139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06284 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  100 
 
 
352 aa  714  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  76.9 
 
 
352 aa  531  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  61.21 
 
 
340 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  55.18 
 
 
331 aa  333  2e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  51.87 
 
 
324 aa  325  5e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  44.19 
 
 
330 aa  252  6e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  28.43 
 
 
384 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  28.43 
 
 
384 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  28.17 
 
 
384 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  28.17 
 
 
384 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  27.82 
 
 
384 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  27.84 
 
 
384 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  27.58 
 
 
384 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  27.58 
 
 
384 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  27.51 
 
 
384 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  28.18 
 
 
402 aa  95.9  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.37456e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  27.1 
 
 
402 aa  95.9  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.11786e-07  decreased coverage  2.68212e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  27.89 
 
 
382 aa  93.2  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  28.99 
 
 
403 aa  92.8  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  7.30706e-07  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  28.99 
 
 
403 aa  92.8  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.07941e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  27.57 
 
 
385 aa  92.8  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  28.4 
 
 
403 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.33613e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  28.4 
 
 
403 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  8.66519e-09  hitchhiker  8.18773e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  26.8 
 
 
389 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  26.85 
 
 
389 aa  89.7  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  26.49 
 
 
389 aa  89.4  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  26.35 
 
 
388 aa  89.4  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  26.91 
 
 
384 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  31.84 
 
 
403 aa  85.9  9e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.11873e-07  hitchhiker  5.58993e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  26.25 
 
 
385 aa  84.7  2e-15  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  35.03 
 
 
402 aa  83.6  5e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  3.00208e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  35.03 
 
 
402 aa  83.2  6e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.93387e-08  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  26.12 
 
 
365 aa  83.2  6e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  27.95 
 
 
402 aa  82.8  8e-15  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.06502e-07  hitchhiker  8.92589e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  33.15 
 
 
403 aa  82.4  1e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  25.89 
 
 
402 aa  81.3  2e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  31.25 
 
 
403 aa  81.3  2e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  hitchhiker  1.52354e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  26.32 
 
 
398 aa  80.9  3e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  34.29 
 
 
402 aa  80.9  3e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  4.29036e-08  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  33.91 
 
 
402 aa  80.9  4e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  9.08733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  27.22 
 
 
311 aa  68.9  1e-10  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  25.35 
 
 
360 aa  68.2  2e-10  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  4.0387e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0354  outer membrane phosphoporin protein E  25.42 
 
 
350 aa  66.6  6e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.52263  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0369  outer membrane phosphoporin protein E  25.42 
 
 
350 aa  66.6  6e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0351  outer membrane phosphoporin protein E  25.42 
 
 
350 aa  66.6  6e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  25.07 
 
 
360 aa  66.6  6e-10  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.61923e-05  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0360  outer membrane phosphoporin protein E  25.42 
 
 
350 aa  66.6  6e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  25 
 
 
360 aa  65.9  1e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.7634e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  25.6 
 
 
371 aa  64.7  2e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  25.6 
 
 
371 aa  65.1  2e-09  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0361  outer membrane phosphoporin protein E  25.14 
 
 
350 aa  64.3  3e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  7.41681e-10 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  24.93 
 
 
363 aa  63.9  4e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  24.93 
 
 
363 aa  63.9  4e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  24.93 
 
 
363 aa  63.9  4e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  24.93 
 
 
363 aa  63.9  4e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  25.33 
 
 
371 aa  63.5  5e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  25.82 
 
 
351 aa  63.5  5e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  25.55 
 
 
351 aa  63.2  6e-09  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  25.84 
 
 
383 aa  63.5  6e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  25.55 
 
 
351 aa  63.5  6e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  25.55 
 
 
351 aa  63.2  8e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  25.55 
 
 
351 aa  63.2  8e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  25.27 
 
 
351 aa  62  1e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  25.55 
 
 
351 aa  62.4  1e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  24.86 
 
 
350 aa  61.6  2e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  24.73 
 
 
360 aa  60.8  3e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  25.42 
 
 
372 aa  60.8  4e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1448  porin  25.97 
 
 
368 aa  60.8  4e-08  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  24.66 
 
 
363 aa  60.8  4e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05099  porin  26.78 
 
 
321 aa  60.5  5e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  25.84 
 
 
383 aa  60.1  6e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001232  outer membrane protein OmpU  27.22 
 
 
319 aa  60.1  6e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0870457  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  25.28 
 
 
345 aa  58.5  1e-07  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  25.28 
 
 
345 aa  58.5  1e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  25.84 
 
 
383 aa  58.2  2e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  24.73 
 
 
365 aa  57.8  3e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  25.9 
 
 
388 aa  57.4  4e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03408  hypothetical protein  28.31 
 
 
337 aa  55.8  9e-07  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  22.6 
 
 
359 aa  55.5  2e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  25.34 
 
 
360 aa  55.1  2e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1784  porin Gram-negative type  24.27 
 
 
373 aa  54.7  2e-06  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00154811  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  24.44 
 
 
369 aa  55.1  2e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  25.34 
 
 
360 aa  55.1  2e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  25.34 
 
 
360 aa  55.1  2e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  26.42 
 
 
371 aa  53.5  5e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.9147e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  26.42 
 
 
371 aa  53.5  5e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  23.91 
 
 
357 aa  53.5  5e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  26.42 
 
 
371 aa  53.5  5e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  24.86 
 
 
357 aa  53.1  7e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1463  outer membrane protein N  24.52 
 
 
377 aa  53.1  8e-06  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.510785  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01348  outer membrane pore protein N, non-specific  24.52 
 
 
377 aa  53.1  8e-06  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  23.91 
 
 
357 aa  53.1  8e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01360  hypothetical protein  24.52 
 
 
377 aa  53.1  8e-06  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2279  porin  24.52 
 
 
377 aa  53.1  8e-06  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1637  porin Gram-negative type  26.54 
 
 
363 aa  52.8  8e-06  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000904946  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1560  outer membrane protein N  24.52 
 
 
377 aa  53.1  8e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  29.61 
 
 
378 aa  52  1e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  29.38 
 
 
373 aa  52.4  1e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  26.88 
 
 
336 aa  52.8  1e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2269  porin Gram-negative type  24.24 
 
 
377 aa  52.4  1e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.421789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>