110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1251 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  76.62 
 
 		 402 aa  641    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000293387  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  76.37 
 
 		 402 aa  639    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  0.0000300208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  77.61 
 
 		 402 aa  641    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000106502  hitchhiker  0.00000892589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  100 
 
 		 402 aa  815    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000429036  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  75.93 
 
 		 403 aa  645    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000133613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  74.63 
 
 		 402 aa  635    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000337456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  76.67 
 
 		 403 aa  647    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000207941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  76.43 
 
 		 403 aa  646    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000730706  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  75.68 
 
 		 403 aa  644    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000866519  hitchhiker  0.00000818773 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  73.38 
 
 		 402 aa  630  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000908733  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  72.28 
 
 		 402 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000611786  decreased coverage  0.00000268212 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  73.63 
 
 		 398 aa  590  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  68.32 
 
 		 402 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  66.83 
 
 		 403 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000211873  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  59.71 
 
 		 403 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  54.92 
 
 		 403 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  hitchhiker  0.00000152354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  56.44 
 
 		 388 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  49.49 
 
 		 382 aa  373  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  35.44 
 
 		 384 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  36.17 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  35.19 
 
 		 384 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  35.19 
 
 		 384 aa  233  5e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  34.88 
 
 		 384 aa  229  8e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  34.39 
 
 		 384 aa  229  8e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  34.39 
 
 		 384 aa  229  8e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  35.84 
 
 		 384 aa  229  8e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  34.15 
 
 		 384 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  35.35 
 
 		 385 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  34.63 
 
 		 385 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  33.73 
 
 		 389 aa  213  7e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  32.78 
 
 		 389 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  32.78 
 
 		 389 aa  207  4e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  34.15 
 
 		 384 aa  202  8e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  25.85 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  28.75 
 
 		 340 aa  80.5  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  36.36 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  26.52 
 
 		 352 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  33.76 
 
 		 352 aa  73.2  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  27.44 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  26.19 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  26.19 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  26.19 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  34.04 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  23.3 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  23.19 
 
 		 367 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3613  porin  35.71 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  23.06 
 
 		 357 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  23.3 
 
 		 357 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1636  porin Gram-negative type  23.49 
 
 		 366 aa  54.3  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00881116  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  25.24 
 
 		 370 aa  54.7  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  22.87 
 
 		 376 aa  54.3  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  23.37 
 
 		 367 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  24.7 
 
 		 330 aa  53.9  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  23.81 
 
 		 383 aa  53.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  32.62 
 
 		 380 aa  53.1  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  27.63 
 
 		 331 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  22.95 
 
 		 363 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000192905  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  23.54 
 
 		 376 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  23.8 
 
 		 378 aa  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  24.03 
 
 		 360 aa  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0971  putative outer membrane protein  30.4 
 
 		 381 aa  49.7  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1643  outer membrane porin OpcP  28.14 
 
 		 384 aa  48.9  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  29.38 
 
 		 360 aa  48.5  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  24 
 
 		 388 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  28.57 
 
 		 312 aa  48.5  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  22.28 
 
 		 378 aa  47.8  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  25.66 
 
 		 363 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  23.33 
 
 		 378 aa  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  23.52 
 
 		 378 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  23.52 
 
 		 378 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  23.52 
 
 		 378 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  21.95 
 
 		 360 aa  47  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  23.32 
 
 		 364 aa  47  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  25.66 
 
 		 363 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  25.66 
 
 		 363 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  25.66 
 
 		 363 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  25.66 
 
 		 363 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003962  outer membrane protein OmpT  27.7 
 
 		 343 aa  46.6  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  28.87 
 
 		 360 aa  46.6  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000261923  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  24.05 
 
 		 383 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  33.33 
 
 		 380 aa  46.6  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2331  outer membrane porin OpcP  27.64 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1115  outer membrane porin  27.64 
 
 		 384 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1029  outer membrane porin  27.64 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  22.83 
 
 		 360 aa  46.2  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  22.51 
 
 		 365 aa  46.2  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  22.83 
 
 		 360 aa  46.2  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  22.83 
 
 		 360 aa  46.2  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  28.35 
 
 		 360 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  26.53 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  26.53 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  26.53 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  33.33 
 
 		 380 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3460  OmpC family outer membrane porin  29.73 
 
 		 383 aa  44.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.460184 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  25.29 
 
 		 336 aa  44.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1665  porin Gram-negative type  22.93 
 
 		 376 aa  44.7  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000257252  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  26.52 
 
 		 351 aa  44.7  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0599  putative outer membrane porin  27.14 
 
 		 384 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0869  putative outer membrane porin  27.14 
 
 		 384 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1836  putative outer membrane porin  27.14 
 
 		 384 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0345511  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>