80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0057 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0057  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 124 bp  246  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0673338  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0005  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.35 
 
 		 109 bp  135  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.803178  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0005  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  90.38 
 
 		 109 bp  127  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.3194600000000004e-26 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0006  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.49 
 
 		 120 bp  61.9  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0386858  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0010  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  97.06 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0025  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.88 
 
 		 85 bp  56  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000612753  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0085    94.29 
 
 		 103 bp  54  0.000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.917e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4322  bacterial signal recognition particle RNA  94.12 
 
 		 100 bp  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000116884  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4232  bacterial signal recognition particle RNA  94.12 
 
 		 100 bp  52  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0230281  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01455  bacterial signal recognition particle RNA  94.12 
 
 		 100 bp  52  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0001  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 123 bp  48.1  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.267519  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0033  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  87.5 
 
 		 106 bp  48.1  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.60834  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0006  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000030581  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0050  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.43 
 
 		 109 bp  48.1  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0253553 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0025  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  96.3 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.829287  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0008  4.5S RNA, SRP RNA  93.55 
 
 		 103 bp  46.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.145743  hitchhiker  0.00000711597 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0068  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.3 
 
 		 117 bp  46.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0668362  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0008  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparticle  96.3 
 
 		 115 bp  46.1  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  7.72786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3160s  Bacterial signal recognition particle RNA  91.18 
 
 		 100 bp  44.1  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0545  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.590935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0508  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000873189  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0056  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.18 
 
 		 119 bp  44.1  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.654574  normal  0.0337609 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0511  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.235634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0060  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 105 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0527  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00404538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0570  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.508215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0517  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0211514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0082    100 
 
 		 118 bp  44.1  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5295  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 103 bp  44.1  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00057478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0042  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0006  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 109 bp  44.1  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0016  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00053216  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0061  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  100 
 
 		 103 bp  44.1  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  100 
 
 		 109 bp  44.1  0.008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000685894  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4516  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.681082  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0051  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  100 
 
 		 102 bp  44.1  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.047021  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5599  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 103 bp  44.1  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0063  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparticle  100 
 
 		 103 bp  44.1  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0074  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1918  sRNA  91.18 
 
 		 105 bp  44.1  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1917  Bacterial signal recognition particle RNA  91.18 
 
 		 100 bp  44.1  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0048  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  100 
 
 		 102 bp  44.1  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5622  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 103 bp  44.1  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00935785  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0005  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparti cle  100 
 
 		 102 bp  44.1  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0469239 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0025  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 103 bp  44.1  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00110095  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0002  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 103 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.455349  normal  0.0619006 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0006  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 101 bp  44.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0124002  normal  0.42637 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0039  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 101 bp  44.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.183217 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0005  SRP RNA  91.18 
 
 		 118 bp  44.1  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0031  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 102 bp  44.1  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0666652  normal  0.0491698 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0001  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  91.18 
 
 		 106 bp  44.1  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00137398  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 117 bp  44.1  0.008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0126472  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0042  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  93.33 
 
 		 118 bp  44.1  0.008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.332893  normal  0.55167 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 105 bp  44.1  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA1  SRP  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0040  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 101 bp  44.1  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000585528  hitchhiker  0.00000253455 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0071  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 105 bp  44.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0021  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 92 bp  44.1  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.132266  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0066  SRP RNA, 4.5S RNA  100 
 
 		 100 bp  44.1  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.192792  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0033  4.5S ribosomal RNA component of signal recognition particle (SRP)  100 
 
 		 104 bp  44.1  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.898057  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4343  SRP RNA, 4.5S RNA  100 
 
 		 101 bp  44.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0014  SRP RNA; RNA component of signal recognitionparticle  100 
 
 		 99 bp  44.1  0.008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.243503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0032  SRP RNA, RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 101 bp  44.1  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.116447  unclonable  0.0000000450156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0023  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 102 bp  44.1  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.262028  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0012    96.15 
 
 		 103 bp  44.1  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000174989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4963  Bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 98 bp  44.1  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0002    100 
 
 		 102 bp  44.1  0.008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.251285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0038    100 
 
 		 101 bp  44.1  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0068  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 118 bp  44.1  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.470649  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 105 bp  44.1  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221394  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0045  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 102 bp  44.1  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4735  bacterial signal recognition particle RNA  100 
 
 		 100 bp  44.1  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0045    100 
 
 		 101 bp  44.1  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.726744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0032  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 104 bp  44.1  0.008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000220464  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0007  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 104 bp  44.1  0.008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.011849  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0001  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 106 bp  44.1  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0311413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0044  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 117 bp  44.1  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.577692  normal  0.0469682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0061  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 104 bp  44.1  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0058  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 105 bp  44.1  0.008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.175728  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0002  SRP RNA; RNA component of signal recognition particle  100 
 
 		 101 bp  44.1  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332603  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>