More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3788 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  90.88 
 
 		 373 aa  691    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 373 aa  753    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  64.19 
 
 		 377 aa  483  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  63.13 
 
 		 377 aa  471  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  59.52 
 
 		 373 aa  438  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  59.52 
 
 		 373 aa  438  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  61.13 
 
 		 373 aa  436  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  58.29 
 
 		 374 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  58.02 
 
 		 374 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  58.02 
 
 		 374 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  58.02 
 
 		 374 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  57.75 
 
 		 374 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  58.56 
 
 		 374 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  59.09 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  59.09 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  58.82 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  58.82 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  58.82 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  58.82 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  58.82 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  59.09 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  58.82 
 
 		 374 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  49.3 
 
 		 369 aa  317  1e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  48.19 
 
 		 369 aa  310  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  46.58 
 
 		 369 aa  298  7e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  44.57 
 
 		 379 aa  292  5e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  43.63 
 
 		 368 aa  287  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  47.08 
 
 		 352 aa  278  1e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  47.19 
 
 		 371 aa  275  8e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  48.21 
 
 		 338 aa  273  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  41.69 
 
 		 399 aa  272  6e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  46.28 
 
 		 331 aa  270  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  46.62 
 
 		 338 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  46.62 
 
 		 338 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  47.97 
 
 		 308 aa  268  2e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  45.98 
 
 		 338 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  46.3 
 
 		 338 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  40.64 
 
 		 383 aa  266  5.999999999999999e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  46.79 
 
 		 339 aa  264  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  41.57 
 
 		 361 aa  263  4e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  46.41 
 
 		 362 aa  263  4e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  40.95 
 
 		 361 aa  262  6.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  47.3 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  43.49 
 
 		 338 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  45.37 
 
 		 338 aa  261  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  43.2 
 
 		 338 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  43.2 
 
 		 338 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  43.2 
 
 		 338 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  44.52 
 
 		 340 aa  258  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  45.23 
 
 		 339 aa  256  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  42.86 
 
 		 368 aa  255  7e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  43.83 
 
 		 369 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  41.64 
 
 		 364 aa  251  2e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  47.16 
 
 		 368 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  46.34 
 
 		 368 aa  248  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  48.16 
 
 		 362 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  45.15 
 
 		 377 aa  244  9.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  41.78 
 
 		 374 aa  243  3e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  46.78 
 
 		 394 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  55.86 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0616  DNA protecting protein DprA  52.1 
 
 		 247 aa  238  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00609324  normal  0.0384854 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  45.57 
 
 		 372 aa  236  4e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  44.78 
 
 		 336 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  44 
 
 		 379 aa  236  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  49.44 
 
 		 365 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  46.71 
 
 		 365 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  46.34 
 
 		 366 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  46.71 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  46.13 
 
 		 320 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  43.88 
 
 		 379 aa  232  8.000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  42.09 
 
 		 375 aa  232  9e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  44.69 
 
 		 365 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  40.96 
 
 		 371 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  44.93 
 
 		 377 aa  229  5e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  47.2 
 
 		 366 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  43.65 
 
 		 389 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  44.63 
 
 		 365 aa  224  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  44.41 
 
 		 387 aa  222  7e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  38.23 
 
 		 399 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  39.01 
 
 		 365 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  39.01 
 
 		 365 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  39.56 
 
 		 371 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  39.45 
 
 		 388 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  38.79 
 
 		 399 aa  218  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  40.36 
 
 		 381 aa  216  4e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  44.7 
 
 		 372 aa  216  7e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  40.17 
 
 		 358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  40.36 
 
 		 381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  39.03 
 
 		 408 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  40.19 
 
 		 311 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  39.15 
 
 		 386 aa  212  7e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  43.42 
 
 		 360 aa  212  7.999999999999999e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 386 aa  212  9e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  37.5 
 
 		 401 aa  212  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  44.76 
 
 		 360 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  42.72 
 
 		 384 aa  210  4e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  36.39 
 
 		 374 aa  210  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0018  DNA protecting protein DprA  48.21 
 
 		 442 aa  209  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.256916 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  35.25 
 
 		 370 aa  206  5e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  38.32 
 
 		 382 aa  206  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>