP)  93.75 
 
 		 81 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_ffsVIMSS1309401  ffs 4.5S RNA component of the signal recognition particle (SRP)  93.75 
 
 		 81 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0006  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000030581  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  93.55 
 
 		 109 bp  46.1  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000685894  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0024  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.43 
 
 		 105 bp  46.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.255506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0006  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  93.55 
 
 		 109 bp  46.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0047  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  93.33 
 
 		 117 bp  44.1  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0057  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 124 bp  44.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0673338  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0006  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 120 bp  44.1  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0386858  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_ffsVIMSS1309407  4.5S RNA component of the signal recognition particle (SRP)  93.33 
 
 		 97 bp  44.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.42344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0076  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  93.33 
 
 		 117 bp  44.1  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341917  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0010  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 117 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0126472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0058    93.33 
 
 		 117 bp  44.1  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.334367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0005  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 109 bp  44.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.803178  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>