More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0077 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  100 
 
 		 369 aa  758    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  59.29 
 
 		 369 aa  434  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  59.29 
 
 		 369 aa  431  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  55.01 
 
 		 371 aa  394  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  48.08 
 
 		 377 aa  319  6e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  43.84 
 
 		 379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  47.16 
 
 		 377 aa  298  8e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  49.4 
 
 		 373 aa  295  9e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  46.28 
 
 		 338 aa  293  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  45.4 
 
 		 338 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  47.6 
 
 		 331 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  48.39 
 
 		 338 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  48.06 
 
 		 338 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 		 373 aa  288  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  47.74 
 
 		 338 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  47.74 
 
 		 338 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  44.41 
 
 		 352 aa  285  7e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 368 aa  285  7e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  46.58 
 
 		 373 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  46.62 
 
 		 338 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  43.45 
 
 		 362 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  46.6 
 
 		 338 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  46.6 
 
 		 338 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  46.6 
 
 		 338 aa  281  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  45.56 
 
 		 374 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  45.56 
 
 		 374 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  45.56 
 
 		 374 aa  280  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  46.6 
 
 		 340 aa  279  4e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  45.28 
 
 		 374 aa  279  5e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  45.56 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  45.56 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  45.56 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  48.19 
 
 		 368 aa  277  2e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  45.56 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  43.89 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  45.56 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  43.89 
 
 		 374 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  43.61 
 
 		 374 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  43.61 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  43.61 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  43.61 
 
 		 374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  46.34 
 
 		 373 aa  272  6e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  45.78 
 
 		 373 aa  272  7e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  39.85 
 
 		 383 aa  268  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  41.46 
 
 		 388 aa  267  2e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  43.63 
 
 		 372 aa  266  5.999999999999999e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  43.1 
 
 		 361 aa  265  1e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  45.17 
 
 		 361 aa  264  2e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  47.87 
 
 		 339 aa  264  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  42.82 
 
 		 364 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  42.43 
 
 		 379 aa  261  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  43.77 
 
 		 336 aa  259  4e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  41.89 
 
 		 399 aa  259  5.0000000000000005e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  49.83 
 
 		 308 aa  258  2e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  49.83 
 
 		 296 aa  258  2e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  45.45 
 
 		 339 aa  256  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  41.24 
 
 		 405 aa  255  9e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  41.16 
 
 		 375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  42.97 
 
 		 368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  40.54 
 
 		 365 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  41.58 
 
 		 379 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  40.86 
 
 		 374 aa  250  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  45.91 
 
 		 320 aa  249  7e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  45.33 
 
 		 389 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  38.74 
 
 		 369 aa  246  6e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  47.04 
 
 		 362 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  41.46 
 
 		 365 aa  245  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  41.46 
 
 		 365 aa  245  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  41.09 
 
 		 377 aa  244  9.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  39.88 
 
 		 368 aa  243  3.9999999999999997e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  41.53 
 
 		 358 aa  243  5e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  39.31 
 
 		 379 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  58.1 
 
 		 366 aa  239  4e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  44.95 
 
 		 475 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  39.47 
 
 		 401 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  46.67 
 
 		 366 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  37.1 
 
 		 448 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  39.04 
 
 		 368 aa  238  1e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  45.64 
 
 		 422 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  44.6 
 
 		 475 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  38.64 
 
 		 422 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  41.26 
 
 		 394 aa  236  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  54.63 
 
 		 362 aa  236  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  41.57 
 
 		 356 aa  235  8e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  44.25 
 
 		 422 aa  235  9e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  38.4 
 
 		 408 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  46.34 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  47.04 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  42.76 
 
 		 371 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  41.16 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  46.69 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  36.41 
 
 		 421 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  40.88 
 
 		 386 aa  232  6e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.5 
 
 		 359 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  39.38 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  38.56 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  37.36 
 
 		 422 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  40.43 
 
 		 372 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  44.93 
 
 		 371 aa  229  5e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  41 
 
 		 358 aa  229  6e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>