155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2468 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  100 
 
 		 402 aa  818    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000293387  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  99.75 
 
 		 402 aa  816    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  0.0000300208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  77.11 
 
 		 402 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000908733  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  97.01 
 
 		 402 aa  767    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000106502  hitchhiker  0.00000892589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  76.62 
 
 		 402 aa  657    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000429036  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  83.13 
 
 		 403 aa  711    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000133613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  89.05 
 
 		 402 aa  739    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000337456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  84.12 
 
 		 403 aa  714    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000207941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  84.37 
 
 		 403 aa  715    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000730706  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  82.88 
 
 		 403 aa  709    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000866519  hitchhiker  0.00000818773 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  79.6 
 
 		 398 aa  628  1e-179  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  74.01 
 
 		 402 aa  625  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000611786  decreased coverage  0.00000268212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  72.77 
 
 		 402 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  69.53 
 
 		 403 aa  578  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000211873  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  62.53 
 
 		 403 aa  510  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  58.45 
 
 		 403 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  hitchhiker  0.00000152354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  54.7 
 
 		 388 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  48.26 
 
 		 382 aa  361  1e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  38.35 
 
 		 384 aa  258  9e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  37.86 
 
 		 384 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  37.86 
 
 		 384 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  36.17 
 
 		 384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  37.86 
 
 		 384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  36.65 
 
 		 384 aa  252  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  36.65 
 
 		 384 aa  252  6e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  36.41 
 
 		 384 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  35.61 
 
 		 384 aa  248  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  35.89 
 
 		 389 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  34.93 
 
 		 389 aa  236  7e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  35.19 
 
 		 385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  35.65 
 
 		 389 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  34.78 
 
 		 385 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  37.47 
 
 		 384 aa  220  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  28.43 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  35.39 
 
 		 324 aa  93.6  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  28.05 
 
 		 340 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  26.76 
 
 		 352 aa  88.6  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  35.03 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  26.35 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  26.35 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  26.35 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  24.7 
 
 		 383 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  25.72 
 
 		 357 aa  70.5  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  24.42 
 
 		 378 aa  70.1  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  24.76 
 
 		 370 aa  69.7  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  22.95 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  23.79 
 
 		 367 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  24.42 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  25.48 
 
 		 357 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  24.19 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  24.19 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  24.19 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  26.78 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  22.76 
 
 		 376 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  24.4 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  22.52 
 
 		 376 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  24.22 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  23.17 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000192905  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  24.22 
 
 		 363 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  24.22 
 
 		 363 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  24.22 
 
 		 363 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  24.22 
 
 		 363 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  22.73 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  24.94 
 
 		 383 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  23.43 
 
 		 378 aa  62.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  24.38 
 
 		 330 aa  62.8  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  23.58 
 
 		 365 aa  62.4  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  26.07 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000261923  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  23.46 
 
 		 372 aa  60.5  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  23.9 
 
 		 403 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  24.7 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  23.31 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  24.38 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  26.24 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  24.38 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  24.38 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2155  outer membrane protein F  23.13 
 
 		 400 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977291  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  30.92 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  24.1 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  23.74 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  23.74 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  22.93 
 
 		 387 aa  57  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  25 
 
 		 357 aa  57  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  23.98 
 
 		 351 aa  57  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  21.93 
 
 		 371 aa  57  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  21.93 
 
 		 371 aa  57  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  24.1 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  23.86 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  21.93 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  32.62 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  23.5 
 
 		 351 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  23.81 
 
 		 372 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  22.25 
 
 		 350 aa  54.7  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  22.99 
 
 		 366 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  23.7 
 
 		 362 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000211589  normal  0.385308 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  25.22 
 
 		 345 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  25.22 
 
 		 345 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  23.74 
 
 		 364 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2159  outer membrane protein N  22.77 
 
 		 398 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.142593 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  24.14 
 
 		 372 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>