More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0794 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0794  inner-membrane translocator  100 
 
 		 327 aa  629  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.605525  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1906  inner-membrane translocator  86.38 
 
 		 326 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1929  inner-membrane translocator  55.16 
 
 		 318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.456236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5993  putative branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  48.12 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  0.170989 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  39.43 
 
 		 359 aa  196  3e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 328 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 328 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0361  inner-membrane translocator  44.26 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1950  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 326 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 357 aa  176  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 344 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  35.62 
 
 		 334 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.2 
 
 		 609 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.83 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  34.09 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1500  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1602  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.47347  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  36.7 
 
 		 616 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  38.3 
 
 		 603 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 344 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0863  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.73 
 
 		 334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0562534  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1140  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1453  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 366 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1100  inner-membrane translocator  32.5 
 
 		 343 aa  149  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0111942  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3398  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0288037 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2007  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.58 
 
 		 357 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1097  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.9 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.701299  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1532  inner-membrane translocator  30.7 
 
 		 368 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1437  inner-membrane translocator  30.7 
 
 		 368 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1564  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 339 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  31.63 
 
 		 603 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 358 aa  129  9.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 293 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 325 aa  126  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.85 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0908  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.579851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  32.25 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0115  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 325 aa  123  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 344 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0801  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 328 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  32.97 
 
 		 643 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.32 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  32.47 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4108  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 361 aa  116  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.62 
 
 		 328 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 340 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.94 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2426  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  31.33 
 
 		 368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 353 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.92 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0143  inner-membrane translocator  34.22 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.13 
 
 		 423 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  33 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  34.41 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 323 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1974  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.86 
 
 		 331 aa  112  9e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 415 aa  112  9e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 339 aa  112  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.48 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>